十年內亂給黨和國家的各項事業帶來了深重災難，其中文化教育係統更是首當其衝，成為這場災難的“重災區”。文化大革命把教育為政治服務、為階級鬥爭服務的極左原則，推到了頂點，它以“空白”論全盤否定建國17年以來的教育及教師隊伍，企圖利用胡亂編造的各種條條框框，來“改造”逐步完善的社會主義教育體係，在理論上和實踐上給社會主義教育事業造成了極其嚴重的損害。
1966年5月，“文化大革命”在全市各級各類學校相繼展開。蘭州教育界先是“停課鬧革命”，使學校教育秩序陷於混亂，接著開展“奪權鬥爭”，批“反動學術權威”，揪“走資派”，學校領導及教師遭到批判，使教育機關陷於癱瘓。幾經“鬥批改”、“反回潮”、“學朝農”等所謂“教育革命”的折騰，使許多教師、幹部蒙冤受辱，正常的教學活動趨於停滯。在“階級鬥爭為綱”和被扭曲的教育思想支配下，各級各類學校的教育教學改革、高等學校教學、科研、生產三結合的教育體製，遭到嚴重破壞，整個教育事業備受摧殘。
1966至1970年，全市高等學校和中等專業學校一律停止招生，廢弛招生、考試製度，否定了學校教育的職能，延緩了教育事業發展的曆程，使各種建設上的人才結構嚴重失調，形成巨大的斷裂層。1971年開始從工農兵中選拔學員。由於“群眾推薦，領導批準，學校複審”的標準難以把握，並流於形式，不僅使培養的大學生質差量少，而且帶來了“走後門”的不良社會風氣。文化大革命造成國家建設人才缺乏，科研和教師梯隊斷層現象，是從1977年以後的新時期才開始逐漸顯露的。後來雖然對部分工農兵大學生采取“回爐”、補課的補救措施，但一部分人仍難以勝任科研和教學工作。
文化大革命期間，各級各類學校的學習年限普遍縮短1－2年，搞亂學製，給教育教學活動造成了困難。實踐證明，學製縮短後的學校教育，尤其是基礎教育，既不利於人才的成長和培養，更不利於各級學校的相互銜接。因此，“文革”結束後，撥亂反正，勢在必行。但由於十年動亂搞亂了學製，給各級學校的恢複工作造成了許多困難。要延長學製，首先必須解決教材，重新編寫中小學教材的任務相當巨大，隨著年級、班級的增加，必須增加任課教師。十年動亂，教師隊伍青黃不接，給教學造成了很大壓力；學生人數增加，必須擴大校舍。動亂過後，百廢待興，教育經費有限，給學校修繕和後勤工作造成很大負擔。總之，學製的轉換引起了教育係統難以協調的連鎖反應。
除縮短學製外，當時各大中專學校還盲目撤並機構，合並專業。中學課程設置的變化，首先引發了中等師範和高等師範專業設置的反響。從“專業對口”出發，中等師範學校拔高教學培養目標，將數學與物理合並為工業基礎知識，化學與生物合並為農業基礎知識，音樂、美術合並為“革命文藝”，體育改設為軍事體育。高等師範學校將政治與曆史合並為政史，生物與地理合並為農基，體育與藝術合並為軍體藝術。甘肅農業大學將畜牧與獸醫專業合並為牧醫，園藝與森林合並為林果，並在校內進行場、係合一的試驗，將教學實驗農場的畜牧站、農作站、園藝站等分別與牧醫係、農學係、林果係合並。中專課程的合並，無非是把兩個教研組並在一起，按專業課程內容分配課時，並各自按照自己的學科係統授課。高等學校的專業合並，也是貌合神離，兩個係表麵上合在一起，其實仍然是兩套人馬，兩個學科體係，隻不過是減少專業課程，壓縮教學時數而已。顯然，大中專學校的係科壓縮、專業合並，不僅破壞了學科體係的完整，給管理、教學造成諸多不便，而且忽略了基礎知識和基本技能的培養、訓練，使教育質量嚴重下降。
在對林彪、“四人幫”的倒行逆施進行抵製的同時，廣大教育工作者，忍辱負重，以黨的事業為己任，頂著壓力，克服困難，堅持工作，在教學和科研兩個方麵，做出了力所能及的成績。蘭州大學在基礎理論研究和應用科學的研究上，首先取得了可喜成績。化學係教師黃方魁，白天挨批鬥，晚上支持搞試驗，終於於1974年5月在實驗室合成具有世界先進水平的三尖杉脂堿，對藥物抗癌做出了新貢獻。物理係教師段一士，在完成電容感應式引信研究的同時，與葛墨林合作研究規範場理論與磁單極子，獲得重大理論性突破。除了有機化學、理論物理的研究外，到20世紀70年代末，蘭州大學在原子核物理及核技術、磁性材料、細胞生物學、植物生理學等方麵，已經形成了自己的學科特色，為進入20世紀80年代的科研騰飛打下了基礎。