張居正還鄉之後，神宗又起用大學士呂調陽等人。可遇到大事，仍然不敢專斷，必須派人到江陵報告，聽取張居正的意見。入夏之後，皇上就征他還朝。張居正以母親年邁為由，請求等秋涼之後上路。神宗又派指揮翟汝敬前去催促，並特意命人護送張居正的母親從水路起程。張居正這才遵旨登程。
那時，神宗已經冊立王氏為皇後，二人伉儷情深。李太後認為皇帝已經大婚，於是返回慈寧宮居住，隨即召張居正入內，和他說：“我不能常常看著皇帝。先生是國家首輔，受先帝囑托，還望你能早晚督促皇上，不要辜負先帝！”從此，張居正格外勤勉，所有的軍國要政，無不悉心籌劃。內薦禮部尚書馬自強、吏部侍郎申時行參與閣務；外任尚書方逢時、總督宣大、總兵李成梁鎮撫遼東。李成梁驍勇善戰，屢次戰敗塞外的巨寇，被封為寧遠伯。於是內外承平，十年無事。
張居正勸神宗量入為出，撤掉內外冗員，嚴厲審核各省的財稅。神宗年齡漸長，開始有了六宮，便讓司禮監馮保挑選三千五百名太監入宮。其中有孫海、客用二人，狡猾成性，得到皇上寵幸後，就帶著神宗夜遊別宮。皇上穿著窄袖小衣，騎馬持刀，跟鏢客一個打扮。後來又出西城遊玩，免不了飲酒陶情，逢場作戲。這些事情被馮保得知，就去稟報了李太後。李太後大怒，換上青色布袍，摘下簪子、耳環，令人宣神宗入宮，接著傳話給張居正，讓他上疏勸阻。神宗得到消息，不免驚慌失措，可惜母命難違，隻好硬著頭皮慢慢挨到慈寧宮。一進宮門，就聽到太後大聲催促。神宗遠遠看見母後的神態、服飾，與平常大不相同，不覺心驚膽戰，連忙跪下磕頭。太後瞪著眼睛說：“你倒好！你倒好！先皇把大業交給你，是叫你這麼遊蕩的嗎？”神宗連抖帶顫說：“兒……兒知罪了，望母後寬恕！”太後哼了一聲說：“你也知道有罪嗎？”說完，馮保已經奉上張居正的奏折，太後大略看了一遍，就扔給神宗說：“你自己看！”神宗取過奏折，剛剛看完，又聽見太後說：“先帝彌留之際，內囑你的兩位母親教育，外囑張先生等人輔導，真是煞費苦心。不料你這不肖子，膽大妄為。如果不肯改過自新，恐怕將來會玷辱祖先，我顧著社稷要緊，管不得什麼私恩，難道必須要你做皇帝嗎？”又對馮保說：“你到內閣，去取《霍光傳》來！”馮保答應著出去。不到一會兒，仍然返回宮內，叩頭說道：“張相國命奴才代奏，他說皇上英明，隻要改過自新，將來必能成就大事。霍光的典故，臣不敢奉上！不如草詔罪己好了。”太後說：“張先生既然這麼說，那就這麼辦吧。”馮保又起身出去。沒過多久，返呈草詔，太後令神宗起來，親筆抄寫，頒示朝堂。可憐神宗的雙膝已經跪得疼痛異常，草詔裏又有很多檢討的話，不禁懊惱得很。偏偏太後催促著寫，一點也不肯放鬆，也隻好照本抄錄，呈給太後。太後看過，交給馮保頒發去了。太後辦完這一切，禁不住淚流滿麵。神宗跪在那裏懺悔，過了很久才奉命退出。
李太後訓責過神宗後，又將孫海、客用逐出宮外，並令馮保嚴厲審核內侍。神宗雖然很不高興，可也無可奈何，隻好得過且過，再作計較。張居正又請儒臣編撰了曆朝以來的《寶訓》、《實錄》，分成四十章，依次呈上，作為經筵的講義。
神宗此時年少氣盛，正是喜歡聽人奉承的時候，張居正的各種請求，實在是與神宗的本意不相符，不過形式上總要敷衍過去。神宗於是優詔褒獎，準許施行。各官侍講的時候，神宗也隻好洗耳恭聽。一旦講解完畢，就遊散在各宮之間，樂得圖些暢快，活絡一下筋骨。一天，閑步踱入慈寧宮，正好李太後去慈慶宮閑談，不在宮中，神宗正想退出宮門，忽然看見一個少女嫋嫋婷婷地走了過來……