鄭成功終身奉行上述戰略總方針，在貫徹、實施上大致可分為三個階段：順治五年至十二年（1648—1655年）為第一階段，即創建海上根據地，發展壯大自己的階段；順治十三年至十六年（1656—1659年）為第二階段，即相機進取，北上進攻南京的階段；順治十七年至康熙元年（1660—1662年）為第三階段，即轉變戰略，東向收複台灣的階段。
三、創建海上根據地。發展壯大自己
（一）根據地思想的形成與相應的戰略措施
鄭成功深刻地認識到：沒有穩定鞏固的根據地，就無法生存，無法發展；沒有武器精良、紀律嚴明的軍隊，就無法作戰；沒有充足可靠的後勤供應，就無法養兵。順治三年（1646年）三月，他曾上疏隆武帝說“據險控扼，揀將進取，航船合攻，通洋裕國”，但當時軍政大權俱在鄭芝龍手中，他已決意投清，當然不會實行。鄭成功起兵後，在上述思想基礎上，根據他的戰略總方針，製定了第一階段固本蓄銳的戰略方針，即以金、廈二島為核心，以漳、泉二州為屏障，建立穩固的海上根據地，充分利用東南沿海地區的人力、物力資源及海上貿易的財力資源，建立一支精銳的、以水師為主的兩棲作戰部隊，等待有利時機，再圖進取。為此，鄭成功采取了一係列符合戰爭指導規律的戰略措施：
1.組建一支集中統一、軍紀嚴明和勇敢善戰的兩棲作戰部隊。鄭軍的戰略單位是軍和鎮（營），軍的統帥是提督，地位高於鎮將，但軍與鎮並無建製上的隸屬關係，統歸鄭成功直接領導和指揮，形成高度集中統一的指揮體製。其次，嚴明軍紀。鄭軍中頒有殺敵賞格，設“督陣官監同各鎮出征戰剿，授鐵竿紅旗一麵，書‘軍前不用命者斬，臨陣退縮者斬，副將以下先斬後報’”，每次戰役終了，進行民主評議，嚴格執行。由於鄭軍令行禁止，軍紀森嚴，從而加強了部隊的戰鬥力。再次，強調精兵選將。鄭成功認為：“兵之勇怯，在乎將領，如將領稍卻，則兵雖勇亦不肯向前，如將領勇敢，雖弱兵必勉力赴敵……故兵貴精而將尤貴乎選。”（《先王實錄》第169頁）
2.經營海內外貿易，成立製械造船機構，加強後勤保障。鄭成功利用鄭芝龍原來的商業基礎，大力發展海內外貿易，設立“五大商在京師、蘇、杭、山東等處，經營財貨”，同時組建商船隊，“以仁、義、禮、智、信五字號，建置海船，每一字號下設有船十二隻”，去“日本、呂宋、交趾、暹羅、柬埔寨、西洋等國”貿易。運出中國內地各種產品，換回銅、錫、桐油以及“銅煩、腰刀、器械”等軍用物資和其他商品。並在廈門“設局，督造軍器、藤牌、戰被、火筒、火罐等項”，發展軍火工業；還在廈門、山東、琅琦島等處“打造戰船”，以保障後勤供應。所造大戰艦可容戰士五百，所造商船在東海上也享有盛名，稱為“國姓船”。（鬱永河《海上紀略·偽鄭遺事》）
3.建立龐大嚴密的情報網。鄭成功非常重視情報工作，以各地所設商行為掩護，開展情報工作。將情報人員派至敵人心髒，對敵人兵力、企圖及行動等，一舉一動均了如指掌，因而可以及時判斷情況和定下正確的決心。
4.利用水上機動、以攻為守，集中兵力，局部殲滅敵人，控製漳、泉地區。當時總的戰略形勢，清軍已基本上控製了整個長江以北及華東、中南等廣大地域，在蜀、楚、贛、粵、江、浙等地均駐有重兵。鄭成功局促東南一隅，兵少地微，與湖廣、西南的抗清農民軍、南明軍都不能聯合、會師，完全處於獨立作戰的地位。鄭成功沒有采取消極被動的作戰指導，而是采用以戰求存、以攻為守的積極作戰指導，以集中兵力的手段，造成局部優勢，以戰役、戰鬥上主動尋敵進攻。他的進攻目標，主要是金、廈外圍漳、泉一帶及其兩側濱海縣城。如無漳、泉各據點為屏障，就直接暴露在清軍威脅之下，勢難持久。而且海島缺少戰略資源，特別缺少軍糧和後備兵源，無法養活幾萬大軍，當然更談不上發展壯大，隻有控製了漳、泉外圍，才能“集兵裕餉，恢複有基”。
（二）作戰經過
戰爭是運動中的敵對雙方各種因素相互對立、依存、滲透和轉化的過程。優秀的統帥能夠根據敵我部隊、地形和戰場變化的具體情況，及時、恰當地決定自己的作戰指導。鄭成功抗清戰爭的第一階段，有三個對鄭成功來說是帶有戰略性的關鍵戰役，都體現了上述原則，現分述如下：
1.鄭鴻逵、施琅收複廈門。
清提督馬得功占據廈門，清福建巡撫張學聖及興泉道尹黃澍，於三月一日同至廈門，為部署防守而同登山四望。張學聖愕然謂其眾曰：“此絕地也，若有緩急，援兵豈能飛渡？實用兵之大忌。”因主張即速撤退。提督馬得功貪於既成之功，不肯聽命。張學聖等乃先還。（夏琳《閩海紀要》卷一）