這麼一來，專案組的天津調查自然是徒勞的。1907年5月16日，載灃與孫家鼐聯名向慈禧太後彙報了所謂的調查結果：趙啟霖指控純屬子虛烏有，楊翠喜實為王益孫使女，現在室內充役；借款10萬金之事，調查賬簿，亦無此款。慈禧太後看完調查報告，當即指令光緒皇帝頒下詔書，諭旨稱：
該禦史於親貴重臣名節攸關，並不詳加訪查，輒以毫無根據之詞率行入奏、任意汙蔑，實屬咎有應得。趙啟霖著即革職。以示懲儆，朝廷賞罰黜陟，一秉大公。現當時事多艱，方冀博采群言，以通壅蔽。凡有言責諸臣。於用人行政之得失、國計民生之利疾，皆當剴切直陳，但不得摭拾浮詞，淆亂視聽，致啟結黨傾軋之漸。嗣後如有挾私參劾、肆意誣罔者，一經查明，定予從嚴懲辦。[64]
農工商部尚書載振的官位保住了，趙啟霖卻落了個“坐汙蔑親貴褫職”的下場。
趙啟霖落罪立即引起了瞿鴻禨、岑春煊一派的反彈。瞿鴻禨的門生汪康年主辦的《京報》特刊布消息：“言官大會於嵩山草堂，謀聯銜入告趙禦史聲援。”5月19日、23日，禦史趙炳麟、惲毓鼎先後向慈禧太後提交抗議報告，聲稱“言官不宜獲罪，言路不宜阻遏”，並以掛冠辭職來抗議。禦史江春霖詳細分析了載灃、孫家鼐報告中的種種疑竇，要求朝廷將該案推倒重查，結果遭拒。
但是，僅僅兩個月過後，在宮廷內外強大的輿論壓力下，載振深感自己名聲狼藉，自知自己這個農工商部尚書難服同僚難服天下臣民，就很識趣地向慈禧太後提交了辭職報告。
現在，地方督撫們都盯著慈禧太後的處理意見，革命黨又在海外抨擊立憲是假，中央集權是真。憲政的真意是法治，革命黨自然不會信任專案組的調查，一旦慈禧太後曲意袒護清政府執政集團的少壯派，那麼地方官製改革推動的公信力將大大下降。慈禧太後又命令光緒皇帝下了一道聖旨：
載振自在內廷當差以來，素稱謹慎。朝廷以其才識穩練，特簡商部尚書，並補授禦前大臣。茲據奏陳請開差缺，情詞懇摯，出於至誠。並據慶親王奕劻麵奏，再三籲懇，具見謙畏之忱。不得不勉如所請。載振著準予開去禦前大臣、領侍衛內大臣、農工商部尚書等缺及一切差使，以示曲體。[65]
在慈禧太後看來，盡管載振在生活作風上問題很大，但卻是清政府親貴中少有的人才。慈禧太後在聖旨末尾特意說明：“現在時事多艱，載振年富力強，正當力圖報效，仍應隨時留心政治，以資驅策，有厚望焉。”
慈禧太後將辭職後的載振視為儲備人才，這令瞿鴻禨他們大為尷尬。慈禧太後單獨召見瞿鴻禨時，瞿鴻禨告誡太後，說奕劻意圖篡奪政權。慈禧太後聽後說慶親王奕劻上年紀了，應該讓年輕人成為改革的主力。瞿鴻禨一高興，將慈禧太後的話向自己的小老婆說了，小老婆與《京報》主筆汪康年的妻子是閨蜜，這話經此一傳，又傳到了汪康年耳中。汪康年很快又將消息捅給《泰晤士報》的調查員曾廣銓，“慶王失寵，將出軍機”成為一條重要的政治消息流傳開來。[66]
日俄戰爭後，列強在中國的利益爭奪暗流洶湧。仰仗著奕劻，英國人在揚子江流域獲得了鐵路等權益，他們擔心奕劻遠離權力中心會影響到本國的利益。人事變動是中國內政，英國公使不好直接出麵，就讓公使夫人在參加宮廷晚宴時，當麵向慈禧太後確認奕劻是否即將離職。慈禧太後聽到英國公使夫人的質疑，頓時感到很尷尬，隻有當麵否認。
誰才是消息的泄密者？
慈禧太後認定瞿鴻禨是泄密者，因為當時沒有第三人在場。袁世凱派員調查發現，英國公使夫人的消息來自於曾廣銓。曾廣銓是曾國藩的孫子，與瞿鴻禨是世交，還持有《京報》的股份。慈禧太後對瞿鴻禨泄露消息的行為異常憤怒，因為不僅自己的人事部署被打亂了，還差點釀成外交事件。[67]
一張PS照片引發的信任危機
5月23日，曾為趙啟霖叫屈，甚至揚言要辭職回家的禦史惲毓鼎到天津，為京津鐵路事同袁世凱麵商。袁世凱用18000金拉攏惲毓鼎，將其雇用為槍手。袁世凱的智囊、農工商部右侍郎楊士琦已經準備好一大堆彈劾瞿鴻禨的材料，隻等奕劻在北京的消息。
5月27日，按照軍機處慣例，奕劻在會議結束後單獨向慈禧太後彙報，說兩廣總督周馥、閩浙總督鬆壽頻繁致電軍機處，饒平、黃岡、欽廉等地會黨“合力擄搶”，難以平靖。所以，奕劻極力主張派遣岑春煊回任兩廣總督平亂。