穴位是髒腑、經絡之氣通於體表、肌肉、筋骨之外之皮部。通過艾灸穴位的良性刺激，即可激發經氣，而產生熱效和藥效的雙重作用。從而達到溫通經絡、調和陰陽、調整髒腑、扶正祛邪、調和氣血、增強抗病力、治愈疾病、維持健康的目的。但隨其灸法、藥物、和穴位不同，會有不同的治療效果。
艾灸療法同屬針灸療法範疇。臨床應用艾灸療法或同時配合其他療法，所涉及穴位很多。現就與本療法有關的常用穴位的定位、功用、主治與灸法分述如下。
（一）十四經穴
手太陰肺經穴本經經穴起於中府，終於少商，左右共22個穴位。
中府（募穴）位於前正中線旁開6寸，雲門穴下約1寸，在前胸壁外上方，平第1肋間隙處。功用：調理肺氣，養陰清熱，止咳平喘。主治：喉痹、哮喘、咳嗽、支氣管炎、肺炎、肺結核、胸悶煩滿、腹脹、肩背酸痛等。灸法：艾炷灸3～5壯，艾條灸5～10分鍾。
尺澤（五輸穴）位於肘橫紋中，肱二頭肌側凹陷處。功用：調理肺氣，清熱和中。主治：潮熱、咳嗽、咯血、氣喘、哮喘、鼻出血、咽喉腫痛、胸脅脹滿、腹痛、吐瀉、小兒驚風、上肢癱瘓、肘臂攣癰、乳癰、舌幹、感冒、咽炎、喉炎、齶扁桃體炎、支氣管炎、百日咳、肺炎、胸膜炎、肋間神經痛、麻疹、丹毒、高血壓，及胎位不正等。灸法：艾炷灸3～5壯，艾條灸5～10分鍾。
孔最位於前臂掌麵橈側，尺澤穴下3寸，太淵穴上7寸，橈骨掌麵正中處。功用：調理肺氣，疏通經絡，清熱利咽。主治：咳嗽、氣喘、肺炎、咯血、咽喉腫痛、肘臂攣痛、痔瘡、身熱無汗、肘關節炎、失聲、支氣管炎、肺炎、肺結核、齶扁桃體炎、頭痛及痔瘡出血等。灸法：艾炷灸5～7壯，艾條灸5～10分鍾。
列缺（絡穴、八脈交會穴）位於橈骨莖突上方，腕橫紋上1.5寸凹陷中。功用：調理肺氣，疏通經絡，疏風解表，平喘利咽。主治：偏頭痛、正頭痛、頭項強痛、咳喘、咽喉腫痛、口眼喎斜、牙關緊閉、齒痛、三叉神經痛、麵癱、半身不遂、手腕無力、腕部腱鞘炎、上肢癱瘓、驚癇、溺血（血尿）、小便熱、陰莖痛、麵目水腫、糖尿病、蛋白尿、感冒、鼻炎、喉炎、風疹、蕁麻疹、落枕、腕部扭挫傷等。灸法：艾炷灸5～7壯，艾條灸5～10分鍾。
太淵（五輸穴、原穴、八會穴）位於手腕掌麵橈側橫紋上，橈動脈橈側凹陷中。功用：調理肺氣，止咳化痰，消腫利咽。主治：胸滿、咳嗽、哮喘、肺癆咳血、無脈症、前臂神經痛、肋間神經痛、結膜炎、角膜炎、流行性感冒、目痛、生翳、嘔血、胸背痛、掌中熱、喉痹、腹脹、噫氣、乳癰、手腕無力疼痛、凍瘡、手皸裂、鼻炎、百日咳、支氣管炎、脈管炎等。灸法：艾條灸3～5分鍾，不宜用艾炷直接灸。
少商（五輸穴）位於拇指內側（橈側）指甲角外約1分處。功用：清肺利咽，清熱醒神，啟閉蘇厥。主治：中風、中暑、嘔吐、昏迷休克、癲狂、癔症、肘指痙攣、失聲、喉痹、咽幹、小兒驚風、外感、齶扁桃體炎、鼻出血、咽喉腫痛、食管狹窄、慢性腸炎、垂舌、唇焦、流行性感冒、急性咽喉炎、流行性腮腺炎、白喉、百日咳、精神分裂症及胎位不正等，為急救穴之一。灸法：艾炷灸3～5壯，艾條灸5～10分鍾。
手陽明大腸經穴本經起於商陽，終於迎香，左右共40穴。
商陽（五輸穴）位於示指內側（橈側）指甲角外約1分處。功用：清熱醒神，疏泄陽明，宣肺利咽，開竅蘇厥。主治：中風、昏迷、耳鳴、耳聾、結膜炎、咽喉腫痛、齒痛、腹痛、吐瀉、熱病無汗或昏厥、齶扁桃體炎、橈神經麻痹、疼痛、腮腺腫痛、青光眼、口腔炎、手足麻木等。灸法：艾炷灸1～3壯，艾條灸3～5分鍾。
合穀（原穴）位於手背第1、2掌骨（拇、示指間）之中點，約於第2掌骨中心處。功用：清泄陽明，舒經鎮痛，通經開竅，通降腸胃。主治：頭痛、目赤腫痛、鼻出血、齒痛、咽喉腫痛、牙關緊閉、口眼喎斜、熱病無汗、多汗、經閉、滯產、腹痛、便秘、小兒驚風、小兒消化不良、痄腮、麵肌痙攣、前臂神經痛、眩暈、耳聾、麵腫、疔瘡、失聲、咳嗽、胃脘痛、痢疾、疥瘡、瘧疾、感冒發熱、流行性感冒、麵神經麻痹、扁桃體炎、支氣管炎、哮喘、結膜炎、電光性眼炎、風疹、蕁麻疹、帶狀皰疹、丹毒、神經性皮炎、顳頜關節功能紊亂、單純性甲狀腺腫、急性胰腺炎、痤瘡、酒渣鼻、麵部黃褐斑、麵部瘡腫、凍瘡、唇裂等。灸法：艾炷灸3～5壯，艾條灸5～10分鍾。附注：孕婦慎用。