不數日鄭鴻逵與施琅等引兵截港以反攻廈門，施琅並分兵從負通港襲擊馬得功，得功欲退而歸路被截，不能飛渡，乃駕小舟冒險訪鴻逵，跪地哀求，鴻逵因縱之，使解甲留械而全部駕船逸去。及成功回師到廈門，馬得功已逃去數日矣。
鄭成功痛恨廈門之失，遂加強整治廈門、金門兩島上各要塞，然後集合諸將，檢討廈門作戰得失，數其叔鄭芝莞過錯而殺之於眾前，眾將無不股慓。賞施琅銀二百兩，賞陳勳、鄭文星各百兩。鄭鴻逵有私放馬得功之罪，雖得免議，自知有虧職守，請交卸兵權，歸隱私第。施琅恃功，以賞薄而不滿意，會其部將曾德犯法，走匿鄭成功營中，被施琅搜尋擒去。成功馳令勿殺，施琅竟將其處死。成功怒甚，欲捕施琅並逮捕其家屬。施琅乘間逃去，依鄭芝豹，旋複他去，投清廷得為清水師提督，終成為成功之大敵。
2.漳浦之戰。
鄭成功既統一金廈等地，乃即立法度，強化戰備，革新政治，振興政治，振興文教，禮賢下士，尊崇明室，更求發展交通，繁榮商賈，廣籌兵餉，勤訓師旅，使金廈煥然成為一海國，明永曆五年（清順治八年，1651年）五月，率其部下自廈門、鼓浪嶼間西行，於海澄南，西入南溪，在南溪各岸邊登陸，取清南溪（今福建海澄縣白水營）。清漳浦鎮將王邦俊率騎兵一千步兵二千自漳浦來戰，成功以兵迎擊之，大敗清軍於磁灶（地在今漳浦東北近白水營處）。
是年九月，鄭成功複督師南攻漳浦，圍之。清漳州（今福建龍溪）總兵王邦俊自漳州率兵南救，成功擊破之於中途，追擊之至馬口（南溪上流龍溪至漳浦之渡口），收降其將士數百人。十一月清提督楊名高自北方發動攻勢，集合其轄下之兵於福州（今福建閩侯），然後親自統帥步騎數萬南來，經福州、莆田、惠安、晉江，向同安方向而進，欲攻金門、廈門之後背。成功乃以部將繼續圍攻漳浦，而親集諸軍迎戰楊名高於小盈嶺（在今晉江與同安之間大盈嶺之北），大破清軍，楊名高狼狽逃入泉州（即今晉江）。成功乘勝回軍，以戰勝清軍所獲之戰績，示漳浦城中人。清漳浦守將世德、陳堯策知不得救，因獻城歸降。成功即授楊世德為英兵鎮統領；陳堯策為護衛前鎮統領，仍命守禦漳浦城。並以參軍林其昌為明漳浦知縣。於是福建泉州以南悉降服於鄭成功。
3.攻取海澄之戰。
明永曆五年（1651年）九月，鄭成功在圍攻漳浦中，聞清軍攻破魯王將王翊於四明山後，又遣陳錦將滿漢大軍進攻魯王的舟山，成功以不能分兵往救，乃遣部分舟師往助之。旋舟山失守，魯王逃亡海上，鄭成功遣使北上迎之。率眾迎見之於岸，使居於金門太武山下，建宮殿為供奉，而張名振、阮駿等為求兵權統一，堅請交出兵權，請成功收編其部下將士，以分隸諸鎮統領。以是成功之將士日眾，兵力益強。永曆六年（1652年）正月初二日，以水師進攻海澄。是日潮水暴漲，成功先以大軍遮斷海澄之退路及援道，然後命水師進圍海澄城垣，至即攀附登城。清海澄守將郝文興見其水師已被衝散，輔軍及退路已絕，不得已舉城請降。成功率大軍人城，收降其水陸軍，然後選擇海澄舉人黃維璟為海澄縣知縣，更集士紳問以光複明朝、進攻清軍之策。
4.取長泰進圍漳州。
鄭成功既取海澄，即遣中提督甘輝進攻長泰，甘輝與清副將王進大戰於長泰南之北溪，戰良久不分勝負，成功後軍至，清軍退入長泰城拒守。甘輝日夜攻城，不能破，部將吳世珍先登而死於炮火，成功因令火器鎮統領何明鑿地道攻之。此二月中旬之事。王進防守嚴密，地道一時無成。三月初七日，清福建浙江總督陳錦親率大軍救援，自泉州向同安，移營於江東橋，駐軍牛蹄山（皆在長泰縣東北）欲與成功決戰，麾軍逼戰。成功設伏於長泰東北，大破陳錦軍，錦乃退守泉州。成功複回軍攻長泰，破之，王進率十餘騎逃奔漳州。
鄭成功乘勝續進軍圍攻漳州。時陳錦進軍於同安鳳山尾（在同安之東），以戰敗愧恨，號令嚴峻刻薄，鞭其左右奴庫成棟幾死，庫成棟恨而刺死之，持其首來降。
時漳州久圍，清遣浙鎮馬逢知（原名馬進寶）率兵赴援，五月中與鄭圍城軍戰於漳州城北，又敗入漳州城中。漳州城益乏食。成功決鎮門之水以灌城，堤壞不能浸城；乃複列柵以圍之。城中人相食，死者枕藉，自三月至八月，內外隔絕。成功軍亦以久頓兵於堅城之下，糧餉不及，思欲退兵，複聞清廷命其固山額真金勵人閩，會新任福建總督劉清泰統率滿漢士軍救漳，已屯兵同安，即將分兵來戰。成功乃令周全斌為後衛，掩護大軍撤退，轉兵以守海澄。
5.海澄之戰。