康熙六年（1667年），清朝派總兵孔元章至台灣招撫，康熙八年（1669年）玄燁又親下詔書派興化知府慕容顏送至台灣，鄭經也派柯平等來泉州，雙方進行談判。鄭經要求清朝以外國之禮見待，互市通好，息兵安民。玄燁堅決不允。鄭經此時雖然表麵上仍奉早已不存在的南明年號，但實際上已經放棄了鄭成功的複明立場，妄圖長期自立國家。玄燁堅持全國統一的原則，但缺乏海上作戰的經驗，還沒有定下以武力平定台灣的決心，隻好仍然采用消極而又成效不大的以經濟封鎖為主要內容的守勢戰略，與鄭軍隔海對峙。至“三藩之亂”時止，雙方沒有作戰。鄭經利用這段和平時間，招集移民，發展生產，對台灣的經濟發展，也作出了一定的貢獻。
二、“三藩之亂”時清、鄭兩軍的戰略
（一）鄭軍重占金、廈及東南沿海地區
康熙十二年（1673年）末，吳三桂在雲、貴首倡叛亂，進軍湖廣，迅速占領了沅州、衡州、長沙、嶽州等地。次年，福建耿精忠、廣東尚之信、廣西孫延齡、四川鄭蛟麟、陝西王輔臣等，先後均響應吳三桂起兵反清。吳三桂與耿精忠認為鄭軍兼有舟師及陸上作戰部隊，在台灣已經十年休整，必然兵精船多，企圖利用他由海上北進長江，切斷清軍南北聯係。吳三桂給鄭經寫信說：“殿下速整貔貅，大引舟師，徑取金陵，或抵天津，斷其糧道，絕其咽喉。”（《台灣外記》第217頁）
耿精忠也約鄭經：“以舟師由海上出江南，而已統陸師出江浙。”
鄭經遂進軍廈門。鄭經此時已經背棄了鄭成功抗清複明的政治目的，根本不考慮反清戰爭的全局，更無意為吳三桂等火中取栗，深入北方作戰；他以擴大個人實力為目的，以“得尺即尺，時不可失”的方針，向耿精忠控製的地區擴張，先後占領了泉州、漳州、潮州等地。
入關三十年的清軍，已失去原來的銳氣，統軍的貝勒、將軍，也缺乏老一輩將領的軍事素養和戰鬥經驗，麵對叛軍的攻勢，節節敗退，長江以南和陝、甘、川省，很快為叛軍控製。“東南、西北，在鼎沸。”
年僅二十的玄燁，臨危不懼，態度堅決，為了維護國家統一，決定以武力平定叛亂，定下剿撫並用，以剿為主，重點指向吳三桂的戰略方針，親自調兵遣將，指揮作戰。從當時各路叛軍的行動判斷，吳三桂的戰略企圖是利用王輔臣、鄭蛟麟部進攻川陝，從北路直接威脅北京；利用鄭經、耿精忠部進攻江浙，切斷清軍南北聯係；自率主力進至湖廣、江西，與耿、尚、孫連結，割據江南。玄燁根據當時形勢，決心先翦除兩翼，再全力對付吳三桂，作了如下部署：命尚善、勒爾綿由湖北進攻湖南吳三桂軍；命洞鄂、莫洛由陝西進攻四川，威脅吳軍側背；命嶽樂進攻江西，阻止吳軍與耿、尚兩軍會師；命傑書、付喇塔進攻浙江，命喇布鎮守江南，防止鄭經軍北進長江。
參加叛亂的三藩、鄭經和其他各部，都是一些以個人利害為轉移的驕兵悍將，他們不相統屬，沒有統一的軍事紀律相互約束，沒有統一的指揮和戰略，特別沒有任何長遠的政治目標，心誌不齊，各行其是。甚至自相攻打，爭奪地盤。所以雖然起兵叛亂之初，聲勢浩大，但經過兩年的戰爭，至康熙十五年（1676年），全國戰略形勢已發生變化。王輔臣在清軍招撫的政治攻勢下首先降清，西線叛軍瓦解，“全秦悉定”。鄭經在耿精忠三路出師浙江時，不僅不北進長江，反而在耿軍後方吞並耿的軍隊，搶占耿的汀州等城。耿精忠在傑書軍事進攻與政治招撫的雙重壓力下，也投降了清朝，回軍福建進攻鄭經。尚之信繼耿降清，東線叛軍瓦解。僅餘鄭經一部，屢戰屢敗，占領的泉、漳、興、潮、惠、汀、邵七府全失，鄭軍被迫退守金、廈二島。
（二）清軍收複金廈，鄭經撤逃台灣
叛軍東西兩線瓦解後，吳三桂軍仍堅守嶽州、長沙。玄燁集中力量於湖南戰場，傑書率清軍一部入粵，留閩兵力不多，又缺乏水軍、船隻，因而對鄭經轉取招撫政策。康熙十六年（1677年）兩次派人與鄭經談判，鄭經根據當時形勢，判斷清軍無力渡海作戰，均予以拒絕。康熙十七年（1678年）三月，吳三桂在衡州稱帝，鄭經也乘機攻占海澄，向廉州、潮州進攻，並包圍了泉州。但很快為清軍擊退，又撤回金、廈、海澄。從當時全國總的戰略形勢看，反清部隊已隻剩吳、鄭兩軍，在相互遠隔中均處守勢，清軍基本上已控製住戰局，玄燁乃在兩個戰場積極進行全麵進攻準備。