我們首先看現代生物學對人體、人腦及人的精神現象的觀點和理論。
現代生物學認為，人體不是如唯靈論者所說是一個簡單的窩藏靈魂的軀殼，人體有複雜高級的結構，而所謂靈魂和精神意識是離不開這個結構的。
人體是按由簡單到複雜的順序一級一級構成。細胞是人體組織的最基本單位，它由碳水化合物、油脂、核酸及蛋白質分子等構成。人體由12個主要係統構成，就是外皮係統、肌肉係統、骨骼係統、呼吸係統、生殖係統，內分泌係統，泌尿係統、消化係統、循環係統、淋巴係統、免疫係統和神經係統。每一係統各有不同的結構、功能，各係統之間有著不同的分工和密切的聯係，各係統的協調運動，維持和促進著個體生命的存在和成長。每個係統出現疾病都會對生命構成威脅，甚至造成死亡。
生物學家和生理學家認為人的意識、精神現象都來自人體大腦這一特殊物質。
大腦是生物為適應環境長期進化的結果。在低等脊椎動物中，腦已分為大腦、中腦和後腦，各自有不同的功能。中腦與視覺有關，大腦與嗅覺有關。在以後的發展中大腦成為腦中最主要的部分。覆蓋大腦頂部的腦皮質是動物心理活動和人的意識活動的指揮中心。在動物進化過程中大腦皮質逐漸擴大和發展，原始的哺乳動物的大腦皮質已擴展到整個大腦的表麵。從高等動物的大腦發展到人的大腦，腦的重量成倍地增加，大腦皮質的構造更為複雜。大猩猩的體重超過了人，而腦重不到400克，猿人的腦重在850～1000克之間，現代人的腦重達到1500克。
現代腦科學斷定，人腦是意識和精神活動的中樞，意識活動是人腦的機能。古代無神論者說“神依於形”，“形存則神存，形謝則神滅”，模糊地地意識到靈魂、精神歸屬人體物質的道理。現代生理學家還用實驗的方法證明人的心理過程是以人的生理過程為基礎的。俄國科學家巴甫洛夫對人的神經係統進行了深入研究，提出了條件反射的理論，揭示了心理、意識的生理機製。現代科學對意識活動生理機製的了解，已由反射過程深入到神經細胞機製。腦電科學證明，腦是通過傳遞生物電和處理信息流而進行意識活動的。
現代腦科學研究者通過對夢的過程測試完全從夢中清除了神靈。一些科學家通過儀器測檢人的腦電波，發現人無論在清醒還是睡眠時，大腦裏上億個神經元之間流動的電流都在不斷產生電腦波。人在清醒和昏昏欲睡中的電腦波是不同的。夢是人在睡眠中的經曆，“夢是大腦在理順以往的經曆並將其貯存在記憶中產生副作用的結果。”
腦科學還不斷提示做夢的秘密。原來人們以為夢中的景物，是靈魂離開肉體的親曆。亞裏士多德以前的學者差不多都相信夢是“神諭”的作用。亞裏士多德對夢有了新的認識，弗洛伊德這樣評價亞裏士多德的看法：“亞裏士多德的兩部作品內容曾提及夢，當時他們已認為夢是心理的問題，它並非得自神諭，而是一種精力過剩而來的產物。他所謂的‘精力過剩’，意指夢並非超自然的顯靈，而仍是活動的。”
還有許多科學家探索“意識棲息在何處”的問題，這裏說的意識同“靈魂”往往是等價的。傑出的加拿大外科醫生懷爾德·彭費爾德，認為人的知覺，“主要由丘腦和中腦組成被稱為上腦幹的區域”所映射，它是“意識所在處”，意識是上腦幹活動的呈現。還有人認為大腦皮層本身負責知覺，大腦是人的驕傲，人的心理活動是由大腦執行的。他們認為大腦就是“人的靈魂棲息之所”。
現代心理學家幾乎把一切心理活動歸結為大腦的機能。人的感覺、知覺、記憶、想象、思維、情緒、意誌都同腦和神經係統相聯係，一旦腦和神經係統出現障礙，則人的精神意識會出現紊亂，一旦腦死亡，人也就意味著完全的死亡，“靈魂”也就消失得無影無蹤了。分子生物學的進展，對靈魂不死說更是一次大的驅逐。
1665年英國科學家胡克首次用顯微鏡觀察到生物組織的基本單元——細胞的結構。1869年瑞士生理學家米歇爾把細胞核中真正起作用的物質稱為“核素”。1857年德國生物學家孟德爾，對連續幾代豌豆的34個變種進行研究，總結出生物性狀分離組合規律，提出了遺傳因子的概念。1903年美國生物學家薩頓把細胞學和遺傳學結合起來，把遺傳因子定位在細胞核中的染色體上。1908年丹麥生物學家約翰森引進了“基因”概念代替“遺傳因子”概念。