雖然莫內戰是莫桑比克人自相殘殺的悲劇，但究其根源卻來自於外部力量的較量或者說是冷戰時代的衍生物。當時，前蘇聯成功地將馬列主義思想根植於轟轟烈烈的非洲人獨立運動之中，解陣即宣稱自己是一個馬列主義政黨，堅持走社會主義道路。雖然歐美西方國家譴責並製裁南非的種族隔離政策和羅德西亞的獨立傾向，但他們在意識形態上卻保持高度一致，即均是馬列思想和社會主義製度的極端仇視者，莫桑比克親東方政權的建立無疑成為其日後攻擊的對象。另外，莫桑比克站在國際社會反對南非種族隔離製度的最前線，全力以赴地支持鄰國民族獨立的正義鬥爭，勢必引起對方白人政權的強烈不滿和報複行為，抵運正是在這一國際環境背景下產生的畸形物。1980年，白人執掌的羅德西亞變成由黑人為參政主體的津巴布韋並獲獨立，抵運失去了靠山和經濟來源，南非白人政府立即插手控製抵運，向其提供武器和後勤保障，繼續從事反對莫桑比克新政府的破壞活動。抵運則利用這次結盟的機會，大肆擴充勢力並宣稱代表莫桑比克人民，為推翻馬克思主義的解陣政府而進行的民主解放運動，企圖從字麵上愚弄百姓，為自己的反政府行為披上一層合法的外衣。
1984年3日，為緩和兩國間的緊張局勢。消除雙方的敵對狀態，莫桑比克總統馬歇爾和南非領導人博塔（Botha）簽訂了>（Nkomati Accord），稱：“雙方互不侵犯對方領土；互不支持針對對方的反政府武裝力量；實行睦鄰友好政策等。”但是，兩國並沒有嚴格遵守協議規定，低運依舊發動了一係列的軍事行動，莫桑比克政府接連不斷地譴責南非當局仍在為反政府武裝提供財政支持。
1986年10月19日，薩莫拉·馬歇爾總統因飛機失事不幸遇難，他參加完在讚比亞召開的南部非洲前線國家領導人會議，座機返回途中據說是因導航受到幹擾而誤入南非境內並神秘墜毀。同年11月，若阿金阿爾貝托希薩諾（Joaquim Alberto Chissano）繼任總統並出任解陣主席兼武裝部隊司令。與他的前任相比，希薩諾總統是一個更務實的領袖人物，他意識到欲結束目前國內曠日持久的內戰，需要與包括反政府武裝在內的各種力量進行談判和對話，國家的經濟發展也必須從一黨專政的公有製經濟轉型為由市場為導向的自由經濟。然而，戰爭畢竟是戰爭，戰爭的殘酷已使這個國家變得千瘡百孔、瀕臨崩潰的邊緣。在隨後的幾年，抵運領導的反政府武裝仍然活躍在政府防守空虛的地方，攻占村莊，焚燒莊稼，殘害教師、診所醫生等工作人員，汙染水源，割斷電線，掠奪工廠設施，破壞社會基礎建設，並在交通線上和廣闊的鄉間埋設地雷等，給無辜的人們帶來無盡的災難。
1990年，隨著東歐劇變、蘇聯解體，取而代之的是歐美列強積極向非洲大陸推行資本主義模式的“民主政治”。在這一年黨的第三次代表大會上，解陣黨決定“跟隨世界潮流”，放棄馬克思─列寧主義和社會主義製度。隨後，莫政府通過新憲法，改國名為莫桑比克共和國，實行多黨製，總統和議會由選民直接選舉產生，為和平解決內戰衝突創造條件。對於執政當局的政治轉變態度和國際社會的不斷調停，促使抵運領導人開始考慮提前停火和進行談判的可能性。1990年7月，莫桑比克政府和抵運的代表在羅馬（Rome）開始了首輪會談，積極尋求通過政治途徑來和平解決國內戰亂。經過兩年多的艱難談判，1992年10月4日，若阿金希薩諾總統與抵運領導人阿方索德拉卡馬（Afonso Dhlakama）在羅馬最終簽署了>（The General Peace Agreement），抵運將由一個反政府的軍事組織轉變為合法政黨並在莫現行國家製度內開展政治活動，從而結束了莫桑比克長達16年（1977—1992）之久的內戰。
許多莫桑比克人堅信發生在執政黨解陣與反對派抵運之間的內戰是莫桑比克曆史上最黑暗、最惡劣的戰爭，其破壞力甚至遠超過殖民時代和獨立戰爭。莫桑比克解放後，掌握著國家經濟命脈、具有社會管理能力和熟練勞動工人的葡萄牙白人開始撤離，他們帶走資金和技術，留下一個幾近空殼的社會。雖然前蘇聯專家應邀來填充這個真空，但對於該國曆史上第一個即無經驗又無經曆的非洲人政府而言談何容易來進行現代社會的安邦治國，更何況殖民統治結束後遺留下95%的文盲，莫桑比克的經濟發展和社會建設很快陷入困境。內戰開始後，莫政府對抵運武裝力量進行堅決打擊，抵運則采取更瘋狂的報複措施。於是，社會改革舉措難以繼續，國家基礎建設遭受重創，致使經濟發展雪上加霜、舉步維艱，尤其是中部和北部省份，電力設施、公路和鐵路幹線被毀，學校、醫院、工廠被棄，政府人員被殺，土地大片被荒蕪，大部分地區已陷入癱瘓狀態，暴力事件不斷發生，盜匪滋生搶劫橫行，特別是雙方廣泛地使用地雷，將鄉間廣闊的土地製造成大片的無人區。另外，反政府武裝士兵為了在惡劣的野外環境中得以生存，便獵殺大量的野生動物作為充饑，象牙、犀牛角等貴重資源也被販賣至境外來換取戰爭急需的槍支武器。這個國家的動物和人民一起，同樣遭受了一場史無前例的浩劫。據聯合國難民署估計，莫內戰期間共死亡100多萬人，另有150萬難民流落鄰國，大約500萬人在國內逃離家園流離失所。另據世界銀行（the World Bank）提供的數據資料顯示：1980——1988年間，莫桑比克的GDP增長率平均每年跌落3.5%；商品出口減少72%的份額；1988─1990年以人均收入為準，被世行列為世界上最不發達的國家；1988─1992年間，成為全球最大的受捐贈國之一。