“黃金擠兌慘案”發生後，國民政府立刻宣布停止以金圓券兌換黃金，而金圓券更是一瀉千裏，此舉使得許多小康人家傾家蕩產。
“預支軍費”的“黃金草約”
隨著戰局的進一步惡化和桂係的“逼宮”，蔣介石下野已成定局。在下野前，蔣還不忘國庫裏的剩餘黃金。1949年1月8日，他密召聯勤總部財務署中將署長吳嵩慶商談運金事宜。因財政界反對聲音較大，在俞鴻鈞與財政部溝通、施壓後，由蔣介石擬訂一份“草約”，把國庫資金的半數以“預支軍費”的名義保管起來，然後再秘密運出。之所以擬訂這樣一份“黃金草約”，據吳嵩慶之子吳興鏞博士推測，蔣是希望通過此舉告訴央行領導人：“這是我蔣總統命令國民黨軍隊財務署長吳嵩慶同你們立約的，有什麼事情你們不必負責。”此時，蔣的身份仍是“中華民國總統”，所以，這筆軍費的支出，吳認為，應該還算合法的。
就在蔣介石正式下野的前一天——1949年1月20日的清晨6點，海軍“海平”號“美朋”號“昆侖”號“峨眉”號等艦艇，裝載著90萬兩黃金及大量純銀，一共151箱，以“預支軍費”的名義被運出上海。
但是這次所運的90萬兩黃金，與之前1月10日運走的10萬兩一樣，都沒有直接運抵台灣，而是運到了廈門鼓浪嶼上的中國銀行地下金庫（現鼓浪嶼晃岩路30號）。
然而奇怪的是，鼓浪嶼的這兩批黃金居然完全沒有列入台灣央行黃金收支賬目，台灣“國防部”檔案中也缺少1949年軍費預算和支出資料方麵的記載，而那份“黃金草約”其後也無影無蹤了。1949年1月27日，央行交付1317箱檔案送上了自上海開往台灣基隆港的“太平”輪，途中沉沒於舟山外海，五名央行工作人員及上千箱央行檔案都隨船沉沒，黃金草約很可能已隨這批檔案沉入海底。
對於檔案是否隨“太平”輪沉入海底的說法，吳興鏞在查閱央行往來文書後認為，隨“太平”輪沉海的應該不是最重要的央行賬冊，因此更完整的檔案很可能在廣州、重慶、成都或台北的央行檔案內。當然，也不排除戰亂中遺失或被故意銷毀的可能。
國庫被搬空
蔣介石下野後，俞鴻鈞也隨之去職，由劉攻芸接任“央行”總裁。劉攻芸認為“以蔣介石下野之身，委實不宜繼續下令搬移國庫存金”，因此，劉攻芸對蔣氏父子一再催辦的黃金密運事宜置之不理、一再拖延。1月28日，以央行常務理事身份在上海繼續籌劃黃金密運的俞鴻鈞，密電蔣介石“請經國兄催辦”。1月30日，空軍總司令周至柔、海軍總司令桂永清與聯勤總部總司令郭懺三人一同赴滬，與吳嵩慶一道拜會劉攻芸。在這次會談中，劉終於同意交出國庫剩餘黃金銀圓。
2月7日，香港《華商報》出現一則報道：“央行又有黃金由中航專機飛台北。”而據中央銀行的檔案記載，到8日央行的黃金量從80萬兩減至68萬兩，而一架中航C-46運輸機的載重量恰好是12萬兩。由此可見，香港的這則消息是可靠的，但如此機密事宜怎會輕易泄露呢？或許是劉攻芸作為央行總裁，不願守著一個空國庫，雖迫於壓力不得不同意，但仍心有不甘而故意為之。但這次的消息泄露，讓下野的蔣介石非常驚慌，為防止李宗仁出麵阻攔，他指示出動軍機，在兩天內運送了48萬兩黃金。蔣介石的專機駕駛員衣複恩都參與執行了此項任務，可見蔣介石對此的重視程度。到2月10日，上海國庫黃金隻剩下20萬兩。