徐樹錚得到馮玉祥的保證，心裏這塊石頭算是落下來，想到事情已經過去多年，本身也是政治恩怨，大家不會算老帳的，遂由上海到天津。徐樹錚在津逗留時，段祺瑞得到一些口風，盡管他得到馮玉祥的保證，心裏仍是不放心，因為陸建章的兒子陸承武在馮的部下，而且國民軍內部也有風言，說是要殺掉徐樹錚，免得段祺瑞再受他盅惑。
段祺瑞急忙命宋子楊到天津，阻止徐樹錚進京，免得發生意外。徐樹錚自視甚高，沒把段祺瑞的話放在心上，仍是大搖大擺進了北京城。徐樹錚進京後，直接驅車到吉兆胡同段祺瑞府上，他的到來，使段祺瑞有些吃驚，認為他太大意。徐樹錚亡命海外多日，這次回來，見段祺瑞執政，真有些百感交集，也就顧不上其他了。
為了能在段祺瑞心目中留有好印象，早日重返政壇，徐樹錚誇口說：“段公，我這次在海外，可謂收獲不少，各友邦對兄弟非常重視。”
段祺瑞說：“他們對現在的中國時局有何見教?”
徐樹錚胸有成竹說：“他們認為臨時政府無實力基礎，要想得到恢複，最好的辦法就是得到友邦的全力支持。現在政權分立，表麵上是段公執政，實際上是各軍務督辦各執自己的地盤，若想把政權鞏固下來，必須在各國對中國的利益問題上作文章。”
段祺瑞聽到這話，心裏有些波動，他說：“那現在最關鍵的問題又是什麼，各國友邦又是怎樣看待中國的赤化現象?”
徐樹錚說：“不用友邦來說，就兄弟我這幾年所觀察的心得來說，對赤化現象要堅決鎮壓，采取措施，赤化問題已經成為全世界的問題了，中國不能走帝俄的老路，隻有對赤化加強取締，並約束所謂的反帝運動，就能得到友邦的同情，如果有了同情和信任，還怕政權旁落嗎?中國人愚頑，而且我們的國庫空虛，隻有靠著友邦，才可能達到我們所希求的。”
這番話，可謂句句打在段祺瑞的心坎上，多少日子來，周圍沒有像徐樹錚這樣敢於“諍諫”的幕僚了。徐樹錚遂提出請求，讓段祺瑞以元首的身份公開接見他，以證實他專使身份，也表示他在元首眼中的地位。這樣他在同國外公使接洽時，就能更深入地進行。
段棋瑞開始有些猶豫，一會兒就讓徐樹錚的米湯給灌暈，決定於次日舉行公開的會見。
這一日，徐樹錚在執政府上演了一出戲，身著大禮服，胸前佩掛各式各樣的大勳章，以外國公使之禮入覲。內閣中多有人不滿，可是段棋瑞已經鬼迷心竅，哪裏還能聽進其他意見，煞有介事，以元首身份，又是鞠躬，又是握手，好一番熱鬧。
徐樹錚又回到了過去，找到感覺，好不得意。29日這一天，他更是忙裏忙外，上午，他身著大禮服遍訪各國公使，到處吹牛；下午，徐樹錚出席了國務會議，報告考察各國的情況，又到一所學校參加歡迎會，以元首的大紅人自居，到處許願，胡亂發表意見，晚上又參加龔心湛的宴會。徐樹錚的招搖，引起很多人的惡感，本來已經忘卻的舊事，又被重新提起。
消息傳到段祺瑞耳裏，他連忙派人到龔心湛府上，讓徐樹錚盡快離開北京。
交通總長龔心湛代徐樹錚接洽好一列專車，因戰事剛過去不久，專車行駛很慢，直到晚下十點多才到廊房。這是一個明月如晝的夜晚，徐樹錚還在專車內做美夢，為段祺瑞起草與各國公使聯盟草案。專列在廊房靠站後，有一隊士兵列在站台上，徐樹錚還以為是來歡迎他的，沒等手舉起來，有一年輕軍官上來將其手臂扭在背後，拉下列車，不等他有任何反抗，一彈將其斃命。
