清軍認為，“今練兵、撫賊、絕糧，賊勢漸衰，正宜乘機剿滅”（清議政王等《題複姚啟聖條陳平海機宜事本》）。康熙十九年（1680年）二月，清軍以一部兵力集中同安，佯攻廈門，牽製鄭軍，而以水師提督萬正色率主力進攻海壇（今福建平壇）。鄭軍水師副總督朱天貴戰敗南逃，清軍乘勝追擊，連下湄州、南日、平海、崇武諸島。鄭軍“時久已無糧，盡皆潰退，國軒禁不能止”（《海上見聞錄》第73頁）。廈門守將吳桂，海澄守將陳昌，渦州守將康騰龍等相繼獻島投誠；鄭軍水師統帥朱天貴也率文武官員及“二萬餘兵並船三百隻”獻銅山投誠。鄭經僅率殘部千餘人逃回台灣。
三、康熙統一台灣的戰略
（一）康熙的戰略決策
吳三桂於稱帝當年秋死去，其孫吳世蟠在雲南繼立。清軍乘機發動進攻，在湖南、廣西、四川連連勝利。至康熙十九年，吳軍被逼至雲南一隅，失敗已成定局；鄭經逃回台灣後，清軍進駐沿海各島，重新開界，安插投誠官兵開墾，同時開始作進攻台灣的準備。次年正月，鄭經病死，內部又產生奪權之事。鄭經長子克臧被縊死，由馮錫範等擁立次子克壤繼位。鄭軍賓客司傅為霖暗通清軍，送情報與姚啟聖，請速進兵台灣。鄭軍中軍廖方潛逃漳州投清，亦“懇速發兵救民水火”，並帶來台灣地圖（《優畏軒奏疏·題為報明鄭經病故克墼被殺等事本》）。福建總督姚啟聖認為鄭軍以台灣為根據地，隨時可以東南沿海地區進擾，不消滅鄭軍，海患不能消除，應乘機進攻台灣。水師提督萬正色與總督姚啟聖有矛盾，本來他是力主進攻的，見姚啟聖請求親率水軍進攻台灣，卻一反常態，“言台灣難攻，且不必攻”（《海上見聞錄》第75頁）。玄燁當機立斷，將萬正色調為陸路提督，任用智勇雙全的施琅為福建水師提督。命“與將軍、總督等統舟師進取澎湖、台灣”（《東華錄》卷十二）。
施琅於十月初五日到職，“一麵整船，一麵練兵，兼工製造器械，躬親挑選整搠”（《靖海紀事·決計進剿疏》），積極進行戰備。次年三月，向玄燁報告了作戰方案、進軍時間等，並請求統一指揮權，由自己“獨任專征”。姚啟聖也上疏玄燁，請求親自率兵參加進攻台灣的作戰，並要求由施琅率軍攻澎湖，他率軍攻台灣的淡水。康熙二十一年（1682年）五月，清軍集結銅山，在作戰會議上對進攻發起時間上產生分歧：施琅擬趁南風立即進攻；姚啟聖、吳興祚則堅持應至十月趁北風進攻。雙方“力爭十餘天”不能統一，部隊無法行動。玄燁有所猶豫，擬“俟十月後再行定奪”（《漢文起居注》康熙二十一年七月二十八日）。施琅七月又上疏玄燁，詳細彙報“屢得舊時部曲密寄通報”所得到的台灣情況，從兵力對比、士氣人心等各方麵分析了確有“可破、可剿之機”。認為不能單靠政治招撫，應以軍事進攻為主，“因剿寓撫”如果按兵不動，專以招撫為主，則劉國軒等處於主動地位，斷不肯就撫。仍懇請“獨任臣以討賊……勿限時日，風利可行，臣即督發進取”（《靖海紀事·決計進剿疏》）。玄燁看過施琅的奏疏後，認為鄭經既死，“餘黨彼此猜疑，各不相下，眾皆離心，乘此撲滅甚易，進剿機宜不可停止”。又征求了議政王大臣們的意見，考慮“若一人領兵進剿，可得行其誌，兩人同往，則未免彼此掣肘，不便行事”，完全“由施琅相機自行進剿極為合宜”，遂下令同意施琅獨率水軍，專任攻取，而令總督、巡撫“同心協力，攢運糧食，毋敢有誤”（《漢文起居注》康熙二十一年七月二十八日）。
（二）施琅的作戰指導