17世紀初是葡萄牙在東非勢力極盛的時代，他們從莫桑比克輸出大量黃金。每年光是從克利馬內輸出的黃金就有6萬盎司。1700年，葡萄牙宣布莫桑比克為“保護地”，1752年改為殖民地，由裏斯本任命總督統治。17世紀中葉，葡萄牙在莫桑比克實行“巴拉佐”製，由王室特許土地給一些大地產所有者，代替地方酋長統治。這些大地產所有者對非洲人行使絕對權力，甚至可將他們出賣為奴，成為莫桑比克的國中之國。同時，葡萄牙開始從莫桑比克輸出奴隸。到18世紀，奴隸已取代黃金和象牙，成為讚比西河流域的主要出口商品，莫桑比克的奴隸買賣一直持續到19世紀末。19世紀末葉，葡萄牙在莫桑比克實行強迫勞動製度，並開始向鄰國大量輸出契約勞工。在平定了讚比西河地區大地產主的叛亂之後，葡萄牙殖民當局於1888-1893年成立了莫桑比克公司、尼亞薩公司和讚比西亞公司。這些特許公司控製了莫桑比克2/3的領土。
葡萄牙對莫桑比克的占領不斷遇到西歐列強的挑戰。17世紀荷蘭船曾多次包圍莫桑比克島，但未能占領。19世紀60年代，鄰近莫桑比克的開普殖民地發現黃金和鑽石，西歐列強對莫桑比克的爭奪更趨激烈。1869年，英國試圖占有德拉瓜河灣未遂。在1884-1885年召開的柏林會議上，葡萄牙在東非的勢力範圍得到法國、德國的承認。1891年英國、葡萄牙簽訂協議，承認整個莫桑比克劃歸葡萄牙。1891年莫桑比克正式定界，稱為葡屬東非。1898年將首都從莫桑比克島遷到洛倫索－馬貴斯。20世紀初，葡萄牙實行改革，給莫桑比克以相對的自治權。1930年，葡萄牙軍事獨裁者薩拉查頒布殖民條例，重新將莫桑比克定為殖民地，取消莫桑比克人民有限的自治權和特許公司的開發權。1951年，莫桑比克成為葡萄牙的海外省。60年代以後，隨著非洲民族解放運動的高漲，葡萄牙被迫修改它的殖民政策。1964年初葡萄牙頒布“海外省組織法”，名義上給非洲人以葡萄牙公民權，並擴大了莫桑比克地方政府的權利，但實際上仍對非洲人進行軍事鎮壓和加強政治控製。
2.為自由獨立而反抗
葡萄牙的入侵遭到莫桑比克人民的英勇反抗。1571年，1000名葡萄牙軍從塞納出發攻打姆韋尼·馬塔帕王國，在當地人民的回擊下，幾乎全軍覆沒。1574年莫桑比克人殲滅了駐讚比西河的200名葡萄牙軍。17世紀居住在巴盧埃地區的人民以及讚比西河地區的通加人反抗葡萄牙的統治最為激烈。18世紀，當地非洲人經常襲擊葡萄牙人的貿易據點及占領軍駐地。19世紀，莫桑比克各族人民幾乎都參加了反抗葡萄牙入侵和統治的鬥爭，恩戈尼人反對葡萄牙人的鬥爭持續了70年。
他們占領洛倫索－馬貴斯，攻陷索法拉，沒收讚比西河以南的大地產。
1885年恩戈尼酋長根根哈納團結周圍各族組成加紮聯邦進行鬥爭，直到1895年才被鎮壓下去。居住在中部馬尼卡高原的紹納人，在酋長烏姆塔薩和馬龐德拉的領導下，從19世紀60年代開始，反抗葡萄牙統治30多年，一度將葡萄牙人逐出莫桑比克和津巴布韋交界地區。莫桑比克北部堯族人民的鬥爭直到1912年才被鎮壓。
為反抗葡萄牙殖民者的壓迫，19世紀末至20世紀初，莫桑比克人大量逃亡鄰國。1917年3月，巴盧埃地區人民再次舉行武裝起義，同年年底被鎮壓，起義軍殘部堅持遊擊戰鬥直到1920年。第二次世界大戰後，莫桑比克人民日益覺醒。1948年莫桑比克首都發生罷工鬥爭，1956年碼頭工人舉行大罷工。60年代莫桑比克民族主義運動興起，明確提出要求獨立的口號。1960年莫桑比克民族民主聯盟在南羅得西亞的索爾茲伯裏成立；翌年，莫桑比克非洲民族聯盟在肯尼亞成立；獨立莫桑比克非洲人聯盟在尼亞薩蘭成立。上述3個政黨1962年6月在達累斯薩拉姆合並為莫桑比克解放陣線。E.C.蒙德拉納任主席。