全國地勢西北高東南低，由西向東大致分成三部分：占境內12%麵積的西部和西北部多由沙岩、花崗岩、片麻岩組成的高原和高地構成，海拔高度在1，000米以上；占境內44%麵積的中部地區多由山地和台地構成，海拔高度位於200─1，000米之間；餘下的44%麵積的南部與東部地區由低地構成，海拔高度均在200米以下，由熱帶草原、沼澤地帶、沙洲林地、海岸濕地組成，並包括兩個主要的衝積盆地：北方的魯伍馬盆地（Rovuma Basin）和南方的莫桑比克盆地（Mozambique Basin），二者均為地殼運動產生的結果。著名的東非大裂穀（Great Rift Valley）東支向南直切入讚比西河入海口，巨大的斷層帶將莫桑比克從中部一分為二。
莫桑比克的地理元素構成決定了高原和山區多集中於西部與西北部地區，如西麵的佩尼亞隆加（Penhalonga）、烏巴（Vumba）和希馬尼馬尼（Chimanimani）山脈，西北部的戈龍戈薩高地（Gorongosa Highlands）、太特高地（Tete Highlands）以及北麵的馬孔德高原（Makonde Plateau）。較有名氣的山峰有：賓加（Binga），是與津巴布韋交界處希馬尼馬尼山的主峰，以2，436米的高度成為莫桑比克全境最高的山峰；納穆利（Namuli），位於讚比西亞省，以2，419米的高度排列第二，信奉原始宗教中拜物教的地方居民常在頂峰附近的岩洞裏舉行宗教祭拜活動；馬萊馬（Malema），位於楠普拉省，幾近垂直的山峰，無遮無掩的花崗岩峭壁，成為白人登山愛好者聚集的伊甸園。戈龍戈薩，位於戈龍戈薩國家公園（Gorongosa National Park）內，高1，868米，棲息著為數眾多的鳥類，其中包括一些珍稀品種，是遊客們觀察鳥群的理想場所。
莫桑比克主要的河流有25條，如讚比西河、林波波河（Limpopo）、薩韋河（Save 長330公裏）、魯伍馬河（Rovuma 長650公裏）、馬普托河（Maputo 長150公裏）、因科馬蒂河（Incomati）、利龔戈河（Licungo 長336公裏）、利戈尼亞河（Ligonha）、盧裏奧河（Lurio 長605公裏）、盧任達河（Lugenda）、布熱河（Buzi 長320公裏）、蚌圭河（Pungoe）等。這些河流多發源於非洲大陸地勢較高的中部地區，途徑廣博的卡拉哈裏盆地（Kalahari Basin）時，挾沙裹礫向東而流，在到達地勢低下的莫桑比克平原後，沙子沉澱下來，形成衝積平原。莫桑比克東部的土壤表層明顯帶有卡拉哈裏的沙丘地貌，這一特征在海岸線上的河流入海口處體現得更為充分。
讚比西河是繼尼羅河、剛果河、尼日爾河之後的非洲第四大河。它發源於安哥拉高原，流經讚比亞、津巴布韋、最後經莫桑比克的讚比西亞省注入印度洋，全長2，574公裏，其中流經莫桑比克的長度為820公裏。讚比西河是南部非洲的一條生命河，它那滔滔不絕的河水造就了兩岸肥沃豐饒的土地，惠澤沿途世世代代的生靈，形成遠近聞名的讚比西流域。讚比西河沿岸風光旖旎，景色迷人，椰子、香蕉、菠蘿、腰果、劍麻等經濟作物構成熱帶草原氣候下奇特的景觀，讚比西亞省因讚比西河而有了更多的文明，成為莫桑比克的農業大省、人口大省、教育大省和資源大省。讚比西河流域地勢多變，植被茂密，是野生動物的天堂樂園，棲息於河中的鱷魚與河馬也為讚比西河增添了更多的野性與傳奇色彩。
盡管讚比西河與林波波河是南部非洲的第一和第二大河，盡管莫桑比克自南至北均勻分布著25條主要河流及其分支、湖泊，盡管境內尚有270公裏長的卡奧拉巴薩水庫和尼亞薩湖，盡管莫桑比克看來有著充足的淡水資源，但具有諷刺意味的是這個國家仍然時不時地遭受嚴重的幹旱。
莫桑比克東南部平原為非洲最大的平原之一。莫桑比克海峽以1，670公裏的長度成為世界上最長的海峽，海峽最窄處也在300公裏之外，大部分水深2公裏以上，莫桑比克暖流經此南下。地理學家們相信在125，000年之前，莫桑比克南部和中部地區沉於海水之下，大約到了7，000年前的冰川時期，地殼運動使海水開始後退，直到縮至現在的水平位置。這種觀點強有力的證據是化石層的研究和一些地質上的特征，從東部海岸向西120公裏的內陸萊邦博（Libombo）山區，發現了隻能生長於海洋裏的甲殼類動物化石群。另外，為數眾多的內陸湖及其周圍的沙洲均有很高的含鹽量，周邊環境的其它物理變化也說明了在遠古海洋逐步退卻的過程中，一些低窪地區的海水被自然截流，形成湖泊並保存至今。
區劃與氣候
莫桑比克位於南緯2652—1027、東經3012—4051之間，屬東2時區，比北京晚6個小時，北京時間中午12點是首都馬普托市早晨6點。