安昌也注意對棉種的挑選與處理，努力推廣棉種粒選、溫水浸種，並結合穀仁樂生、灰肥拌種等方法預防棉病，以提高棉種的發芽率。由於棉花在6-8日易發生棉芽、棉蝗、紅鈴蟲、棉鈴蟲、金剛鑽、葉跳蟲等危害，除用魚藤草、煙草水、肥皂水等土農藥防治外，隨著農業科學技術的進一步發展，逐步引入666粉、硫黃粉、砒酸鉛、DDT等化學農藥，防治棉花的病蟲害。
安昌棉種分成大小兩類：大種即大篰種，每百斤籽棉（帶籽的棉花），可出花衣（去籽的棉花）34斤，所產棉花顏色較白，但質地過硬，較難紡紗、織布；小種即南翔種，每百斤籽棉，可出花衣31斤，顏色不如大種為白，但質地柔軟，適合紡紗、織布。兩者棉絲均長約六七分，隻宜紡十五支以下紗線。民國時期，安昌開始引進並推廣德字美棉，該棉播種時間早於上述土棉，應在穀雨前，而產量高於前者，如歉收年，土棉每畝收成三四十斤，美棉每畝卻收六七十斤。
（二）售棉
安昌一地所產棉花，每年約在萬擔上下，其中25％供當地包括紹興城鄉的衣被之用或紡紗，75％直接作為商品進入市場，運銷杭縣、上海、蘭溪、嵊縣、鄞縣等地，省內主要銷往錢塘江的上遊，以蘭溪、金華為中心；省外主要銷往福建、江西、安徽等地，福建以浦城、建陽為中心；江西以上饒、鷹潭為中心；安徽以歙縣、屯溪為中心。由於棉花並非用於自己消費，而是作為商品流入市場進行交易，安昌就是一個棉花交易中心，生意十分興隆，根據紹興、安昌商會調查，除安昌一地外，周圍紹興、蕭山兩縣40萬畝植棉地所產棉花大多運銷安昌交易，安昌每年收購籽棉約21萬包，貿易額非常大，其中蕭屬植棉地所產棉花約占70％。安昌巨額的棉花貿易，是促使當地經濟繁榮的重要因素之一。
棉花交易多賴花行。每當秋季棉花上市之際，花行大量收購籽棉，軋後，轉銷各地。1920年，安昌有聚茂、義生、鬱大隆、鬱瑞茂等11家花行，占紹興42家花行的26.2％。1924年有通裕興、鬱大隆、鬱瑞茂、慶豐4家甲等花行，占紹興5家甲等花行的80％，乙等花行有義生1家，占紹興3家乙等花行的33.3％。
在銷售上，除日本三井洋行外，安昌花行基本不與外國洋行交易。而與外地商號的主要聯係方法是“報價單”，如聚茂花行發一次報價信，即有150多封。花行大戶，資金雄厚，多者萬元以上，在經銷棉花的同時，還兼營棉布、繭絲、糧食、肥料等，像聚茂花行又與同春、惠升等花行聯手，代理上海、杭州、寧波“蘭對”（棉花包裝每袋75市斤，兩包謂一對，故稱）期貨生意，當地人叫“虛貨”或“做殼子”。
棉花既然作為商品進入流通領域，其價格將隨市場多種因素的作用波動起伏，花衣每包（120斤）最低價38元，最高價48元；籽棉每包（100斤）最低價11.7元，最高價13.7元；因為秤籽棉時尚用十四兩秤，較前者小，籽棉每包（100斤）最低價10.056元，最高價11.56元。
在運銷時，花衣一律用布包，每包重120斤，布包每個連繩，新者約1元，舊者約6角。籽棉一律用蒲包，每包重150斤，蒲包每個連繩，約1角。而運往上海者，每包增重6斤。棉花運輸多由安昌出發，經蕭山義橋或西興、潭頭，渡錢塘江赴杭，或由閘口裝車運往各地。水腳自安昌運至西興，每包約6分，由西興運至江口，並過江共6分；自閘口裝火車運至拱宸橋，約1角，運滬約4.5角；運嵊縣、蘭溪，多由安昌經蕭山義橋，每包約6角，運至鄞縣，約3角。此外，上下搬運時，還須搬力，每裏約需3厘。
（三）軋棉
棉花的加工，與黃道婆的名字緊密相連。江南原先沒有為棉花脫去棉籽、彈鬆纖維的工具，是黃道婆從海南島的崖州回歸故鄉烏泥涇，帶回了當地黎族先進的紡織技術，傳授農家婦女“仿造扞、彈、紡、織之具，至於錯紗、配色、綜線、挈花，各有其法”，所織造的特色花布，以其精良品質、豔麗色彩而成遠近聞名的暢銷品。
相傳，安昌棉花加工的主要工具凳裝軋棉花車，就是由黃道婆引入烏泥涇、再引入安昌的。該軋棉花車由家用長凳、上鐵彎軸、轉動榔頭、鐵軸彎鉤連腳踏板等構件組成，日軋花衣約15公斤。19世紀初從日本引入鐵製軋花機，有狹闊兩種機型，以人力作動力，雇臨時工操作，生產效率大幅度提高，花衣生產增長了10多倍。據悉，1939年，安昌置有軋花機554部，職工532人，其中聚茂花行有機動與人力軋花機32部，是最早使用柴油機的花行，固定職工10多人，年底庫存籽棉大約1000多包。