3.大將軍建旗鼓以為指揮，從來請求帥不離位，鄭成功於嶽廟山作戰指揮所，用其麾蓋為軍中耳目，以指揮各軍作戰，成功輕離指揮所以召後備軍，致使戰場指揮失時，陷諸軍於紛亂，更陷甘輝、張英等軍於絕地而不得發揮戰力。設使當時成功不離其指揮所，則可使甘輝、張英之軍出戰，或中軍出戰，則梁化貞出擊之軍雖不破不被殲滅，但其敗還則勢所難免。故此戰之敗，成功輕離指揮所實為一主因。
4.鄭成功治軍有一大弊病，即不獎勵部下諸將獨斷專行。由獨斷專行者之戰後請罪，及蘇茂以獨斷戰敗而被殺，黃梧以獨斷失利而降敵，皆其實例也。戰場上事有不可預測之變，必須各級指揮官能臨機應變，在南京城外酣戰中，甘輝、張英等待中軍號令，而成功不在其位，設使諸將能獨斷專行作戰，戰機可以立刻轉變，不隻可以繼續圍攻南京城。
五、實施戰略轉變，抗清複台
（一）廈門保衛戰及新戰略方針的形成
鄭成功南京失敗之後，清統治者改變了對鄭成功的政治招撫政策，決心以軍事進攻將其消滅。命令安南將軍達素部跟蹤入閩，並配屬明安達禮部八旗軍，與沿海省份的綠營水軍，統由達素指揮，企圖圍攻廈門，一舉全殲鄭軍於海上。
順治十七年（1660年）三月達素到達泉州，開始集中部隊、組織戰鬥。他的部署是：明安達禮率軍由圍頭港進，福建總督李率泰與黃梧率軍由海澄港進，達素與施琅率主力由同安港進，分進合擊，圍攻廈門。鄭成功認為清軍“舍弓馬長技，以與我爭衡於舟楫波濤之間”，是自失優勢。決心以己之長，擊敵之短，縮小戰線，集中兵力，采用以攻對攻的戰法與清軍在海上作戰。
五月十日黎明，清軍開始進攻，激戰竟日。達素所率主力部隊，曾一度登上廈門島。但終因不擅海戰遭到殲滅性打擊，突人島上的清軍全軍被殲。總計死傷萬餘人，達素敗退泉州。這次戰役雖然獲得勝利，但鄭成功清醒地認識到清軍決不會就此罷休，必然還要集中兵力來攻，由於已失去漳、泉外圍，僅此“彈丸兩島，難以抗天下兵”。遂決心改變方針，東進收複台灣。
鄭成功收複台灣的企圖，並非自現在開始，早在起兵之初就考慮過。隻是過去一直對付當麵清軍，未能顧及台灣。南京失敗後，鄭成功認識到清朝統一大陸之勢已成，自身勢弱力孤，金廈根據地難以持久；又恐荷軍與清軍聯合夾擊。經深入思考後，終於下定決心改變戰略方針，收複台灣為新根據地，以便於持久抗清。遂不顧張煌言等人的反對，果斷地由南京撤回。為避免兩麵作戰，鄭成功還企圖以和談手段暫與清軍妥協，以便能集中兵力對付荷軍，當退至吳淞口時，曾派蔡政往見清軍提督馬進寶，通過他去北京奏請議和。鄭芝龍的舊部何斌由台灣來廈，報告有關荷軍兵力部署等情況，並將繪有台灣航道、港灣、沿岸地形的地圖獻給鄭成功。十二月蔡政自北京返回，報告“和談不成……清朝委滿將軍達素帶滿漢萬餘騎前來剿海，另調浙、直、廣東數省水師合剿”的情況。鄭成功當即召集會議，決定在清軍入閩前派軍攻台灣，以“安頓將領官兵家眷”。但不久得到達素先頭到達泉州的情報，東進之行遂暫告中止，全力對付入閩清軍。五月廈門保衛戰勝利後，仍需準備清軍的再次進攻，無暇分兵東進。直到十月，獲得“達素回京，各水師盡調，俱擱在岸邊”的情報，才一方麵派大批軍隊南下取糧，積極作東進的準備，一方麵送信與荷蘭總督揆一，故意示以無圖台之心，以麻痹敵人。
順治十八年（1661年）正月，鄭成功召集高級官將開秘密軍事會議，宣布自己改變戰略方針、欲取台灣的決心。
部眾雖有不同意見，但未能動搖鄭成功收複台灣的決心。鄭成功新的戰略方針，可以他自己的話概括為：以台灣為根據地，生聚教訓，蓄積力量，爾後東征西討，長期與清軍對抗。
（二）台灣概況及荷軍在台的部署
台灣省主要由台灣島、澎湖列島和釣魚島為中心的三個島嶼群所組成。陸地總麵積約三萬六千平方公裏。其中以台灣島最大，澎湖島次之。遠古以前，台灣島本來是我國大陸一部分，萬年前因氣候變化，海洋水麵上升一百多米，台灣才與大陸分離，形成海島。
明萬曆三十二年（1604年），荷蘭艦隊司令韋麻郎率軍首次侵入我國澎湖，並在當地築城，企圖久占，被明軍都司沈有容部驅逐。天啟二年（1622年），荷蘭艦隊司令雷約茲再度率軍侵入澎湖築城，並多次派艦隊向我福建沿海侵掠。福建巡撫南居益派軍進攻，荷軍被迫撤走。天啟四年（1624年），荷軍侵入台灣。由於當時明朝統治者正忙於鎮壓農民起義和與努爾哈赤後金政權作戰，無暇顧及海上，因而荷蘭殖民者得以開始其對台灣的殖民統治。
鄭成功進攻台灣之前，荷軍在台兵力主要均集中在熱蘭遮和普羅文查二城。北部基隆、淡水等地僅有少數部隊。荷軍自恃船堅炮利，是當時世界頭號軍事大國，狂妄自大，看不起中國人。