（3）控製措施不力。主要表現在：經濟活動合同未實行歸口管理，合同文本不規範；組織結構設置及權責分配不合理，沒有建立明確的崗位責任製，各崗位之間缺乏製衡機製；預算重編製輕執行、重支出輕評價，缺乏有效的約束機製；授權審批製度不科學，“一支筆審批”易造成大權獨攬；固定資產重購輕管現象比較普遍，導致資產賬實不符甚至國有資產流失等。
（4）缺乏有效監督。上級主管部門對高校內部控製製度製定的科學性、落實的準確性、效果的顯著性等缺乏跟蹤監督機製，對內部控製方麵存在的問題缺乏相應的懲罰與激勵機製；由於執行內部監督的紀檢、審計部門是高校的內部部門，缺乏自身的獨立性，使其監督職能不能有效發揮。
三、高校內部控製改進措施
1、優化內部控製環境——前提
內部控製環境是一種氛圍，影響著高校全體教職工的控製意識及其實施控製的自覺性，優化內部控製環境是促使內部控製其他要素發揮作用的前提。首先，要強化作為高校最高管理者——高校負責人的風險意識與內控意識，由此自上而下改變落後、陳舊觀念，提高內部控製建設重要性的認識。其次，鑒於內部控製具有的全麵性和係統性，高校在樹立和增強內部控製責任意識的同時，要明確崗位責任製與問責製，堅持不相容職務的分離，增強不同部門、不同人員的參與力度。再次，要將內部控製理念作為高校的組織文化理念之一廣泛宣傳，營造良好的文化氛圍。最後，因人設崗，精簡組織機構，減少管理層，促進高校組織機構之間相互製約、相互滲透和協調運轉。
2、完善內部控製製度建設——依據
高校內部控製製度的設計，必須依據客觀規律及《規範》的規定，遵循全麵性、重要性、製衡性和適應性四個基本原則，結合高校自身實際，健全和完善適合本校特點的內部控製製度。深入內部控製全程，梳理預算管理、收支管理、政府采購管理、資產管理、建設項目管理、合同管理六個關鍵環節管理製度並作融合設計，實現高校各項經濟活動的規範化和有效化。鑒於製度的有效執行是內部控製建設的重中之重，因此高校在加強員工內部控製意識、提升業務素養之外，應建立相應的約束機製，即人員的責任製、定期考核機製和必要的責任追究機製。同時，還應利用《規範》頒布實施之機，對目前執行的《規範》、《企業內部控製基本規範》、《企業內部控製配套指引》、《內部會計控製規範——基本規範（試行）》進行全麵梳理，引入分析國外先進的內部控製理念及經驗，充分吸收整合，從而促進自我完善，提升整體運行效率。
3、建立有效的風險評估機製——基礎
風險評估是確定如何管理和控製風險的基礎。風險評估的前提條件是設立目標，隻有先確立了目標，才能針對目標確定風險並采取必要的行動。高校應根據其發展戰略目標，通過對各種客觀資料和運作事故記錄進行分析、歸納和整理，找出潛在的風險及其損失規律，即關鍵風險點，建立風險預警係統和風險管控體係。在分析風險概率及其風險影響程度的基礎上，根據風險性質和高校自身對風險的承受能力製定回避、承受、降低或者分擔風險等相應防範方案。風險評估的關鍵控製點在於，一是風險評估過程必須完整記錄並被恰當地反饋給相關的責任人；二是對風險評估過程必須建立風險評估的反饋及信息溝通機製。高校風險評估的組織形式可以考慮建立包括財務、管理、法律、信息、安全等方麵的專家技術人員組成的風險管理委員會，定期對各項經濟業務行為的全程進行深入細致的梳理，並作出全麵、係統和客觀的評估。
4、運用適用的控製活動——手段
控製活動是確保風險反應被執行的政策和程序，它貫穿於高校的所有職能部門和崗位。首先，高校應在選定風險應對策略後結合經濟活動的性質、範圍、規模等情況，采取包括不相容職務分離、授權審批、會計係統、財產保護、預算、單據控製以及歸口管理等控製活動，做到各經濟業務流程手續完備、相關文件、記錄和憑證完整，以達到有效控製。其次，除了對高校經營管理的各個方麵實行全方位的有效控製外，還應對預算、收支、政府采購、資產、工程建設項目以及合同管理等重要環節和關鍵崗位實行重點控製。最後，嚴格執行“三重一大”等重大經濟事項的集體決策製度，對大額資金使用、大宗設備采購、基本建設等重大經濟事項的內部決策采取集體研究的方式決定，最大限度地防止濫用權力等不良現象的發生。