2、部分財政資金閑置存在管理漏洞
從2012年的財政專項資金審計報告得知，公共財政預算管理中有7項共3.7億元財政專項資金閑置一年，可見在資金餘缺方麵沒有達到優化配置；另外，因項目安排控製不嚴，部分項目違規獲取財政資金。如武漢某公司的同一個項目，向市商務局申報獲專項資金50萬元，又向市經信委申報獲取專項資金18萬元。新洲區外派勞務服務中心弄虛作假，套取“走出去”補助資金35萬元用於人員經費等支出。這些重申報資助、輕項目實施的行為使得資金預算流於形式，與實際支出明細脫節，應加強日常監督與跟蹤管理。
3、部分單位違紀違規現象嚴重
由於管理缺乏製約機製，個別國家機關工作人員利用職務之便貪汙國家專項資金。2012年之前，市科技局管理的部分項目，從申報、組織評審、項目後期管理到驗收，由同一處室組織完成，缺乏內部控製和製約機製，2010年有34個項目無相關申報、評審程序，共安排項目資金498萬元。某正處級幹部借用親屬名義設立公司，將各級財政科技研發資金460.1萬元安排給該公司，貪汙國家專項資金。某擔保單位違規向天興洲大橋工程項目（公路部分）建設單位收取貸款擔保費，造成工程成本增加8400萬元。
4、個別項目招投標過程不規範
在對部分政府重點投資項目的審計中發現，5個項目未按規定進行公開招標或招投標程序不規範，涉及3879.57萬元；3個項目存在涉嫌轉包和串標等行為，涉及5786.3萬元。這些違章行為嚴重影響了財政資金的公平合理的使用。
三、財政資金績效審計的重點
由於審計目標的多樣性，不同的項目其審計重點也會有所變化，所以在大多財政資金績效審計中都會傾向於以下三個重點，而這些重點作為財政資金績效審計體係的重要組成部分和評判標準，為績效審計指明了方向，提高了績效審計工作的效率。
1、經濟效益方麵
經濟效益主要是關注投入和成本之間的比例關係，強調的是資金的節約程度，因此，對政府的財政資金的經濟效益進行審計就得在保證適當質量的前提下，評價資源的占用和耗費是否節約和經濟。在這裏，經濟效益審計可籠統地概括為效率和效果審計，它們之間有著層層遞進的關係。可通過審查本市財政資金收支規模、收支結構、財政資金籌集成本、支出定額標準等信息，揭示財政資金在收支過程中是否符合國家的方針政策、是否遵循成本效益原則籌集與分配財政資金，是否存在因決策失誤導致浪費的問題，以達到促使財政資金充分發揮效益的前提下節約使用資金的目的，審查政府財政資金在部分環保、項目投資等方麵能否發揮出其應有的經濟效益。
2、公平性方麵
公平性是指財政資源收入分配過程要體現平等性，要求兼顧各階層、各領域，同時在提供公共服務、產出和結果分配過程中體現平等。因此，對財政資金的公平性審計主要是審查財政資金的應用是否體現了公平原則，確認接受對象是否受到公平待遇，需要照顧的弱勢群體是否得到更多的照顧。在武漢對於公共文體場館進行審計的過程中發現，11家公益性場館中僅有4家在財政年度預算中安排了場館維修專項資金，占總數的36%，大多數都是以不定期、不定額的形式申報，程序也較為繁雜。由於專項維護資金的缺乏使得“重建設、輕維護”現象在公共文體場館中普遍存在，不利於文化事業的長期發展。所以，僅就在公共服務方麵，武漢財政資金的收入分配還應更合理化，以不斷促進文化產業的發展。再如武漢青山區對城市基本公共衛生服務進行全麵審計中發現，2011年10月，湖北省衛生廳、財政廳聯合頒布了《省級標準》，其中的補助單價製定偏低，影響了資金分配和基層醫療機構的積極性，同時，現行《省級考核辦法》細致具體，但實際執行難度很大，專項資金難按工作量分配到位，有失公正和公平。