在很多情況下，基層士兵在保持紀律和士氣上缺乏耐心。由於缺乏領導能力，第40軍紀律廢弛，士氣低下。士兵精神不振，鬱鬱寡歡，變得沉迷於毒品或酒精。戰爭期間，時有種族迫害、盜竊事件和暴力犯罪發生。為了給犧牲的戰友報仇，許多士兵殺害平民、摧毀村莊。
令人崩潰的阿富汗荒漠
縱觀阿富汗戰爭，蘇聯第40軍中每年有高達33%的人員感染傳染病。前往阿富汗作戰的62萬名蘇聯人中，67%的人曾因為重病就醫。這些疾病包括傳染性肝炎、傷寒症、瘟疫、瘧疾、霍亂、白喉、腦膜炎、痢疾、中暑和肺炎。大量傷亡的直接原因是糟糕的衛生條件、垃圾處理和飲用水水質。
很多疾病本來是可以避免的。比如，蘇聯軍隊經常被迫飲用自然水或者當地井水。在很多情況下，這些水的水質很差、含有大量細菌，一不小心就會導致斑疹傷寒和阿米巴痢疾。為了抑製飲用當地水源造成的疾病傳播，蘇聯政府發放了淨水藥片。這些藥片如果合理使用的話，是很有效的；可惜士兵們要麼不願意花30分鍾等藥力充分發揮，要麼覺得淨化後的水的味道很惡心，不願意喝。
在阿富汗提供充足的後勤服務對第40軍一直是個難題。由於惡劣的氣候和崎嶇的地形，車輛和設備損耗極快。車用燃料、製冷係統和車輪特別容易受惡劣的環境影響。結果，蘇聯維修人員不得不增加對各種武器設備和車輛的定期維修和維護。
此外，許多蘇聯部隊要麼駐紮在遙遠的地方，要麼遠離補給基地。結果，戰鬥部門不得不忍受嚴重的物資短缺。在炎熱的天氣下，肉類和新鮮蔬菜很難儲藏運輸，需要製冷技術。部隊通常隻能提供罐裝和壓縮食品。蘇聯士兵的配給幹糧包括200克甜麵包幹、250克罐裝肉、250克罐裝魚、30克糖、4克濃縮果汁。
山區地形加上幹燥的沙漠氣候使得蘇聯士兵既要忍受白天讓人筋疲力盡的炎熱，還要忍受夜晚刺骨的寒冷。蘇聯統一發放的製服和設備是為歐洲戰場設計的，不適用於阿富汗的行動，連發放的睡袋都不能保暖和防潮。
蘇聯在阿富汗戰爭中學到的主要教訓是“實際上，不可能打敗有著牢靠的供應源和回收區的大規模遊擊隊。即使運用現代武器技術切斷遊擊隊伍的食物和其他基本來源，想要打敗遊擊隊也是極其困難的”。但實際上，對於每一個戰場上的士兵來說，不知道自己為什麼而送命才是真正的失敗之源。
蘇聯撤軍後
1987年11月，穆罕默德·納吉布拉在蘇軍的扶持下接替卡爾邁勒出任阿富汗總統，但他上台僅半年，蘇聯就開始從阿富汗撤軍。1992年，蘇聯解體後，阿富汗形勢突變，政府軍陣前倒戈，放反政府軍進入喀布爾，危急中，納吉布拉隻能藏匿在聯合國駐喀布爾辦事處。反政府軍隨即派兵包圍辦事處，將他軟禁了4年。
在納吉布拉被軟禁期間，塔利班在阿富汗蓬勃興起，橫掃了國內一切反對勢力，並於1996年9月攻入了喀布爾，封鎖了該市。在塔利班看來，納吉布拉這個“屠夫”罪行累累，必須“嚴懲”。當時聯合國副秘書長古爾丁正在喀布爾，希望能幫納吉布拉離開喀布爾，古爾丁帶著阿拉伯文版的《聯合國憲章》麵見塔利班領導人，希望他們能尊重人權，不要濫殺，但塔利班領導人並未理會他的建議。1996年9月27日，塔利班士兵找到了納吉布拉的藏身之處，依據“伊斯蘭教義”對他進行審判，並判處他死刑。隨即，塔利班士兵先在眾人麵前把納吉布拉的生殖器割下，然後把慘叫不止的納吉布拉拴在一輛吉普車下，圍著總統府拖行數圈，最後用亂槍將他殺死。納吉布拉死後，他的屍體被懸掛在城市廣場的燈柱上示眾，一周後，腐敗不堪的屍體被丟進了臭水溝。
聖戰士回到被蘇聯摧毀的村莊