吏治每況愈下，直接導致了幕風的腐敗。汪輝祖在乾隆五十八年（1793）著《學治臆說》時回憶道，在他二十二三歲，即乾隆十六年（1751）左右開始習幕時，那些刑錢師爺都儼然以官員的賓師自居，常常日夜伏案工作，既不博弈遊戲，也不應酬談笑。為了公事，敢援引律例與官員反複辯論，如遇上司駁詰，也敢於堅持自己的意見，不會毫無原則地遷就逢迎上司。對官員也隻是禮貌相待，如意見不合就毅然辭館而去，決不拖泥帶水。偶遇一二位不自重的紹興師爺，大家都瞧不起他們。這種風氣一直延續到他二十七八歲，即乾隆二十一年（1756）時。那時，風氣大變，大家開始視嚴守正直的紹興師爺為迂腐，“江河日下，砥柱難為”。不少紹興師爺甚至收受賄賂，為當事人打通關節，並與貪官汙吏沆瀣一氣、狼狽為奸，“端方之操，什無二三”。另一位紹興師爺金安清也說乾隆末年吏治尚好，主要因為各地衙門中還有“三老”，即老吏、老幕、老胥，尤其那些“老幕”，都是“通才夙學”，“品學俱優，崖岸尤峻”，官員鹹“尊之如師”，不敢有非禮非義。倘若官員禮數稍有不周，這些“老幕”就會“拂衣而去”，通省上下也會輿論嘩然，一致譴責官員。可是道光以後，“三老”變為“老貪、老滑、老奸”，“國家二百年紀綱法度皆失傳矣”！這樣一來，紹興師爺也就成了眾矢之的。首先，有來自朝廷的整治，規定各級衙門延請的紹興師爺必須5年一更換，並不準延請本省及鄰省500裏以內的讀書人做紹興師爺。更有“仁人誌士”口誅筆伐，大加鞭撻。本來應該“佐官為治”的紹興師爺，早成了反麵角色，隻得以“蠹治”而告終。
其三，改革使然。自1901年始，清廷陸續頒布了改革的“新政”：廢八股文章，要求使用更清楚地解說“四書五經”以及論述中國曆史、政治和西方政治、學術的文章；廢科舉製度；改書院為西式學堂，同時，為吸引學生進入新學堂，同意給予新學堂畢業生文官候選人的待遇；派遣中國學生出國，特別鼓勵到日本去留學。
這些措施，使創辦學堂和出國留學蔚然成風。國內新式學堂培養的學生以及海外留學人員的歸國，構成了一個新的讀書人群體，他們用在國外或新式學堂學到的知識武裝自己，顯示出參政議政的巨大活力，極大地衝擊了紹興師爺傳、幫、帶的傳統教育模式，占據了其存在和活動的部分空間。同時，清廷還相繼裁撤了詹事府、通政司、太仆寺、光祿寺等屬“大九卿”的衙門以及督撫同城之湖北、雲南、廣東的巡撫衙門，減少了一些重疊和虛設機構，冗員成災官，不下數萬人，曾風光一時的災官們一夜間丟了飯碗，群情惶惶，不知所措。
崗位的取消，機構的裁撤，體製的變革，牽一發而動全身，就業的機會與場所大大減少，迫使那些借官府謀生的官員自然也包括紹興師爺大量離開政府衙門，另謀出路。
同時，清廷為了標榜各地“司法獨立”，在京師設立大理院，在各省設立高等審判廳，在各府縣設立地方審判廳，審理訟事逐漸向由法院專任其職過渡，從而動搖了刑名師爺壟斷司法審判的根基。不拘一格地起用歸國留學生和各地法政學堂、法政速成班、養成所的畢業生，新陳代謝，用新型的法律知識代替紹興師爺傳統的審判方式，以新型的法律專門人才取代刑名師爺。
而且，由於此類法政學堂、速成班、養成所，除教授法律知識外，還附設有經濟、財政、會計、統計等課，讓財經知識慢慢地傳播開來。民國時期，社會上又逐漸興辦了一些財經學校，使過去紹興師爺師徒相授的錢穀秘訣，無人問津，歸於淘汰，而這些學堂、學校培養出的大批新型財會人才，也逐漸取代了原來的錢穀師爺。刑名、錢穀師爺是師爺群體的主要構成部分，他們的先後消失，標誌著明末清初以來活躍了數百年的紹興師爺消亡了。
不過，曆史的餘響尚未結束，紹興師爺仍在官場中發揮著一定的作用，並繼續與官員維係著相對平等的賓主關係，例如張作霖、張學良父子因慕安昌婁春藩佐治之能力，特地延聘其次子裕熊為紹興師爺，並優禮之。婁春藩字椒生，祖父婁德鑒用經商所獲之財產，廣施冬衣夏藥，被稱為“婁善人”，父婁樹年是安昌有名的士紳。婁春藩曆佐李鴻章、王文韶、榮祿、裕祿、袁世凱、楊士驤、端方和陳夔龍，前後長達23年，尤其在李鴻章幕府做紹興師爺時，地位最高，權力最大，凡折奏、刑錢、河工、鹽務等一人獨攬，“自鴻章延入直幕，先後垂三十年……雖不樂仕進，未親吏治，而論治佐政，留意民生，各郡縣皆奉為圭臬”。期間，幾乎一刻都沒有離開過直隸督府。光緒、宣統年間，內憂外患，直隸總督如走馬燈般不斷地更調，但婁春藩依然故我，雷打不動，等著一任接一任的直隸總督。1910年八國聯軍攻陷北京時，督署同僚皆聞風而逃，唯他獨留不去，“夙夜籌慮，獨為地方謀平安”，庚子和議後，李鴻章擬保奏他任京官，堅辭不就。即使在1927年國民黨確立統治地位以後，中國官僚體製“佐官為治”的這一特色仍然遺留下來，例如，胡次威任浙江蘭溪實驗縣縣長時，就聘請紹興縣財政科長韓鉞做紹興師爺，委以實驗縣政府秘書的職務。