第四，預算資金不能按期執行，不僅影響了項目資金的使用，還可能造成項目資金不足影響項目的完成，更為嚴重的是，會影響以後項目經費的申請。比如，廣東省教育廳要求省級各項教育財政資金應在每年12月20日前支付完畢，對未能安排支出的省預算指標，在結轉下年時予以扣減經費10%，並適當削減下年度相關預算。
四、財政項目支出執行緩慢的原因分析
（一）製度環境因素
1.地方國庫額度下達較晚
在國庫集中支付製度下，資金繳撥以國庫集中收付為主。在實踐操作中，中央國庫資金一般在年初就能及時到賬，而地方國庫額度下達較遲。一般來說，在地方財政資金當年未用完時，為保證對財政資金的有效監督，財政將剩餘額度全部收回，但下一年度又未能即刻返還額度，往往等到5、6月份才能陸續到賬，加上7、8月暑假，全年用款時間不足1/2。資金使用有效期短，是造成項目資金執行進度較慢的首要因素。
2.科研管理製度設計與實際情況相脫節
現行科研管理製度與現實情況相脫節，沒有結合現實情況及時修訂，其不合理性主要體現在以下兩個方麵：第一，人員經費支出對象不合理。根據有關文件規定，科研項目不能支付有工資性收入人員的工資及勞務費，隻能支付臨時聘用人員或沒有工資性收入人員（如學生）的勞務費。由於多數老師都是在繁重的教學任務之餘加班加點進行科學研究，他們付出的勞動和智慧是科技創新的關鍵，但他們的辛勤付出卻得不到任何勞務報酬，這既不符合情理，也不符合我國多勞多得的基本分配製度，更無法激發老師的積極性。第二，人員經費支出比例過低。有關文件規定，勞務費的支出總額不能超過項目資助額的10%。然而，不同行業有不同的特點，比如藝術創作、建築設計、軟件編程等領域的科研項目，科研成果主要依托於開發人員的腦力勞動，而對設備、材料等的需求較小。科研管理製度不符合科研活動的實際狀況，必然會影響科研經費的預算執行。
3.招投標和工程審計周期較長
財政專項支出中的大額支出主要集中在修繕維修工程、設備采購等方麵。有些高校規定造價在1 000元（含1 000元）以上的修繕維修支出必須經過工程結算審計才能支付工程款給施工單位。單項或批量價值在10萬元人民幣（含10萬元）以上的貨物采購和服務、工程建設，單項或批量價值在8萬元人民幣（含8萬元）以上的工程建設必須進行公開招標。在實際操作中，修繕裝修工程審計常常要等待一年以上才能審計完畢，國內采購大額設備需耗時3個月，進口設備采購則耗時更長。由此可見，招投標和工程審計周期較長，嚴重製約了項目支出的執行。
（二）內部管理因素
1.科研項目負責人時效性意識不強
財政項目支出除了“985”經費、“211”經費等由學校統一分配管理的項目之外，還有相當大比重的財政撥款性科研經費，如“863”項目、國家自然/社會科學基金項目、省自然/社會科學基金項目等。受傳統觀念的影響，這些科研項目的負責人有相當一部分資金時效性意識不強，加之有些人對相關科研經費的管理規定不熟悉，認為“項目是我個人的，隻要在結題前用完就可以了”，因此往往會出現用款截止日期前突擊花錢的現象，甚至有個別項目負責人被注銷未用完的額度後才恍然大悟。
2.高校財務核算程序較繁瑣
一方麵，教育部對高校財政資金使用的要求更加精細化，因此高校核算過程也更加嚴謹，對相關文件和程序的審查更加嚴格，報銷更加規範；另一方麵，繁瑣的核算程序讓報賬人員對經費使用望而卻步，對資金使用進度的積極性不高。比如，有些高校的財務部門要求“985”經費、“211”經費中的任何支出都需要項目負責人和經費主管部門負責人的簽字確認，有些費用還需要經過校長審批，而不同的簽字人可能在不同的校區辦公；有些財務部門要求報銷費用時需附上級部門審批原件，而取得這些原件要經過不同部門之間的重重溝通……繁瑣的核算程序對預算執行進度造成一定影響。
3.專項經費預算管理存在漏洞
在專項經費管理實踐中，“985”經費、“211”經費等高水平項目一般由學校高水平項目管理辦公室統籌管理，中央高校自主科研項目由科技處、社科處主管，重點實驗室經費由設備處監管，等等。在申請立項時，各經費主管職能部門隻管拿經費，不重視預算編製的科學性和合理性。在經費下撥時，通常通過“一次性分配”的方式進行，不重視後續預算執行的監督和跟蹤。在預算編製中適應財政資金的管理要求、在項目支出“專項性”的原則上提高資金統管能力，是對經費主管部門的新要求。
五、加快財政項目支出預算執行的對策建議