1950年3月25日，中央人民政府出版總署發布《關於統一全國新華書店的決定》，規定全國設總店，各大行政區設總分店，省設分店，縣設支店。根據這一決定，寧夏新華書店即劃歸新華書店西北總分店領導，名稱改為新華書店寧夏省分店。1950年6月，西北總分店派王維藩來寧夏接替李和春任寧夏省分店經理，崔生祥仍任副經理。
1950年8月，中衛縣新華書店成立。對於沒有條件建立新華書店的永寧縣、中寧縣和阿拉善旗、磴口（今均劃歸內蒙古），相繼建立了5個代銷處，營業場所由地方黨政提供，省分店或鄰近支店派人駐地開展銷售業務，定期返店結賬配書。
1951年4月寧夏省分店召開第一次支店經理會議。出席會議的有吳忠、中衛、黃渠橋3個支店的負責人。會議明確了分支店的隸屬關係，將寧夏各級新華書店納入全國新華書店統一管理體製。
1951年7月，省分店派王國森赴黃渠橋支店任經理；1952年3月，派柴新華赴中衛支店任經理。1952年8月，黃渠橋支店遷至平羅縣，更名為平羅縣支店。
1952年，隨著國家恢複國民經濟的任務基本完成，為適應全省發行業務發展需要，寧夏省分店設立了秘書科、業務科、財務科、人事科和服務科（擔負銀川市發行任務）。
1953年10月1日，在蒙古族聚居區——阿拉善旗建立了支店，並將磴口門市部劃歸阿拉善旗支店管理。同日，中寧縣分銷處改建為支店，兼顧毗鄰回族聚居縣——同心縣的發行業務。阿拉善旗和中寧兩個支店的建立，加強了寧夏境內少數民族地區的發行工作。
為了建立全省圖書發行的機動力量，寧夏省分店於1953年12月成立了流動供應隊。流動供應隊由4人組成，配備有膠輪大車一輛，騾子2匹，開展遠距離圖書供應。
1954年，中央決定撤銷寧夏省建製。8月8日，甘肅省分店派廖有仁來寧夏辦理接管工作。寧夏省分店成立了以崔生祥為組長的移交小組，負責總結從1949年10月建店後5年來的工作，8月20日，舉行正式交接儀式，宣布寧夏省分店撤銷。同時以原省分店服務科為基礎組建銀川市支店，所轄各支店均移交甘肅省分店。
二、甘肅省管理階段的新華書店
1954年，寧夏省建製撤銷，並入甘肅省。原寧夏轄區分別改為：甘肅省銀川地區，轄銀川市和賀蘭、平羅、陶樂、惠農、永寧、寧朔、中寧、中衛等8縣；甘肅省河東回族自治州，轄吳忠市和靈武、金積、鹽池、同心等4縣；甘肅省巴音浩特蒙古自治州，轄阿拉善旗和磴口縣。此時建立新華書店支店的市、縣，有銀川市、吳忠市、平羅縣、中衛縣、中寧縣、阿拉善旗。
1955年1月，寧朔縣支店成立。
1956年，永寧、賀蘭、靈武、金積、鹽池、同心、惠農7縣相繼成立新華書店。
三、寧夏回族自治區建製後的新華書店
1958年春，中央決定成立寧夏回族自治區。其轄區包括原寧夏省銀川市、吳忠市及永寧、賀蘭、平羅、惠農、陶樂、寧朔、中寧、中衛、靈武、鹽池、同心、金積12縣；原甘肅省固原回族自治州固原、海原、西吉3縣及隆德、涇源2縣。
1958年9月1日，寧夏回族自治區新華書店成立。經理崔生祥，副經理李得慶。區店設秘書科、業務科、計劃財務科。下轄銀川、吳忠2個市店和永寧、寧朔、中寧、中衛、靈武、金積、鹽池、同心、賀蘭、平羅、惠農、固原、海原、西吉、隆德、涇源16個縣店。
1958年10月1日，陶樂縣新華書店成立。至此，寧夏全區各市、縣均建立了新華書店。
1960年，在石炭井設立地區門市部，歸屬平羅縣店。1965年門市部改為石炭井礦區支店（相當於縣級店），1966年又改建為大武口鎮支店。
1960年1月，惠農縣撤銷，改設石嘴山市。惠農縣店遷至石嘴山市，改稱為石嘴山市店。
1960年10月，金積縣、寧朔縣撤銷，成立青銅峽市。原金積縣劃歸吳忠市，金積縣店成為地區門市部；原寧朔縣店遷址青銅峽市峽口，改稱青銅峽市店。
1966年開始的十年“文化大革命”，新華書店遭到了人為的幹擾，機構反複撤並。1969年9月，自治區新華書店被撤銷，並入寧夏毛主席著作出版辦公室，成為發行組。1970年初，自治區革委會決定成立出版和發行合一的自治區新華書店，內設出版組、發行組、後勤組、政工組。1975年1月，寧夏人民出版社恢複建製，自治區新華書店恢複原貌，專司圖書發行業務。各市、縣新華書店支店相繼恢複，自治區新華書店繼續對各市、縣書店進行業務指導。
1979年，石嘴山市店遷至大武口，石炭井又恢複為礦區書店，並在石嘴山區建立支店，以上3店由自治區新華書店直接管理。
