這時，張勳指派梁鼎芬為清室代表，王士珍為民國代表，來到總統府，要求黎元洪退位。王士珍拿出擬好的奏折，對他說：“事情到了這步我看你還是在上麵蓋印吧。說起來，你我也都是朝廷的命官，這奉還大政，也是順其天意。”
黎元洪說：“你等毫無心肝，如此這般就背叛了民國，難道不臉紅，還跑到這裏來要我奉還大政。頭可斷，這印不能蓋。”
梁鼎芬身著前清官服，陰陽怪氣說：“這印還是蓋了吧，想想過去，不是也受到朝廷的恩惠嗎。你就是不蓋，也走不出這裏，外麵全是張紹軒的兵馬。”
黎元洪說：“民國是國民公有之物，我受到國民的委托，當以國民的意誌為重。你欲扶清室，當以清室前途為計。你們這樣，我對清室不負責任。”
梁鼎芬冷笑說：“現在是宣統了，不是你為清室負不負責任的事，而是清室為你負不負責任。你最好還是在奏折上蓋印吧。”
隨後，梁鼎芬要黎元洪聽旨。黎元洪捂住耳朵，誓死不從。梁鼎芬、王士珍等人隻好回宮“奏請”皇帝去了。這時，黎元洪隻能依張國淦之計，先免李經羲的職，又任命段祺瑞為國務院總理，並致電馮國璋，請他代任大總統，以求救國。做完這些事情，黎元洪化了妝，跑到日本大使館內。忙亂之中，黎元洪身邊中華民國之璽、冊封之璽、榮典之璽、大總統印、陸海大元帥印五顆大印被總統府軍事顧問丁槐拿走。這樣一來，北京政府已經不存在了。再說張勳逃往荷蘭使館時，也生出件和丟“國璽”差不多的事，他聽到討逆軍圍城後，身邊一個小箱子不見了，那箱子裏裝有和各省軍閥關於複辟的重要信件，其中就包括馮國璋、徐世昌等人的親筆手書，哪料想那箱子讓他的參謀長萬繩拭給偷走了，急得他團團轉，因為那東西在必要時刻是能救他命的。後來，萬繩拭用這些信件敲了各督軍不少錢，但他還算夠交情，將其中有關北洋幾個元老的信件又交給張勳。
小溥儀在小朝廷作威了幾天，又該他哭鼻子了。宮裏的人哄他，見他心情不好，就說那張大帥打了勝仗，一些老太監煞有介事地對小宣統說：“我剛才還摸過宮裏供奉的關老爺的馬，一摸那赤兔馬，皇上您猜怎麼著，都出了汗，敢情那是累的，可見關老爺顯了聖，幫著咱張大帥複清室。”那溥儀聽後一樂不要緊，旁邊的小太監也來了神，一本正經說：“可不是嗎，我都聽見養心殿西側牆後傳有鏗鏘作響的聲音，這必是那關公老爺使著那把青龍偃月刀打段祺瑞呐!”溥儀信以為真，還就跑去摸那關公木雕坐騎，也真覺得有點濕乎乎的，回去睡上一覺，趕醒來就不是那麼回事了，宮裏的人都哭喪著臉。
原來，張勳打敗了，自己跑到荷蘭使館裏去。
載灃和陳寶琛已經擬好退位詔，就等著小皇上禦鑒下詔：
宣統九年五月二十日(農曆)，內閣奉：
上諭：前據張勳等奉稱，國本動搖，人心思舊，懇請聽政等語。朕以幼衝，深居宮禁，民生國計，久未與聞。孝定景皇後遜政恤民，深仁至德，仰念遺訓，本無絲毫之天下之心，惟據以救國救民為詞，故不得已允如所請，臨朝聽政。乃昨又據張勳奏陳，各省紛紛稱兵，近日又將以政權之爭致開兵恤。年來我民疾苦，已如水深火熱，何堪再罹千戈重茲困累。言念及此，輾轉難安。朕斷不肯私此政權，而使生靈有塗炭之虞，致負
孝定景皇後之盛德。著王士珍會同徐世昌，迅速通牒段祺瑞，商辦一切交接善後事宜以靖人心，而弭兵禍。
欽此!
