至於厄爾尼諾形成原因，則是當代科學之謎。大多科學家認為不外乎兩大方麵：一是自然因素。赤道信風、地球自轉、地熱運動等都可能與其有關；二是人為因素。即人類活動加劇氣候變暖，也是赤道暖事件劇增的可能原因之一。
3.特點
“厄爾尼諾現象”一般每隔2－7年出現一次。但是，20世紀90年代後，這種現象卻出現得越來越頻繁了。不僅如此，隨周期縮短而來的，是“厄爾尼諾現象”滯留時間的延長。這一現象引起了科學家的注意，雖然對“厄爾尼諾現象”的探索還在進行中，但科學家們普遍認為，“厄爾尼諾現象”的頻頻發生與地球溫暖化有關，其變化的跡象表明，“厄爾尼諾現象”並不僅僅是天災。
在氣候預測領域，厄爾尼諾是迄今為止公認的最強的年際氣候異常信號之一。它常常會使北美地區當年出現暖冬，南美沿海持續多雨，還可能使得澳大利亞等熱帶地區出現旱情。
厄爾尼諾現象是海洋和大氣相互作用不穩定狀態下的結果。據統計，每次較強的厄爾尼諾現象都會導致全球性的氣候異常，由此帶來巨大的經濟損失。中國1998年夏季長江流域的特大暴雨洪澇就與1997~1998年厄爾尼諾現象密切相關，氣象部門正是主要依據這一因子很好地提供了預測服務。
此外，通常在厄爾尼諾現象發生的當年，中國的夏季風會較弱，季風雨帶偏南，北方地區夏季往往容易出現幹旱、高溫天；厄爾尼諾可能會使冬季出現暖冬的幾率增大；夏季東北地區出現低溫的幾率增大；西北太平洋的台風產生個數及在中國沿海登陸個數均較正常年份偏少。由此可見，中國的氣候也在厄爾尼諾現象的影響範圍之內。
厄爾尼諾發生時，秘魯漁獲量嚴重減少，並波及世界飼料市場供應；魚類屍體堆積在海濱，汙染了周圍的海水；沿岸地區和島嶼上的海鳥因缺乏食物紛紛逃離，影響了鳥糞工業生產，使工人失業。厄爾尼諾不僅給南美沿岸人民生活帶來巨大災難，也往往釀成全球性的災難性氣候異常，如連續出現的世界範圍的洪水、暴風雪、旱災、地震等，報紙上概稱為“厄爾尼諾現象（事件）”，科學家們則把那些季節升溫十分激烈，大範圍月平均海溫高出常年1度以後的年份才稱為厄爾尼諾年。1982年~1983年，通常幹旱的赤道東太平洋降水大增，南美西部夏季出現反常暴雨，厄瓜多爾、秘魯、智利、巴拉圭、阿根廷東北部遭受洪水襲擊，厄瓜多爾的降水比正常年份多15倍，洪水衝決堤壩，淹沒農田，幾十萬人無家可歸。在美國西海岸，加州沿海公路被淹沒，內華達等五個州的洪水和泥石流巨浪高達9米。在太平洋西側，澳大利亞由於幹旱引起灌木林大火，造成多人死亡；印度尼西亞的東加裏曼丹發生森林大火，並殃及馬來西亞和新加坡；大火產生的煙霧使馬來西亞空運中斷，三個州被迫實行定量供水，新加坡的炎熱是三十五年來最嚴重的。據統計，本次厄爾尼諾事件在世界範圍造成的經濟損失約為200億美元。範圍可達整個熱帶太平洋東部至中部。現在，厄爾尼諾一詞已被氣象學家和海洋學家專門用來指赤道中、東太平洋海水的大範圍異常增溫現象。一些專家學者的研究表明，厄爾尼諾與印度、東南亞、印度尼西亞、澳大利亞等地的幹旱，赤道中太平洋島嶼、南美洲太平洋沿岸厄瓜多爾、秘魯、智利、阿根廷等國的異常多雨有著密切的關係，與西北太平洋、大西洋熱帶風暴的減小、日本及中國東北的夏季低溫，中國的降水等也有一定的相關性。