叛軍被擊敗，秦王贏政下令將繆毒和衛尉竭、內史肆、佐弋竭、中大夫令齊等二十人，全部梟首（斬首後將人頭懸掛在高杆上示眾），然後將屍體車裂。同時還“滅其宗”，將其家人滿門抄斬。他們的舍人，最輕的處以鬼薪（為官府砍柴的刑罰），更多的人則被處以遷刑，共有四千多家被奪爵遠徙蜀地的房陵（今湖北房縣）。
對於太後，則不能用殺戮的辦法，畢竟她是贏政的親生母親。盡管贏政不接受儒家思想，但提倡孝道並非儒家的“專利”，不過太後確實讓贏政很難堪，心中難以饒恕，於是贏政把太後遷出鹹陽，令其往雍城居住。
收拾完繆毒，該來收拾呂不韋了。秦王贏政十年（公元前237年），贏政下令罷免了呂不韋的相國之職，接著又命令他離開鹹陽到食邑地河南去居住。
由於呂不韋執政十幾年，對秦國功勞很大，在各諸侯國中威望很高，所以到河南探望呂不韋的人士眾多，“諸侯賓客使者相望於道”。得知呂不韋周圍的情況後，秦王有些坐立不安了，他怕呂不韋會逃離秦國。那樣的話，憑呂不韋現在的威信，聯絡各國反秦會給秦國帶來危險的，思前想後，既不能派兵前往二一出師無名，且易激變；又不便將呂不韋抓回鹹陽——抓來也無法處刑，要處刑早就處了還用等到現在嗎？最後，秦王想出一個好辦法，他派人給呂不韋送去一封信，信中說：“您對秦國有什麼功勞呢？秦國封給您河南之地，食十萬戶；您與秦國有什麼親緣？卻號稱仲父。帶著你的家人到蜀地去住吧。”看到這封信，呂不韋的心都快碎了。它不僅將其對異人、對秦國的功勞一筆勾銷，而且暗含殺機。呂不韋知道贏政的脾氣，他不死，事不寧，遷徙到蜀地也是個受罪的命，幹脆滿足他算了。於是呂不韋飲毒酒自殺，成全了贏政，時間是秦王贏政十二年（公元前235年）。
至此，妨礙贏政治國秉政的兩大集團被徹底消滅。秦王贏政在親政後兩年時間內，就為自己的統治掃清了道路，並且迅速確立起他個人的威望。盡管手段極其殘暴不仁，但是秦國人、秦國的大臣，尤其是秦國的武將們，看到了秦國統一的曙光，他們需要這樣一個年輕有為、身體健康、處事果斷、臨陣不慌、能夠對敵人無情打擊且對統一戰爭懷有強烈的必勝信心的君主來領導他們消滅六國，結束曆經上百年分裂混亂的統一戰爭，使自己的名字流芳百世。這一點，秦王贏政沒有讓他們失望。
[智慧方圓]害群之馬的威力是巨大的，輕則製造小麻煩，重則引起大混亂，甚至動搖領導者的根基。在這個問題上任何拖延遲疑、心慈手軟的做法都是對自己不負責任。方圓之道告訴我們：在不需要“圓”的時候，那就念好這個獨一無二的“方”字經。