在漫長的殖民歲月裏，莫桑比克南部的德拉戈亞灣初始尚未納入葡人的殖民範圍，因為這一地區地勢低窪，沼澤密布，土地也不肥沃，尤其是萃萃蠅（Tsetse Fly 俗稱“瞌睡蠅”）的存在，使牛的規模養殖成為不可能，因而被認為是無價值的蠻荒之地。或者說在德拉戈亞灣未得以開發、其戰略位置尚未凸現之前，葡萄牙更關心的是北部沿海地帶的利益，致使德拉戈亞灣處於一個權力頻繁更迭的動蕩地帶，先後有丹麥人、奧地利人、恩古尼族人、英國商人、法國海盜均是早於葡萄牙人成為該地區的統治者，直到1781年3月30日，葡萄牙的戰艦駛進德拉戈亞灣，才開始加入這一地區的爭霸賽中。
1869年，當埃及蘇伊士運河開通後，歐洲各國對非洲大陸的覬覦迅速提高，在1884——1885年的柏林會議（Berlin Conference）上，歐洲列強擅自決定劃分殖民地，將非洲大陸分割。在南部非洲，1867年於金伯利（Kimberley）發現了鑽石和1869年於萊登堡（Lydenburg）發現了黃金，使南非的經濟得以迅速發展，而處於南非與莫桑比克交界處的德拉戈亞灣因存在最安全的天然良港及其日趨顯露的戰略地位也成為英葡兩國爭奪的焦點。1875年，當時的法國總統Marie Edme MacMahon積極從中斡旋，終於和平解決雙方的領土爭端，葡萄牙得到了德拉戈亞灣的最後歸屬權。為感謝這位法國總統，葡殖民當局將洛倫索─馬貴斯市的一條街道和一個廣場以馬克馬洪（MacMahon）來冠名。莫桑比克獨立後，馬克馬洪廣場被更改為工人廣場（Workers Square），馬克馬洪街也隨之易名，但標著“2M ”（MacMahon）商標的啤酒卻成為這個國家最流行的杯中之物。1891年5月，英國和葡萄牙簽訂了“英葡條約”（Anglo—Portuguese Treaty），最終確定了葡萄牙在莫桑比克殖民地的邊界和範圍，大致就是今天莫桑比克的版圖。
1926年，葡萄牙發生軍事政變，以安東尼奧·薩拉查（Antonio Salazar）領導的右翼政黨組織控製了國家的內外事物。他們本著狹隘的民族主義激情，決定將葡屬東非的殖民地並入葡萄牙的領土範圍。於是，在政府提供的大量資金支持下，成千上萬的葡萄牙人移往莫桑比克。為進一步加強裏斯本與洛倫索─馬貴斯之間緊密的聯係，1933年，當局政府出台了“殖民地法案”（Colonial Act）。1951年6月11日，根據2048號法案（Law 2048），莫桑比克成為葡的一個“海外省”，葡當局以法律的形式將莫桑比克並入葡萄牙的版圖之內，並將其納入普通法和中央計劃經濟的統一管理之中。
葡萄牙在莫桑比克實行的是一整套剝削的封閉型經濟政策，僅被認為是宗主國農產品、木材、海產品和礦石等原材料的無償供應地。雖然國家的法律規定人人享有平等參政權利，但它僅是一紙空文而已，殖民地白人管理當局推行的仍是種族歧視的政策，全力維護白人在政治、經濟、教育、就業等社會各方麵的利益，黑人並無政治和經濟權利而言，相反還經常遭受種種限製和鞭打，造成大量的失業者和貧困階層。另外，財政的拮據和軍事力量的薄弱也使葡萄牙對維持其占領土地的能力越來越力不從心，於是，鄉間廣闊的土地被租賃給許多私人公司從事農業生產，農村地區因此又產生眾多的貧困農場工人，為以後莫桑比克人的獨立培育了革命的力量。哪裏有壓迫，哪裏就有反抗。隨著二十世紀五、六十年代非洲大陸掀起的反殖民、爭取民族獨立浪潮的到來，一場轟轟烈烈的非洲人解放運動也即將席卷莫桑比克這塊已有幾百年曆史的殖民地。
獨立運動
第二次世界大戰之後，喚醒了非洲大陸人們民族鬥爭和解放意識，殖民地被壓迫的人們要求獨立的呼聲日益高漲。在五、六十年代的莫桑比克，已有解放運動的先驅者秘密組織集會和罷工，反對葡萄牙的暴力統治，殖民當局采取的則是嚴酷的高壓手段，其中較有影響的當屬“Manu運動”事件。1960年7月16日，在北部德爾加杜角省（Cabo Delgado）的穆埃達市（Mueda），幾千名當地居民舉行集會，要求葡萄牙殖民者歸還他們已被白人農場主強占的土地，結果，遭到嚴陣以待的武裝警察的射殺，當場造成包括500人死亡的特大傷亡事件。殖民者的暴行激起了全莫桑比克人的憤慨，更堅定他們爭取民族早日獨立的決心。當局政府無視社會矛盾激化的現象，為鞏固政權和增加白種人的人口數量，反而掀起了第二輪移民浪潮，並建立多座天主教堂，企圖從精神上毒害和奴化殖民地人民。