張居正送出二人，就入宮擔保高拱無罪，請求特別委派清廉的大臣，徹底查究。神宗於是命令都督朱希孝、左都禦史葛守禮以及馮保會審王大臣。朱希孝是成國公朱希忠的弟弟，接到聖旨後，急忙與他哥哥商議：“是誰奏報皇上，弄出這種難題要我去做？一旦失察，恐怕祖宗都難保了。”還是朱希忠有點主意，讓朱希孝去問張居正。張居正對他說：“不用問我，你隻要去見吏部楊博，他自有方法。”朱希孝和他作別後，馬上去找楊博，邊哭邊說。楊博笑著說：“這不過是借您的威名，保全朝廷大體，怎麼忍心陷害您呢？”朱希孝嗚咽著說：“如果想平反的話，必須搜查證據。”楊博又說：“這有何難？”接著便和朱希孝低聲說了幾句。
朱希孝轉憂為喜，回去之後馬上派了一名校尉到獄中，查問刀劍的來由。王大臣一開始還不肯說實話，經校尉一番威脅恐嚇，才說是辛儒送的，並將他指使自己串供的事情講述了一遍。校尉又說：“你怎麼能往自己身上引罪呢？你不如說了實話，還可以減免罪行。”王大臣淒然說道：“我實在是不知道。辛儒說我持刀犯駕，罪無可恕，如果照他說的去做不但可以免罪，還可以享受榮華富貴，誰知道他竟然是騙我的！”說完，大哭不止。校尉又勸慰了一番，才回去複命。
這時候高氏家人已經被逮到京城。朱希孝帶著馮保、葛守禮三人升堂會審。明朝故例，法司會審的時候，必須先將犯人拷打一頓，叫做雜治。王大臣被帶上法司，馮保先下令雜治，校尉走過去剝了王大臣衣服，王大臣高聲喊：“已經答應給我榮華富貴，怎麼還要打我？”校尉不理會他，將他痛打一頓，才推到公案前跪下。朱希孝先命高家人站在校役中間，問王大臣：“你看兩旁的校役有沒有認識的？”王大臣忍著痛，睜開眼睛看去，並沒什麼熟人，就說：“沒有認識的。”馮保立即插嘴：“你膽敢犯駕，究竟是何人主使，趕快從實招來！”王大臣瞪著眼睛說：“是你讓我說的啊。”馮保聽了這話大驚失色，勉強鎮定一下，又問：“你不要瞎鬧！之前為什麼說是高相國指使的？”王大臣說：“是你教我說的，我哪認識什麼高相國？”馮保無地自容。朱希孝又問：“你的蟒衣、刀劍是從哪裏來的？”王大臣說：“是馮家的仆人辛儒交給我的。”馮保聽了這話，恨不得找個地縫鑽下去。還是朱希孝看不過去，替馮保解圍說：“你不要亂說！朝廷的訊獄官，也是你能誣陷的？”接著就命校尉將王大臣押回去，下令退堂。
馮保踉蹌而歸，暗想如果王大臣再多說什麼，自己的性命恐怕就要丟了，就派心腹潛入大獄，用生漆調酒，勸王大臣喝下。王大臣不知是計，一杯下肚從此做了啞巴，不能再說話。此時宮裏有一個殷太監，已經七十多歲，是資格最老的內侍。有一次和馮保一同侍奉皇上，談到這件事情時，殷太監說：“高拱是個忠臣，怎麼會有這種事？”又看著一旁的馮保說：“高胡子是個正人君子，不過與張居正有些過節，張居正才屢次想害他。我們這些內侍，何必要相助呢？”馮保聽後，更加沮喪。於是這件事情就一直拖延著，後來刑部隻把王大臣處斬，免去了一切株連。
一番大風大浪平靜下來之後，高拱從此閉門謝客，不問世事。一直到萬曆六年，高拱因病逝世。張居正奏請給高拱官複原職，馮保卻餘恨未消，請太後將一切撫恤減成半數。在給高拱的祭文中仍然含著貶詞。後來追念遺功，才追封高拱為拱太師，賜諡號文襄。