酸雨中所含的硫和氮是植物生長不可或缺的營養元素，弱酸性降水可溶解地殼中的礦物質，供動物、植物吸收。然而，如果降水的酸度過高，如pH 值降到5.0 以下，就會產生嚴重危害。我們所說酸雨汙染的危害也主要是指酸度超過了適當的範疇而給世界帶來的惡劣影響。
酸雨汙染的危害極大，它可以破壞植被，直接使大片森林死亡，農作物枯萎，還會對植物的新生芽葉造成傷害，從而影響其發育生長。在土壤鹽基飽和密度低的地區或土層薄的岩石地區，酸雨降落到地麵後得不到中和，就會使土壤、湖泊、河流酸化。酸雨會抑製土壤中有機物的分解和氮森林“艾滋病”：酸雨的固定，淋洗與土壤粒子結合的鈣、鎂、鉀等營養元素，使土壤貧瘠化，導致陸地生態係統的退化。酸雨可使湖泊、河流酸化，並溶解土壤和水體底泥中的重金屬進入水中，毒害魚類，造成水生生態失衡，並對飲用者的健康產生有害影響。酸雨會加速建築物和文物古跡的腐蝕和風化過程，酸雨腐蝕建築材料、金屬結構、油漆等，古建築、雕塑像也會受到損壞。當然，酸雨汙染還會影響人體的健康。酸雨汙染已經對包括我國在內的整個世界構成了巨大的危害。
酸雨也會對森林植物產生很大危害。酸雨損傷樹葉，阻礙植物的光合作用、使樹葉枯黃脫落。全歐洲約有14% 的森林受酸雨危害，德國高達50%。德國人常自豪地稱自己的國家為“黑森林王國”，可是由於酸雨肆虐，現在黑森林已變成了黃森林，墨綠的樹葉泛黃脫落，許多樹冠完全脫光，隻剩下光禿禿的枝，在淒風苦雨中呻吟掙紮。所以，德國人把酸雨稱作“綠色的鼠疫”。美國的世界觀察研究所在一份研究報告中指出，因酸雨引起的世界範圍的森林毀滅，就木材的損失估計，每年超過100 億美元。
遭受酸雨腐蝕的森林
根據國內對105 種木本植物影響的模擬實驗，當降水pH 值小於3.0 時，可對植物葉片造成直接的損害，使葉片失綠變黃並開始脫落。葉片與酸雨接觸的時間越長。受到的損害越嚴重。野外調查表明，在降水pH 值小於4.5的地區，馬尾鬆林、華山鬆和冷杉林等出現大量黃葉並脫落，森林成片地衰亡。例如，重慶奉節縣的降水pH值小於4.3 的地段，20 年生馬尾鬆林的年平均高度生長量降低50%。重慶南山風景區約3 萬畝馬尾鬆發育不良，蟲害頻繁；20 世紀80 年代約有1 萬公頃馬尾鬆枯死，幾經防治，毫無效果。四川萬縣有華山鬆97 萬畝，其中60 萬畝受到不同程度的傷害；而奉節縣有9 萬畝華山鬆，90% 枯死。四川名勝峨眉山，風景綺麗，全靠山深林秀。但近10 年來，冷杉林成片死亡；七裏坡接引殿一帶，有4% 的樹木枯死；金頂附近600 畝樹林幾乎全部死亡，光禿禿，景觀麵目全非。
酸雨對森林的影響，在很大程度上是通過對土壤的物理、化學性質的惡化作用造成的。在酸雨的作用下，土壤中的營養元素鉀、鈉、鈣、鎂會釋放出來，並被雨水淋溶掉。所以長期降酸雨會使土壤中大量的營養元素流失，造成土壤中營養元素的嚴重不足，從而使土壤變得貧瘠。此外，酸雨還能使土壤中的鋁從穩定狀態中釋放出來，使活性鋁增加而有機絡合態鋁減少。土壤中活性鋁的增加，會嚴重地抑製林木的生長。
酸雨會抑製某些土壤微生物的繁殖，降低酶活性。土壤中的固氮菌、細菌和放線菌等也明顯受到酸雨的抑製。酸雨還可使森林的病蟲害明顯增加。在四川，重酸雨區的馬尾鬆林的病情指數為無酸雨區的2.5 倍。
酸雨對我國森林的危害主要是在長江以南的省份。根據初步的調查統計，四川盆地受酸雨危害的森林麵積最大，約為28 萬公頃，占林地麵積的32%。貴州受害森林麵積約為14萬公頃。根據有關研究顯示，僅西南地區由於酸雨造成森林生產力下降，共損失木材630 萬立方米，直接經濟損失達30 億元。對南方11 個省的估計，酸雨造成的直接經濟損失可達44億元。