清末民初是紹興師爺沒落、衰亡的時期。張之洞於湖廣總督任上廢除刑名師爺，在署中設立刑名總文案處，作為督府的正式機關，同時委任官員擔任事務，以國家的經費支付酬金，是紹興師爺走向衰亡的重要標誌之一。文案原稱“文案委員”，是指臨時委派的監督或調查人員，本身還有他自己的本職工作，原來相當於紹興師爺裏的文書或書啟，現在性質和地位都變了：主官與紹興師爺，原來是賓主關係，現在成了上下級關係；紹興師爺之間原來彼此平等，現在上麵加了領導，有了等級；紹興師爺原來是禮聘的，現在換了劄委；紹興師爺原來是私人的助手，現在成了正式官員；紹興師爺原來隻是一種名義，現在要負實際責任；文案最後該如何決定，取決於主官。對此，劉禹生說：“張之洞蒞鄂，第一改革，不聘刑名師爺，署中隻有教讀一人準稱‘老夫子’，另設刑名總文案。司、道、府、縣效之，皆改設刑名為科長。各省效之，紹興師爺之生計，張之洞乃一掃而空；衙門從此無商榷政事之幕賓矣。”並批評道，紹興師爺是幕友，好就好在“友”的身份相當特殊，可以做“官之諍友”，替官員表達“外情”，甚至勸諫批評，而張之洞化友為僚，“幕賓製度永除，幕僚製度流行矣”。從此，“學者隻鑽營一官，僚從則唯諾事上，賢者尚不敢妄為，狡者得專行己意”，官員得以任意胡為，腐敗之風積重難返。不過，這項起初僅在一衙、一省實行的改革，很快波及全國，成為紹興師爺走向衰亡的先聲。
紹興師爺何以退出曆史舞台？
其一，體製使然。紹興師爺是官場“佐官為治”政治需要的產物。由科舉而來的官員因無法應付處理繁雜的事務，必須依靠熟悉衙門遊戲規則的專門人才，而那些屢困場屋的讀書人因“救貧”或“濟學”所需，不得不另謀生路，尋找棲身之地，恰好成為這類專門人才的來源。然而，似僚非僚、似師非師、似賓非賓的紹興師爺能化解官場“佐官為治”的矛盾嗎？能觸動清代地方政治的體製嗎？對這一相當敏感的問題，許多“仁人誌士”有所認識，有所反思。1895年初，《時務報》發表《論變法不知本源之害》一文，指出：“變法之本在育人才，人才之興在開學校，學校之立在變科舉，而一切要其大成在變官製。”同時，就紹興師爺的問題提出了具體建議，如包世臣指出，地方佐貳官與首領官應當用為“幕僚”；馮桂芬提出應當把胥吏與紹興師爺合並，設為“幕職”。觸動體製，殊非易事，而且，這些建議也不是什麼創新，無非是欲恢複曆史上曾經存在過的舊體製而已。不過，對死氣沉沉的官場來說，他們的建議多多少少總有些影響，張之洞分別給幕府人員一定職稱，明確上下級的統屬關係，四川總督岑春煊裁去紹興師爺，改委文案委員等做法，除去晚清地方督撫權力過度膨脹的因素外，說明官場“佐官為治”的體製已漸漸落後，再難適應清末民初中央與地方之間內輕外重、尾大不掉的格局。
其二，幕風使然。清代的吏治以乾隆朝為界線。乾隆初年以前，吏治清明；乾隆中期以後，江河日下。“……伏查乾隆三十年以前，各省屬員未嚐不奉承上司，上司未嚐不取資屬員，第覺彼時州縣俱有為官之樂，閭閻鹹享樂利之福。良由風氣淳樸，州縣於廉俸之外，各有漏規，盡足付公私應酬之用。近年以來，風氣日趨浮華，人心習成狡詐。屬員以夤緣為能，上司以逢迎為喜，踵事增華，誇侈鬥靡，百弊叢生。科斂竟溢陋規之外，上下通同一氣，勢不容不交結權貴”。