這個退位詔沒等發出去，段祺瑞已經派人來了，表示不追加清宮罪責。盡管如此，皇太後還是怕溥儀不測，讓他的英文老師莊士敦以朋友身份將他領出宮，躲進英國大使館內。段祺瑞實在也顧不上這個皇帝，給他吃喝，養起來就行了，時下的心思，還在重新組閣上。
攆跑了張勳，段棋瑞以拯救民國的功勳自居，先到日本大使館叫出黎元洪，單刀直入問說：“宋卿，今後有什麼打算?”
黎元洪驚魂未定說：“兄弟不德，此係我一人之過，決意引咎辭職，以謝國民。”
段祺瑞說：“那是何必，事出有因，誰也沒料到嘛。”
段祺瑞這樣說，也是有他的想法，國會已經散了，如果黎元洪學乖，倒可以使些花招，若讓馮國璋當上大總統，相比之下，還沒有黎元洪好對付。可嚇壞的黎元洪，堅死不從，非要回天津隱居，再不涉政。馮國璋已經迫不及待，趕忙入京任大總統，來京後，先假惺惺勸黎元洪一番，口口聲聲要幫助他。黎元洪吃盡這些軍閥的苦頭，哪裏還敢答應。馮國璋問起那五顆大印之事，黎元洪才拍拍頭，告之那丁槐已經奔了上海。馮國璋一麵派人緝拿丁槐，一麵會晤段祺瑞，兩人見麵後，好不快活，說起來，兩人的交情從受到袁世凱的“提防”就開始了，隻是心照不宣罷了，這次雙雙執政，豈有不樂之理。
還在天津，段祺瑞就已經開始了組閣活動。這次研究係的人物梁啟超、湯化龍、林長民等人，在幫他倒黎元洪時，立了大功，自然入閣。軍師徐樹錚，倒有些不以為然，認為段祺瑞不應“偏重黨會”，遂又跑到馮國璋那裏去是非。馮國璋平生最佩服梁啟超，信服他的學問，也沒理徐樹錚，再說那梁啟超畢竟是一介書生，構不成威脅，便以大總統的名義同意段祺瑞的內閣，任命汪大燮、劉冠雄為外交總長、海軍總長；任命內務總長湯化龍、財政總長梁啟超、司法總長林長民、農商總長張國淦、交通總長曹汝霖。
不日，馮國璋通過對德宣戰。
這一來，段祺瑞所有的目的都達到了，北京主政後，又有一班抬轎子的人，所以現在對他最棘手的問題還是南方的問題，他挖空心思，想在“統一南方”的問題上先發製人。經曆過這些，孫中山看穿了段祺瑞，自他當政以來，逼迫黎元洪，操縱督軍團，禍亂北方，解散國會，最後導致把張勳的辮子兵引進北京，演了一場千古鬧劇，遂對段祺瑞失去信心，決定另起爐灶。
海軍總長程壁光積極響應孫中山、廖仲愷的護法運動，率海軍第一艦隊開赴廣東。滇桂的唐繼堯、陸榮廷為確保自己在西南的統治地位，也表示反對段祺瑞解散國會的做法。被張勳驅散的國會議員，紛紛南下，八月下旬，先期到達廣州的議員召開國會非常會議，通過民國軍政府組織大綱，選舉孫中山為軍政府大元帥，唐繼堯和陸榮廷為元帥。孫中山宣誓就職，號召軍民起來討伐毀法專製的段祺瑞和他的北京政府。先有駐守湖南南部的鎮守使劉建藩和湘軍旅長林修梅聯名通電，宣告湘南自主，此後又有四川、陝西、湖北、山東等地軍民響應，有的稱護法軍，有的稱靖國軍。
麵對這種局麵，段祺瑞哪能不慌，急欲以武力鏟除以孫中山為首的西南勢力，於是，他和馮國璋一番密談後，準備對西南實施武力。段祺瑞知道，要想進入廣州，必先入湖南，他先把心腹傅良佐安排為湖南督軍，又命北洋陸軍第八師師長王汝賢和二十師師長範國璋南征。王、範都是直隸人，和馮國璋有同鄉之誼，手下兵弁也多來自直隸，平日都看馮國璋眼色行事，得南征令後，兩人便到段祺瑞和馮國璋那裏去辭行。