車站有些混亂，徐樹錚的隨行人員多是文官，隻會大喊大叫，那隊士兵迅速撤離。
事發忽然，段祺瑞老想把這件事查個水落石出，終因徐樹錚樹敵太多，作惡有加，底下人也不甚上心。此血案也就不了了之了。徐樹錚可謂死得不明不白，段祺瑞大有“兔死狐悲”之感，心裏甚是不快活，也生怕自己遭到暗算。這回，他對這個元首沒有什麼留戀了，思謀退身之路。段祺瑞為徐樹錚發了一道表揚和撫恤的命令，段這道命令須由陸軍總長副署，卻因賈德耀置之不理，此令無法發表，也隻好做罷。
徐樹錚被刺，傳言馮玉祥聽說徐樹錚出國期間與意大利的墨索裏尼訂有協約，接受意大利的軍火，為段祺瑞掃平障礙，便使部下秘密將徐處死，一是削弱段祺瑞的的臂膀，二是血洗舅父陸建章慘死之仇，正可謂一箭雙雕。
徐樹錚的死，對段祺瑞的確是一個打擊。而此時，在日、美的策劃下，張作霖與吳佩孚以所謂“反赤”的口號，聯合進攻北方的國民軍和南方的革命勢力。張宗昌和李景林也高唱“奉吳合作”。張宗昌認為，吳佩孚一直把馮玉祥視為頭號對手的，他如若促成奉吳合作，雙方都要買他的帳，他張宗昌不僅可以假他人之手打擊國民軍，自已也成了雙方爭取的“實力”。
在英、日公使的策動下，張作霖派代表張景惠和吳佩孚的代表張誌譚在漢口舉行多次會談，與此同時，吳佩孚又派吳天民、杜孝穆等人至奉天，與張作霖商議聯合進攻國民軍的具體計劃。
日本在奉係軍閥中，都派有大量的軍事顧問和技術人員，張宗昌部的日本軍事顧問就是後來成為甲級戰犯的侵華總司令岡村寧次，而且將大批武器供給這些地方軍閥。英帝國也不甘落後，不僅在財政上幫助吳佩孚東山再起，又供給一萬五千餘支步槍，為奉吳攻國民軍，打下優厚的基礎。
局勢如此，段祺瑞哪裏有不起急的，就在他正準備辭職下台時，馮玉祥搶先一步，向他遞交了辭職書，引起很大反響，段祺瑞不得不先把自己辭職的事放一放了。
奉吳的合作，也在馮玉祥預料之中，可他沒想到會這樣快。自從打敗李景林後，直魯聯軍的張宗昌和李景林一直在魯北準備反攻，而山西的閻錫山也一直對國民軍不斷擴充地盤耿耿於懷。吳佩孚元氣已經複蘇，不會單單經營南方，勢必要北上找國民軍算帳，而段祺瑞現在是自身難保，對馮玉祥最重要的一點還是國民軍內部也在漸漸分化，孫嶽率第三軍幫助他打掉了李景林，作為回報，也得給他地盤，他本來也是直隸人，讓他當直隸省長也是順理成章的事，可天津是第一軍浴血拿下的，也在觀望，他十分為難。
馮玉祥出身貧民，但身為軍閥，為了保存自己的實力，他什麼事都能幹出來，可當事情一旦發生，他又能考慮國家的未來。北京政變後，他曾因為對時局不滿，一度入天台山不下來，後多虧李大釗派徐謙、於右任等國民黨人赴天台山與之交談。共產黨人李大釗親自赴天台山，與馮玉祥懇談，要他振作精神，不要與反動勢力妥協，而且還介紹不不少國民黨和共產黨人赴軍中任軍官，並將蘇俄大使加拉罕介紹給他，使馮玉祥了解到很多革命道理，對俄國的十月革命也有了新的認識。
馮玉祥思想的改變，因而離軍閥們也越來遠，也使得吳佩孚和張作霖視國民軍為肉中刺，不除不快。
吳佩孚和張作霖加快聯手的步子，雙方在大連、漢口等地達成反國民軍共識後，議定消滅國民軍後，奉軍出關，直魯歸吳。
於是，吳佩孚通電全國：討奉停止。