巴爾幹戰爭時期，庫斯圖裏卡的許多同胞已經把“南斯拉夫”這個詞看作是塞爾維亞統治的代名詞。不過庫斯圖裏卡堅持稱自己隻是南斯拉夫人。他的妻子瑪雅是波黑塞族和斯洛文尼亞-克羅地亞人的後代。這就使得他們的孩子——史崔伯和當亞——成為具有斯洛文尼亞、克羅地亞、波斯尼亞穆斯林血統的塞爾維亞人。也就是說，庫斯圖裏卡家庭正是曾經的南斯拉夫國家的縮影。
庫斯圖裏卡之痛：薩拉熱窩
薩拉熱窩圍攻開始之時，庫斯圖裏卡為自己千瘡百孔的故鄉寫了一篇情真意切的懇求書，並且刊登在法國的《世界報》上。之後不久，波斯尼亞穆斯林的非正規軍洗劫了他父母在薩拉熱窩的住處，老兩口隻好搬到黑山。庫斯圖裏卡的電影獎杯也被掠走。幾個月後，他的父親心髒病發死亡。庫斯圖裏卡認為“這場戰爭殺死了他。”從此，他再也沒回過薩拉熱窩。
庫斯圖裏卡最有名也最受爭議的電影《地下》有一個副標題——“從前有一個國家”。這部電影完成於薩拉熱窩圍攻時期，諷刺了共產主義時期的南斯拉夫，人們為他人編織謊言網的現象。1995年《地下》贏得了戛納電影節的最高獎項——金棕櫚獎。然而獎項公開之夜，庫斯圖裏卡一行人（包括為電影配樂的吉普賽銅管樂隊）和戛納的安保之間爆發了一場混戰。不過這僅僅是開始。著名評論家和知識分子對於電影的控訴蜂擁而至。批判者認為庫斯圖裏卡電影中對南斯拉夫曆史的隱晦比喻扭曲了巴爾幹半島，而且他為摧毀自己祖國的西方勢力辯護和宣傳；評論家認為片中的兩位主人公是庫斯圖卡裏意淫的結果——塞爾維亞人在曆史等邪惡因素的誘導下陷入絕望，為了生存隻能不擇手段。斯洛文尼亞哲學家斯拉沃熱·齊澤克（Slavoj Zizek）在《幻想的瘟疫》中說《地下》講述的是“為贏得西方視線而虛構的巴爾幹半島”，他還說，“這部電影使西方更加認為我們是瘋狂的民族，戰爭就是我們的本性”。
時至今日，許多波斯尼亞人仍然把庫斯圖裏卡的電影以及他最終選擇居住在塞爾維亞、支持塞爾維亞的行為看作是對故鄉的背叛。庫斯圖裏卡拒絕過多地為自己的電影或者為自己辯護。“戰爭一開始時有人說我是民族主義者，”他說，“這個人說我支持米洛舍維奇，我跟他說：‘不，我不是支持米洛舍維奇，我是反對你！’”他始終持有這樣一個基本觀點，那就是西方世界發現了一個可以利用的大魔怪米洛舍維奇，為了敘述的需要，就從中得出了所有塞爾維亞人都是小惡魔的結論。
在忍受了六個月的辱罵後，庫斯圖裏卡公開聲明退出電影界。
當然，他沒有。沉寂了幾個月後，他想製作一部講述吉普賽音樂的紀錄短片，最後卻做成了長達135分鍾、講述吉普賽小流氓愛情故事的鬧劇《黑貓白貓》。片中的角色都由非職業演員扮演，沒有明顯的政治信息。這部電影一度成為庫斯圖裏卡票房最高的電影。
但這並不意味著庫斯圖裏卡學乖了。在一次赴晚宴的路上，坐在後座上的庫斯圖裏卡看著城市裏的廣告牌，突然破口大罵：“這裏，太他媽像莫斯科了，甚至就是在他媽的彼得堡，哪裏都一樣！”他衝著街邊成排的廣告做出憤怒的手勢，“本來各有各的特色，現在非要用他媽千篇一律的外衣遮蓋上！”塞爾維亞的首都在1999年遭受了國際製裁和北約轟炸，尚未從戰爭的影響中完全恢複，現在卻一頭紮進了淺薄的商業化道路。“所有的東西都必須賣出去！所有的東西都是用來出售的！每個人都必須買！每個人都必須有一輛吉普！”正在憤世嫉俗的興頭上，妻子瑪雅卻突然開口說話了：
“你不也有嗎？”
“是啊，就連我都有吉普車！”
“你還有三輛。”
“……”
這位黑發美人總是有本事優雅地讓旁邊脾氣火爆的國際巨星“住嘴”。
在庫斯圖裏卡的整個電影生涯中，沒有幾個人能讓他閉上嘴。他在電影中所評論的往往都是一些他應當保持沉默的事情，像種族暴力、亂倫和共產主義。他的中心人物也通常是一些邊緣人物，如吉普賽人、猶太人、穆斯林、窮人、殘疾人、被剝奪了權力的人、平民百姓、人微言輕的異議者、愛好音樂的小偷、無良的歹徒和困惑的兒童。