編輯體例上，編委會把作者編輯成冊、單獨出版、獨立成卷的著作，遵循原例，彙為一卷。第1卷《中國音樂史綱》《國樂概論》；第2、3卷《中國古代音樂史稿》（上、下卷）。論文分為“傳統音樂”與“樂律學”兩大類，按發表時間排序。第4卷是傳統音樂論文，第5卷是樂律學論文。部分論文曾輯為《楊蔭瀏音樂論文選集》，寫於1949年前的短文，賴之以存，也為成卷提供方便。作者最傑出的學術思想和體現技術分析能力的篇目都集中於此，如樂律學集大成者《三律考》，樂器學範文《笙—竽考》等，已被學界視為20世紀的經典。
第6卷“樂種研究”，輯錄了第一次被記錄下來的樂種《定縣子位村管樂曲集》《智化寺京音樂資料》《陝西的鼓樂社和銅器社》和工具書《業務參考資料十二種》。除《管樂曲集》於1952年出版過，其他三種都未正式出版，尤其《業務參考資料十二種》，是被壓了太長的工具書，不是沒人了解，而是“技術至上”受批判的時代不許出版，但它是認真做事做出來的奠基性成果，提供田野考察和樂種研究的傑出範例。且不說由此改編的《民間音樂普查手冊》成為五大音樂“集成”出台的第一扶手和推手，就是後來出版的《非物質文化遺產普查手冊》依然離不開這個底本。其實，從未出版的油印本一直是中國音樂研究所的研究人員外出采訪隨身攜帶“備稽檢而供采擇”的手冊，當然也是首選教材。
第7卷，有1949年前作者整理的大量曲譜《雅音集》（第一集、第二集），1949年後翻譯古譜的典範《宋薑白石創作歌曲研究》和著名的《阿炳曲集》；第8卷《蘇南十番鼓曲》（又名《蘇南吹打曲》）《十番鑼鼓》，是作者下功夫最多的家鄉樂種的調查與曲譜記錄；第9卷，收錄了曲藝音樂的第一次全麵記譜《單弦牌子曲資料》《單弦牌子曲資料集》。
第10卷包括戲曲、曲藝、器樂、民歌四類，彙聚了《〈閑敘幽音〉琵琶譜》《三弦譜》《五台山僧寺流傳宋時樂譜》《昆劇吹打曲牌》《關漢卿戲劇樂譜》《西廂記四種樂譜選曲》《元王伯成〈天寶遺事諸宮調〉拾殘尋譜》《內蒙曲集》《民歌曲集》。這些樂譜，大部分沒有正式出版，特別是楊蔭瀏親自抄錄、收藏，在研究宋代詞人薑白石俗字譜過程中起過關鍵作用的《五台山僧寺流傳宋時樂譜》，幾乎是所有音樂史研究者渴望一睹的珍貴資料，《〈閑敘幽音〉琵琶譜》也是楊蔭瀏抄寫的豎寫工尺譜，為提供參考，保持原貌，影印出來，以饗讀者。
第11卷，有民族器樂《文板十二弦譜》《變體新水令》《民間器樂曲選》，古琴類《古琴曲彙編》《瀟湘水雲》、中英文對照的《琴譜》。1956年，中國音樂研究所進行第一次大麵積音樂普查，並於1960年出版了《湖南音樂普查報告》。由於禁忌，宗教音樂類的重要文獻《宗教音樂》《佛教禪宗水陸中所用的音樂》《儀式音樂》均未收錄，加蓋上“內部資料”的“定語”，內部油印。楊蔭瀏在普查期間所作的主要工作就是記錄瀏陽縣祭孔儀式音樂，隔了這麼多年，我們終於可以把學界頻繁引用的全文出版，去圓楊蔭瀏四十年前的夢。可以安慰記錄者的是，改革開放和非物質文化遺產保護工作開展以來，孔子的家鄉又恢複了祭孔儀式。誰也沒見過的儀式用樂，或者說唯一可以依據的音樂資料，就是他記錄的“丁祭”儀式報告，同樣經曆過戰爭的韓國、越南同行，也在恢複祭孔時，把他的記錄奉為圭臬。
