指揮自動化（C3I）係統對抗中的電子對抗，是C3I係統對抗的重要方麵。C3I係統中的電子戰係統幾乎包含了電子戰技術領域的方方麵麵，如雷達、光電子通信、導航、敵我識別等。因此，C3I係統中的電子戰包括了上述方麵的電子對抗，除了武器平台自衛性的電子戰係統要參戰外，獨立的電子戰平台也要參戰。高科技的電子技術與武器裝備相結合的對抗，使現代戰爭充滿了神奇的魔力。電子對抗在部隊指揮自動化係統對抗中發揮著越來越重要的作用。
近期局部戰爭證明，高技術條件下的作戰，無論作戰行動的規模和樣式如何，往往都把組織電子對抗擺在首位，並貫穿作戰的全過程。1986年4月，在對利比亞的“黃金峽穀”的行動中，美軍先使用其空軍的E—111和海軍的EA—6B電子戰飛機，對利比亞防空及指揮控製係統實施強烈的電子幹擾壓製的同時，對地攻擊機機群的雷達紅外瞄準器也緊張地工作著。就在利比亞防空導彈製導雷達開機的瞬間，攻擊機便立即投放大量“百舌鳥”和“哈姆”高速反雷達導彈。同時，重達900多千克的“石眼”激光製導炸彈也像長了眼睛一樣飛向目標。在短時間內，利比亞便有5座雷達站被摧毀。隨後第二攻擊波又在電子戰飛機的電子掩護和空中預警機的指揮協調下，對包括卡紮菲指揮部和住所在內的5個目標進行了轟炸。
總共才30分鍾的空襲，利比亞就傷亡700餘人，8架飛機被炸毀，而美國隻損失了1架飛機。
曆時42天的海灣戰爭，“電子戰”更是大顯神威：戰爭爆發前，美軍就利用衛星、偵察飛機等各種電子偵察手段，晝夜不停地對伊拉克的各種通信手段進行偵察，獲得了大量寶貴的情報。戰爭之初，多國部隊對伊拉克實施空襲的前一天，就綜合運用多種電子幹擾手段，使伊軍雷達迷盲、製導失控、通信中斷、指揮癱瘓，變成了又瞎、又聾、又癱的武器巨人，致使伊軍遭受空襲40分鍾後，還未能做出有效的反應。戰爭期間，美軍繼續對伊軍的通信係統進行強有力的幹擾，使伊整個通信中斷。因而伊軍最高指揮官的薩達姆不清楚自己的軍隊在什麼地方，更談不上精心指揮；伊軍各部隊不僅不知道敵人在哪裏，連友軍和上級的情況也搞不清楚，隻好各自為戰，伊拉克陷入一片混亂之中。
從中可以看出電子戰在未來作戰中的地位與作用。因此，應將電子對抗係統融合到我軍指揮自動化係統的建設和使用中。平時，要有針對性地組織圍繞奪取製電磁權的演練，以提高指揮係統在電子對抗條件下的生存能力。