（三）第二次北伐
1.鄭軍攻取瓜洲之戰。
永曆十三年五月十三日，鄭成功軍由崇明南人江，沿長江北岸溯航，沿途擊破少數之敵，直向瓜洲前進。當馬信軍為清圖山、潭家洲炮兵所阻時，前鋒鎮統領餘新，則立以快艇急進，襲奪兩處炮台。並選善洇水者數十人，夜持巨斧斬斷清軍鐵索，進泊於焦山下。成功登焦山，致祭天地，並賦詩曰：“黃葉古祠裏，秋風寒殿開，沉沉鬆柏老，溟溟鳥飛回，碑碣空埋地，庭階畫親苔，此間到人少，塵世轉堪哀。”然後令周全斌率部二千人向北岸登陸以進攻瓜洲，鄭成功親引諸軍以繼之。
時清江北各地援軍已抵瓜洲，周全斌登陸即行大戰，身被五處箭傷，尤奮勇進攻。會大雨如注，清援軍多騎兵，陷泥濘中不得繼進。成功率中提督甘輝、左提督翁天{；占諸軍至岸，皆跣足蹈泥，乘勢衝擊，清軍大敗，斬清將左雲龍，擒朱衣佐，盡俘清各援軍到達戰場者，遂占領瓜洲。成功已克瓜洲，即以援剿左鎮統領獻守之，以監軍何平督理江防，然後自率其餘諸鎮還於焦山，準備攻取鎮江。
2.攻取鎮江之戰。
清江寧提督管效忠方自福山鎮趕至鎮江，即聞瓜洲失守，旋又遭受鄭軍之攻擊，激戰一晝夜，方幸南京鐵騎一千來援，而無奈鄭軍愈戰愈勇，激戰兩日夜，清軍全線大敗，管效忠退保銀山（在今鎮江城南），鎮江守將高謙、知府戴可進遂獻城降。鄭成功以陳魁率鐵甲軍再攻銀山，清軍見此鐵人，不怕箭射，列陣直前，專事殺砍，步騎不能拒止，於是銀山清兵一哄潰逃。管效忠為挽回頹勢，集各路援軍編成五路軍布成疊陣，向鎮江反攻，成功令發火炮止之，清軍五路俱潰亂，管效忠見勢已不可為，乃率百餘人逃回南京。
鄭成功與諸將計議進兵南京道路，諸將均言進取不易宜守鎮江，以觀其變。適有荊州運糧船十四艘自長江來降。江北來人言：揚州城清之文武官員已逃避一空，城中父老正繡彩旗聚羊酒，將來鎮江勞軍。成功以大勢以趨，乃決定立功進攻南京，以符民望。
3.圍攻南京之戰。
張煌言別將所部先行，為先遣部隊，船沿長江北岸溯行中，距儀征（江蘇今縣）五十裏，儀征吏民已來迎降。煌言率眾至南京觀音行（在今南京下關幕府山東北）時，方聞成功已攻克鎮江，而蕪湖請降之書亦到，清太平府守將劉世賢更遣人來約獻城。安徽列城望風納款者，凡四府三州二十四縣，東南大震。
七月初二日，鄭成功率諸鎮統領自長江直薄南京，大軍自儀鳳（即今下關）、江東門（即今水西門）登陸，屯兵獅子山，即依預定計劃圍攻南京城。
清兩江總督郎廷佐，率各府之兵萬餘人，在南京城內把守，與巡撫蔣國柱登城四望，見鄭軍旌旗遍野，戈甲閃爍，金鼓齊鳴，乃緊閉城門，不敢出戰。時朱衣佐正逃在郎廷佐左右，向廷佐獻守禦南京之策曰：“鄭成功連戰連勝，竊以為南京已誌在必得，宜速遣人卑詞請寬，以驕其誌而待援軍，徐籌破之之策。”廷佐用其計，使人出城求見成功，而哀求緩攻曰：“我朝有例，守城過三十日者，罪不及妻孥，今各官眷口悉在北京，迄寬三十日之限，及期當率眾出降。”
鄭成功得郎廷佐緩兵之請，以為南京已成甕中之鱉，欲允之。參軍潘賡鍾諫之曰：“孫子有雲：‘卑詞者詐也，無約而請和者謀也。’降則降，豈戀內顧，此緩兵之計也。宜即速進兵攻之，促其速降，斯為上策。”成功曰：“我自舟山興師至此，戰必勝，攻必克，彼焉敢緩吾之兵耶？攻城為下，攻心為上，今既乞降，驟攻之，何足以服其心哉？”甘輝亦諫之曰：“兵貴先聲，及其謀且未定，其勢易拔，今以南京城言，為我眾彼寡，但就全般言之，則彼眾我寡，寡眾之勢不可輕棄，否則俟彼謀成守固，則難以為圖矣。”成功為使天下知其仁義之師，不聽諸人之言，而批準郎廷佐緩期之乞降書，令其使者回城。
清皇帝順治初聞鄭成功大軍入長江，以為連江鐵鎖足以阻之。繼聞已破鐵鎖取瓜洲及鎮江，進兵圍攻南京，因知南京空虛，江南半壁大勢已去。又慮江南失則山東、河南必亂，而北京之軍皆遠征西南，北京亦虛，故有準備退守關外“老家”之計。其母孝莊皇太後責之，更聞南京城尚未陷，乃幸南苑集六師欲親征，以挽救江南大局。
時管效忠已集合及收容其所屬府州得三萬人，與崇明總兵梁化鳳密商，欲夜襲鄭軍。化鳳日夜登城觀望鄭軍營壘，見鄭軍之官兵，解去征衣，等待城內清軍至期開城迎降，忘卻將有戰鬥之諸事，認為夜襲定可成功。於七月二十一日夜半月出時，親率五百騎銜枚出城，突向白土山下鄭營襲擊，至碎其營，鄭軍統領餘新人不及甲，倉皇拒戰，副將董延中、蕭拱柱皆戰死，化鳳遂俘餘新等數十人回城。以是清軍士氣複振，各欲建功。