1969年，阿拉善左旗重新劃歸寧夏，其新華書店複歸寧夏區店管轄。1978年底，阿拉善左旗再次劃歸內蒙古自治區，阿拉善左旗新華書店隨之改變隸屬關係。
1985年1月，建立彭陽縣新華書店。
1990年10月，惠農縣恢複建製，惠農縣新華書店重新建立。
1995年，自治區新華書店設立寧夏教育書店，麵向全區開展經常性教材、教輔零售業務。
2004年2月至4月，撤銷中衛縣，設立地級中衛市，中衛縣新華書店改名為中衛市新華書店；撤銷石嘴山市石嘴山區和惠農縣，設立石嘴山市惠農區，原石嘴山區新華書店和惠農縣新華書店合並組建石嘴山市惠農區新華書店；撤銷陶樂縣，原陶樂縣新華書店發行業務分別劃歸銀川市新華書店和平羅縣新華書店辦理。
1988年7月1日，自治區體改委、財政廳、勞動人事廳、新聞出版局聯合下發《關於新華書店改革的幾個問題的通知》（寧體改字［1988］29號），決定將銀川市新華書店下放銀川市管理，作為自治區發行企業改革的試點；其餘各市、縣新華書店仍實行雙重領導，即：自治區新華書店管理財務、業務，各市、縣管理人事。1991年12月，自治區體改委、勞動人事廳、新聞出版局再次聯合發出《關於調整我區新華書店管理體製的決定》，明確規定：“今後各市、縣書店人員管理，由自治區新華書店同當地有關部門共同協商，以自治區新華書店管理為主。自治區新華書店負責各市、縣書店人員編製和工資計劃，任免基層書店正副經理，辦理一般人員調動。地方主管部門負責各市、縣書店黨的工作，向自治區新華書店推薦、交流幹部。基層書店黨支部書記、副書記的任免，由自治區新華書店會同當地主管部門協商確定。”至此，除銀川市店作為試點仍由銀川市文化行政部門領導外，其餘各市、縣書店的三權均由自治區新華書店統一管理。
2000年，寧夏新華書店已發展成為全區最大的國有圖書發行企業，包括1個省級新華書店，5個市級新華書店，18個縣（市、區）級新華書店及39處城鄉發行網點，形成了遍布寧夏城鄉的圖書發行網絡。2000年各類圖書銷售額超過2．9億元，創寧夏建店以來最高水平。自治區新華書店是全區唯一擁有國內出版物總發行權和連鎖經營資質的圖書發行企業，各市、縣新華書店具有圖書二級批發資格，負責本地區圖書的批發和零售業務。
四、外文書店
1978年10月，經國務院批準，國家科委、國家出版局印發了《關於加強外文書刊資料發行工作的請示報告》，要求“在現有外文圖書發行力量的基礎上，建立外文書店，由省、市、自治區領導，圖書進口發行業務由中國圖書進出口公司負責安排”。據此，經自治區科委和出版局研究，並報自治區黨委和人民政府批準，自治區編製委員會於1978年12月16日發出《關於成立寧夏回族自治區外文書店的通知》，明確自治區外文書店為縣團級企業單位，編製暫定12人，隸屬寧夏人民出版社領導。1979年4月10日，自治區外文書店正式對外營業。1980年底，外文書店建成了近千平方米的營業大樓，極大地改善了外文書刊發行業務的工作環境和經營條件。
寧夏外文書店在發行工作中認真貫徹“為人民服務，為社會主義服務”方向，執行“百花齊放，百家爭鳴，古為今用，洋為中用”方針，樹立“服務四化、讀者第一、快速優質、講究效益”經營理念，及時引進有價值的進口原版和影印科技圖書、期刊、文獻以及反映國際先進水平的新技術、新設備、新工藝、新材料等專利資料，為寧夏現代化建設提供智力服務。外文書店先後舉辦了美國時代——生活出版社、美國大英百科全書出版社、英國湯姆遜出版集團、美國普蘭蒂斯·霍爾出版社、埃及金字塔報社的原版圖書展覽和港台中文圖書展覽，參觀人數達1萬多人，收訂圖書5萬多美元。同時，積極組織全區幾十家工業、農業、醫藥、教育、文化等科研單位，參加第一、第二屆北京國際圖書博覽會，訂購原版圖書4．8萬美元，較好地滿足了寧夏科研工作的需要。寧夏化工研究所借助美英《化學文摘》期刊和美國專刊3855234、3862166、3862312等文獻資料，經過半年的努力，研製出人畜兼用的高效廣譜驅蟲藥——“左旋四咪唑”新工藝，適於工業生產，獲得化工部獎勵。
寧夏外文書店在重視社會效益的同時，加強調查研究，及時了解各單位需求，積極搜集原版圖書信息，增加國內版外語圖書品種，複製中學英語教學錄音帶，經銷明信片、賀卡、書簽等產品，努力擴大發行量，不斷提高經濟效益。1979年～1988年，銷售各類外文書刊185萬冊，金額757萬元，實現利潤62萬元，上交稅利43萬元。1988年與1979年相比，銷售額增長16倍，利潤增長8倍，稅金增長5倍。