阿拉伯人除了運來外麵世界的商品外，還帶來了長方形的石砌建築物、陶器的製作技術、航海運輸的獨桅三角帆船、帶火藥的殺人武器、調味品以及重要的糧食與經濟作物諸如稻米、甘蔗、椰子、香蕉、芒果、檸檬、桔子等，還有伊斯蘭宗教文化在東非各國的登陸和普及。
在曆史上，對莫桑比克產生過重要影響的除了阿拉伯人外，接下來就是葡萄牙人。
殖民時代
在西方白人殖民非洲之前，非洲人有其本民族的文明和生活方式，但他們的文化多以口頭形式世代傳承，缺乏詳盡的文字記載，使得曆史上發生的許多重大事件變得非常模糊甚至湮滅，隻有依靠考古學的幫助加以研究和澄清。雖然人類社會經曆了數千年的發展，但談及黑非洲的曆史狀況，似乎總是從有書麵記錄的殖民時代開始濃墨重彩地進行較為詳細的陳述。
15世紀末期，為尋找傳說中所羅門國王（King Soloman）的寶藏和東方神秘國度裏的財富，葡萄牙偉大的航海家和探險家巴斯柯達伽馬（Vasco da Gama）率領他的船隊開始了通往印度的航程。公元1498年初，這支由四艘船隻組成的探險船隊先後到達現在為伊尼揚巴內省（Inhambane）和克利馬內（Quelimane）港口的地方，而後繼續北上。1498年3月2日，當他們停泊在莫桑比克島附近時，驚奇地發現島上有石砌的建築物、碼頭和人頭攢動的貿易市場，這種場麵與當時歐洲盛行的想象中蘊藏財富的地方非常接近。這個長2.5公裏、寬0.6公裏的島嶼是一個非洲內陸向外輸出黃金和奴隸的貿易中轉站，由阿拉伯蘇丹Moussa Ben Mbiki（或 Mussal A ‘L Bik）統管，同時他也是一個較有影響的奴隸貿易商。當達伽馬的船員詢問島上土著居民這個小島或島主的名字時，土著們用斯瓦希裏語回答為Msimbiji，這就是國內也有人將該國譯成“莫三鼻給”的起源和最初雛形。很快，這位阿拉伯蘇丹的名字聯拚成Moambique的葡文寫法並被葡萄牙人記載為該島的名稱，後來又升級成莫桑比克的國名並有了Mozambique的英文形式。可以說，達伽馬是這個國家的“發現者”，莫桑比克島也成為該國的誕生地。
1505年，葡萄牙戰艦到達莫桑比克東海岸，在今天為索法拉省（Sofala）索法拉鎮的地方修築炮台，建立軍事要塞，標誌著葡萄牙人入侵莫桑比克的行為正式開始。這個具有特殊意義的殖民時期最早的建築物今已不複存在。在上世紀早期，人們發現這座標誌性建築物被海浪衝蝕得相當嚴重，並有可能沉陷海底。於是，要塞的石塊被拆下，運往北麵貝拉市一條繁華的商業街（即後來的愛德華多蒙德拉納大街Eduardo Mondlane Street），於1925年修建了羅莎莉女士大教堂（Cathedral of Our lady of the Rosary），成為市區一大景觀。
1507年，葡萄牙人打敗了莫桑比克島的蘇丹首領，正式占領該島，而後修建軍事堡壘，開始享受商貿活動中的“征稅”權利。葡萄牙人的到來除了想從阿拉伯人手中奪取印度洋海岸的貿易線外，還有對非洲內陸黃金、象牙、寶石和奴隸等資源的攫取和占有，這與信仰穆斯林、經濟上又存在巨大利益衝突的阿拉伯人必然會發生軍事爭端。至1550年，葡萄牙人完全擊敗阿拉伯人，取得莫桑比克海岸的貿易壟斷權。20年後，為奪取莫諾莫塔帕王國的黃金產地，葡萄牙人先後組建了兩支遠征隊，沿著讚比西河（Zambezi River）向內陸進軍。1573年，遠征軍消滅了塞納（Sena）的穆斯林武裝商旅，並在塞納和太特地區建立土牆城堡，這為他們在18世紀中期征服卡蘭加族酋長們的殖民行動奠定了基礎。
隨著葡萄牙遠征部隊在非洲東西海岸勢力範圍的不斷延伸，帶給這個國家最高統治者的壓力卻與日俱增，當時葡萄牙屬歐洲窮國之列，其經濟來源主要依賴於葡萄酒和橄欖，並沒有太強的經濟實力和軍事力量來修建和維持日漸增多的軍事要塞和移民定居點。為此，葡萄牙國王從17世紀開始在莫桑比克實施一項類似於高度自治的土地租賃法案（Prazos）：將占領的土地分封或租賃給宗教神職人員、貴族、禦職軍人及其他葡萄牙定居者，鼓勵他們進行農業生產和商業活動，承認其擁有的財產和地位；作為交換條件，這些非洲本土上的白人或葡萄牙移民將維護葡萄牙的主權和利益，代替政府征集稅金、修路、進行社區建設、征兵並保障當地葡萄牙駐軍的軍需給養等。Prazos法案的實施一般被認為是葡萄牙對莫桑比克推行殖民統治的起始時間。