除了對美國和巴基斯坦錯誤的政治判斷，蘇聯領導人同樣低估了阿富汗反抗組織的力量、動力和意誌。穆斯林遊擊隊員和阿富汗人民最大的優勢是他們驚人的恢複能力：盡管麵臨巨大的人員傷亡，數百萬難民，糟糕的通信設備和武器，蘇聯軍隊壓倒性的技術優勢，阿富汗人依然堅持不懈地抵抗侵略。
而他們的敵人——蘇聯士兵“卻不知道到底在為什麼戰鬥”。1980年1月，蘇聯第40軍駐紮在阿富汗，在穆斯林的遊擊戰麵前，蘇聯指揮官早期運用的以傳統的攻擊和追捕為特點的大型聯合作戰形式失去了威力，阿富汗複雜的地形也限製了蘇軍的行動。在阿富汗山區，蘇聯軍隊的主戰坦克就因為主坦克炮和共軸機槍的高程作戰能力不足，隻能躺在大本營裏變成紋絲不動的碉堡。
旋風行動
中央情報局在1979年執行“旋風行動”，透過巴基斯坦三軍情報局作為中介，向“聖戰者”提供武器彈藥及資金，並在1979年到1992年間訓練了10萬名聖戰者遊擊隊員。在一些穆斯林國家中，一些組織開始號召誌願者到阿富汗參與打擊蘇聯部隊的作戰。其中特別值得注意的是，一個年輕沙特阿拉伯男子——奧薩馬·本·拉登的組織最後演變成基地組織。
二月革命（Saur Revolution）
1978年4月28日，親蘇聯的阿富汗人民民主黨發動了推翻阿富汗政權的政變。“Saur”是一個達裏語詞，指波斯曆的第二個月。
早在1973年，阿富汗共和國成立後，蘇聯即支持阿富汗國內的阿富汗人民民主黨（PDPA），加緊使阿富汗在經濟上依賴蘇聯，反對同中國有密切關係的巴基斯坦。曆屆阿富汗政府雖然都曾試圖擺脫蘇聯，但都沒能成功。1978年，人民民主黨激進分子發動政變，推翻阿富汗政府，暗殺了第一任總統，組織新政府，並由其領導人出任總統（即“二月革命”），但在1979年9月，又被時任阿富汗總理阿明取代。同年12月27日，蘇聯人支持的另一名左翼分子巴布拉克·卡爾邁勒在政變中上台。卡爾邁勒試圖推行蘇化政策，卻遭到武裝反對時，他要求蘇聯提供軍事援助，對反對派進行鎮壓，導致阿富汗戰爭爆發。
1985年3月，新上台的蘇共總書記戈爾巴喬夫要求在一年內必須解決阿富汗戰局中的問題——蘇聯領導人早就對阿富汗戰局感到不耐煩了。因此，蘇聯向阿富汗增派了10.8萬軍隊。在1985年4月，阿富汗的民航飛機幾乎全部被迫改變航班時間，全國的機場每天隻有四個小時對民航飛機開放，而且還往往是臨時指定為某個機場，其餘時間都被運兵的蘇聯運輸機占據，新增加進來的蘇聯兵力大部分是作戰力更強的特種部隊。此外，蘇軍進一步增加了先進的武器，其中包括Su-25攻擊機和BMP2步兵戰鬥車。1985年成了阿富汗戰爭中最血腥的一年。在南部重鎮坎大哈，聖戰者頻頻向蘇聯部隊發動攻擊，使蘇聯部隊疲於奔命。1987年起，阿富汗政府軍單獨向聖戰者控製區發起攻擊，盡管傷亡慘重，仍沒有奪下聖戰者控製區，僅在帕克蒂亞省，阿富汗政府軍獲得了短暫的慘勝。
在蘇聯的指導下，阿富汗政府軍總兵力在1986年擴充到30萬人，並逐漸成為戰爭的主力。盡管人數眾多，阿富汗政府軍卻軍心渙散，存在嚴重的逃兵現象。
從美國武器扶持項目秘密獲得的防空導彈對蘇聯的空襲行動造成了很大麻煩，尤其是1986年引進的美製毒刺導彈，大大影響了蘇聯在阿富汗的空襲行動。毒刺導彈是一種單兵便攜式防空導彈，它重達34磅，5英尺長，最大射程5800米，最大高度3500米。蘇聯戰鬥機和轟炸機不得不將飛行高度從2000到4000英尺增加到10000英尺左右。聖戰者雖然沒有接受太多的正規訓練，卻能夠在4800米開外，擊中高達2000米的蘇聯飛機。結果，固定翼飛機發現並毀滅目標的能力劇降。
而蘇聯直升機就沒那麼幸運了，蘇軍傷員撤離大多是通過直升機完成的，現在，這種方法風險越來越高。一位蘇聯參戰者回憶：“直到1987年，我們所有的傷員都是通過直升機撤離到喀布爾的醫院。毒刺導彈的出現終結了我們對直升機的大量使用。我們被迫在每一輛裝甲運輸車裏塞進15個傷員，走小路把他們送到喀布爾。”