第12卷《普天頌讚》。讀者多半會震驚且感動於這部厚厚的讚美詩歌集，這是作者花了十年時間（而且是最年富力強的十年）的結晶，使人們認識到學貫中西的學者的另一麵。楊蔭瀏對現代音樂史做出的最主要貢獻，可能是這部一個時期學術界無法談論因此避而不談的讚美詩，比起隻有學術界欣賞、印數不過數萬冊的中國音樂史，這部樂譜的印數不啻高過數百倍，傳播範圍遍及整個華人世界。自西方傳教士進入中國但沒有統一定版的讚美詩樂譜，從此有了符合漢語四聲字調的翻譯和定腔定字，滿足了社會需求，某種程度上還為中國現代文化的統一默默發揮著作用。
第13卷包括基督教音樂的介紹文章、翻譯文章以及作者唯一的詩集《心聲》，部分創作歌曲。最後附錄華蔚芳整理編輯的《楊蔭瀏年表》，拍攝於不同年代、頗能反映作者不同時期風采的照片。
有些單獨發表並收入集冊的論文，如《工尺譜的翻譯問題》，單獨發表於《民族音樂研究論文集》，後收編於《業務參考資料十二種》。為保持完整性，收入《業務參考資料十二種》。每篇文章末，附上初次發表的刊物名稱、年代、期數，轉載於哪家刊物的名稱和時間，收入各種文集和選集的也一並列出。可以確定寫作年代的，附記寫作年代。作者與其他人合作的，篇末寫上“署名：某某”。
整理持續六十年的著述，無論是迄今為止出現過的記譜方式（減字譜、橫排、豎排、斜寫的工尺譜、俗字譜、律呂譜、框格譜、簡譜、五線譜）還是20世紀初期流行的標點符號、演奏、表情符號等，均屬不易，《雅音集》第二冊簡譜下，全部排列琵琶演奏記號；《文板十二曲》的工尺譜旁，也標有演奏記號，五線譜下麵采用四線記錄演奏符號。這類符號，已經退出曆史，隻能影印。古琴減字譜，如原書清楚，也掃描影印，五線譜與簡字譜合璧式的，也都予以保留。部分樂譜重新製版，當然，這項工作須靠種種技術支撐。為了把《國樂概論》無所不包的樂譜忠實再現，溫州大學的陳克秀教授在計算機上花了整整兩年時間。文字樂譜相間的，采取結合方式，《工尺譜淺說》原為豎排，為方便讀者，文字部分橫排，工尺譜保持豎排。影印樂譜涉及的繁體字因無法改動，一仍其舊。我們不得不麵對現代排版技術的難堪，許多樂譜和演奏符號，反不如刻版時代方便。當然，大部分樂譜重新排印了。
需要解釋的是，《全集》中的許多資料並非楊蔭瀏一人所為，身為中國音樂研究所所長，他主持了許多項目，由研究和資料人員共同完成，特別是與之終生搭檔的曹安和。可以說，曹安和參與了楊蔭瀏著述大量樂譜和資料的整理工作，沒有兩人的默契合作，難以達到現有數量。20世紀50年代，同事們共同合作不計名分，自然無從分辨誰記錄、記譜、整理、執筆（即使有像單弦牌子曲注明文彥記譜），雖經楊蔭瀏校對，但都是多人合作的結果。這好比楊蔭瀏把思路交給搭檔曹安和，搭檔曹安和又把任務布置給同事們，共同提煉之後，又把終審權傳回楊蔭瀏。“千金之裘，非一狐之腋；大廈之材，非一丘之木；太平之功，非一人之力。”王子淵：《四子講德論》，［梁］蕭統編、［唐］李善注：《文選》。李培南、李學潁、高延年、欽本立、黃宇齊、龔炳孫標點整理，龔炳孫通讀。上海：上海古籍出版社，1986年，第2252頁。英雄陳力，群策畢舉，諸如此類，說不清誰是誰的。講究“集體主義精神”的時代，完全獨立的成果既不可能也不可信，團隊保證了有效產出，其中包含了默默無聞又彼此融洽的合作。尊重曆史當是後人理解這類文本的前提。原書中有參與者署名的都予以保留。
今天有條件彙總全集，使後人對一代宗師有整體性仰視，真是令人愉快的事。學術界要感謝為“楊蔭瀏基金”捐資的世界各地的音樂家，感謝江蘇文藝出版社，他們使得楊蔭瀏的著作能以完整麵貌呈現於世，嘉惠學林，梯航後學。