全國分為10個省和1個直轄市。10省由南至北依次為：1、馬普托省，省會城市為馬托拉（Matola）；2、加紮省，省會為賽賽（Xai—Xai）；3、伊尼揚巴內省，省會為伊尼揚巴內；4、索法拉省，省會為貝拉；5、馬尼卡省，省會為希莫尤（Chimoio）；6、太特省，省會為太特；7、讚比西亞省，省會為克利馬內；8、楠普拉省，省會為楠普拉；9、尼亞薩省，省會為利欣加（Lichinga）；10、德爾加杜角省，省會為彭巴。1個直轄市即首都馬普托市。
中國地圖被人們形象地喻為一隻報曉的雄雞，莫桑比克地圖則像一頭撒歡的小馬駒：尼亞薩省、德爾加杜角省和楠普拉省組合成馬頭的輪廓，圓柱形的讚比西亞省勾畫出頸部的形狀，旁逸斜出的太特省酷似馬兒的前腿正在“自奮蹄”，狹長的索法拉省與馬尼卡省共同構成馬兒的腰身，伊尼揚巴內省是隆起的後臀，加紮省是綁緊的下胯，最後麵的馬普托省更像揚在空中的後腿。從地理位置上講，莫桑比克有兩種分法：一種是以讚比西亞河為界，將全國分為南方和北方。另一種是將全國分為南部、中部和北部，南部由馬普市、馬普托省、加紮省和伊尼揚巴內省組成；中部各省為索法拉省、馬尼卡省、太特省和讚比西亞省；北部諸省為楠普拉省、尼亞薩省和德爾加杜角省。這兩種分法在人們交談中相提並論，並無歧義。
莫桑比克屬於熱帶草原氣候。南回歸線穿過加紮省和伊尼揚巴內省，更為細致地分類是以此為界將氣候分為兩部分：南麵是亞熱帶草原氣候，北麵是熱帶草原氣候，赤道暖濕氣流、印度洋季節風、莫桑比克暖流以及西北部的高原地勢直接影響氣候特別是風向的改變和降雨的變化。全年分雨、旱兩季：10月至次年3月為雨季，多雨、溫度偏高，平均溫度在27—31C之間，12月和1月是季節中最熱的月份，西部讚比西河河穀部分地區溫度甚至會超過40C，成為全境最熱的地方；4月至9月為旱季，幹旱少雨，氣溫較低，平均溫度在18—21C之間，6月和7月是一年中最冷的兩月，北部的利欣加溫度會降至12C，成為境內最冷的城鎮。
全國降雨以薩韋河為界：北方省份平均年降雨量是1，500mm，其中尼亞薩的梅坦古拉（Metangula）月降雨量達到300mm成為降雨最多的地方；南方省份平均年降雨量為750mm，加紮省的帕夫裏（Pafuri）年降雨量尚不到300mm成為降雨最少的地區。因南方降雨並無規律可循，加之河流的水利工程尚待建設，導致這一地區容易進入多點雨就澇、少點雨則旱的怪圈。在1982—1984年、1986─1987年和1992年，全國遭受嚴重的旱災，糧食作物大麵積減產甚至絕收，人民生活主要依賴外援，特別是2000年初，莫桑比克又遭受曆史罕見的水災和颶風侵襲，國民經濟受到嚴重影響。
熱帶颶風是一種強有力的能夠引起巨大破壞的大氣環流。當印度洋上空溫度超過27C後，氣流會從南緯8°—15℃地區的半空下落，形成颶風。莫桑比克海峽一定時間內會有颶風周期性地掠過，但僅限於北部諸省或近海處，很少越過中部沿海城市貝拉到達南部三省。雖然颶風埃利內（Eline）與格羅麗亞（Gloria）於2000年登陸該國並引起相當程度的破壞，但氣象部門長時間的觀察和統計數據表明：颶風到達莫桑比克並導致嚴重破壞後果的情況並不多見。2004年12月26日在印度洋地區發生的致使20多萬人死亡的特大地震和海嘯，雖然也波及到非洲東部的索馬裏和坦桑尼亞，卻並未影響莫桑比克。
莫桑比克國家氣象局對馬普托地區的氣候十年（1989─1998年）一周期的觀察結果和資料數據如下：12月和1月為降雨最多月份，前者月平均降雨量147.25mm，後者為161.59mm，最高記錄是1998年1月，單月降雨量高達365.5mm，而在幹旱的1989年1月，降雨量僅為37mm。6月和7月是降雨較少的月份，1998年6月無降雨成為十年中唯一的一次零記錄，令人意外的是該段時間內馬普托省最多的一次年降雨量也隻有962.5mm。1992─1994年，馬普托遭受旱災，年平均降雨量分別為586.5mm、541.5mm和458mm。1996—1998年最後三年的平均年降雨量為915.27mm，較為充沛的雨水雖緩解了旱情，卻在馬普托地區引發大麵積洪澇災害，衝毀農作物並數日中斷沿岸漁民的海上捕撈活動。
馬普托旱季時溫度較低，6月和7月是最冷的月份，1996年7月氣溫低至13.1C、 高達23.4C成為十年來同時期溫度最低與最高的記錄。12月和1月是季節中最熱的月份，溫度穩定於20—30C之間，1992年2月溫度高達32.2C低至23.9C成為同期溫度最高與最低的記錄。馬普托雨季時濕度一般保持在70—80%，十年中最高記錄是在1997年11月和1998年1月，濕度均達到83%，1994年6月溫度降至66%成為同時期最低的一次記錄。