在葡萄牙入侵東南非洲的16世紀，黃金一直是內陸地區向外輸出的主要交換物品；至17世紀，象牙交易超過黃金成為出口的重要商品；至18世紀，販賣黑奴之風漸盛並達到高峰，其利潤又超過象牙成為當時最具誘惑的暴力行業。
從1730年開始，法國人首先在莫桑比克島上有組織地進行黑人奴隸交易。他們在印度洋沿岸和島嶼開墾出許多農場和甘蔗種植園，需要大量的勞動力。盡管當時莫桑比克沿海地區屬葡萄牙殖民範圍並明令禁止歐洲其他列強在此從事商貿活動，但島上的葡萄牙殖民當局還是擴大奴隸交易量，法國人則用糧食和銀幣予以回報。在1780年之後的10年內，平均每年有5─6艘法國商船運走1，500─2，000左右的黑奴，莫桑比克島、吉林巴斯群島（Quirimbas Islands）、伊尼揚巴內城、索法拉鎮是主要的黑奴供應市場。除法國人外，還有葡萄牙、丹麥、英國、西班牙和北美白人的奴隸貿易商船穿梭於印度洋上。1790年，一條從印度洋開往巴西新的奴隸貿易航行最終確立，使黑奴的交易量迅速膨脹，僅1828年，就有30，000名奴隸從莫桑比克沿岸運往海外，1830年，由此銷往巴西的奴隸人數達到了有史以來的最高峰。受暴利的驅使，Prazos法案的土地持有人或受益者也參與到非法奴隸買賣行列，致使殖民地黑人被大量賣出，勞動力日漸匱乏，土地被棄置荒蕪。另外，他們隻顧自身利益，對抗葡萄牙管理當局，使國家的法令難以得到貫徹執行，阻礙了殖民地經濟的發展和稅務的征收，對Prazos法案也造成極大損害，日後逐漸成為葡萄牙當權者頭痛的問題。從19世紀開始，隨著國際社會對消除奴隸貿易的呼聲日漸高漲，歐美等許多國家宣布廢除奴隸貿易製度，嚴禁黑奴買賣行為。裏斯本（Lisbon）也在該世紀70年代頒布法令規定：“葡萄牙在非洲、亞洲和大洋洲各‘海外省’的居民，不分種族、不分膚色、不分宗教，一律享有和葡萄牙本土白人同等的權利”。雖然葡萄牙最高當局在隨後的幾年試圖廢除黑奴交易和Prazos法案，但由於這種行為業已根深蒂固，歐洲本土的法令影響至莫桑比克卻鞭長莫及，很難發揮實質上的效力。Prazos法案在實施約300年後，直至20世紀30年代方得到最終根除。
在葡萄牙入侵莫桑比克最初的300多年，其殖民重心集中在伊尼揚巴內省以北地區，尤其是沿海各地。Prazos殖民法案主要從讚比西河流域和索法拉省低地平原開始實行。1752年之前，殖民地的行政權由葡萄牙設在遙遠的印度沿海商業城市果阿（Goa）的印度公司代為行使，隨著殖民範圍的不斷拓展，為更好地控製這一地區，葡萄牙國王決定從1752年起，派遣總督進駐莫桑比克島進行統治，將莫桑比克直接掌管到裏斯本的影響之下。在莫桑比克曆史上，莫桑比克島是一個有著特殊地位的島嶼，它於殖民前期已被阿拉伯人建設成東非沿海最繁忙的貿易點之一，當葡萄牙殖民者到達後，又成為總督所在地，是當時莫桑比克政治、經濟和文化中心，一直履行相當於國家首都的功能，直至1897年，殖民地管理當局從莫桑比克島遷往南部德拉戈亞灣（Delagoa Bay，1975年獨立後改名為馬普托灣Maputo Bay）的洛倫索─馬貴斯（Lourenco Marques，獨立後改名為馬普托市Maputo City），後來地方管理中心移至楠普拉市（Nampula）以及1951年納卡拉（Nacala）港口的建立，使該島前後喪失了其延續幾百年的政治和經濟中心地位而逐漸衰落。現莫桑比克島作為國家的誕生地以及島上幸存的大量而豐富的建築和文化遺跡已被申請為世界遺產地（World Heritage Site），同時也是莫桑比克最有名的旅遊勝地。