此外，隨著時代進步疾病譜的發展變化，部分中藥大品種不一定能夠完全滿足臨床用藥的需求，也亟需進行二次開發進一步提高中藥大品種臨床順應性。
4.1.2新藥發現過程的藥理研究思路中藥大品種二次開發過程中藥理研究起著承上啟下的作用。活性成分追蹤，優化複方藥理效果的篩選，藥理作用機製的闡述，作用靶點及途徑的確立，毒理研究等都離不開藥理研究的參與。
中藥大品種二次開發新藥過程中藥理研究主要著眼於器官、細胞、分子及基因水平，分析中大品種活性成分、組分、拆方不同組合與全方對比生物效應特征；分析在不同拆方組合及純化條件下，疾病病理過程各環節生物因素變化的時序及效應水平，強調整體效應與細胞分子水平靶向反應性的結合觀察；進而分析複方不同拆方組合及純化條件下藥效物質構成差異性與生物效應、靶點反應特性的相互關係，闡明中藥大品種發揮藥效的科學內涵[10]。
中藥藥理的另一大研究內容是對臨床不良反應進行深入研究，探詢不良反應的嚴重程度、挖掘不良反應的具體藥物甚至具體成分，並研究其產生不良反應的機製與體內生物學特性等。如龍膽瀉肝丸臨床發現腎毒性表現，對龍膽瀉肝丸進一步研究證實不良反應是由關木通中的馬兜鈴酸引起，更進一步對含有馬兜鈴酸的藥材的其他複方進行研究，最終對含有馬兜鈴酸的藥材進行替換，保持其功效，消除其不良反應達到用藥安全的需求。
近年來，中藥臨床不良反應報道日漸增多，引發社會對中藥的不信任。此情形下更需要藥理工作者對不良反應產生的機製進行科學的闡述，揭示不良反應的實質，從而指導中藥在臨床更有效、合理的利用。
4.1.3新藥發現過程的藥劑學研究思路中藥大品種二次開發新藥發現過程中藥劑學主要內容是結合藥理進行物質基礎研究，明確原品種起作用的是其中活性成分、有效組分，還是部分藥味的組合，為後續新藥開發打下良好的基礎。
采用活性追蹤的方法探究中藥大品種發揮作用具體的活性成分。如中藥當歸蘆薈丸由11味中藥組成，拆方發現，方中的青黛對慢性白血病有治療作用，有效成分是靛玉紅，療效高，用量小，顯效快，副作用小，療效優於原方。嚴永清等從生脈散合煎劑中分離鑒定了5-羥甲基-2-糠醛，其具有抗心肌缺血作用，但其抗心肌缺血這一藥理活性在此之前並未被發現[11-13]。
結合藥理實驗結果篩選有效組分。絕大部分中藥大品種由多味藥材組成，彼此均具有自身特有組分結構，整體藥物療效通過一定組成和比例的組分共同作用達到。通過拆方、重組以方中的組分為單位進行活性篩選，得到具有較高藥理活性與生物安全性同時具有明確作用物質基礎的新的組分結構組合[14]。
通過拆方重組精簡藥味可以得到更為精煉的複方。古方蘇合香丸原方由蘇合香、麝香、安息香等15味藥組成，其成藥為大蜜丸。後來針對冠心病、心絞痛及心肌梗死藥理模型進行現代藥理實驗，並依據實驗結果進行處方精簡和劑型改革，改成冠心蘇合香丸，僅有5味藥，在此基礎上再進行篩選優化，最後僅取2味藥製成蘇冰滴丸，改製成的新的組方既保持原方治療寒凝氣滯血瘀證之心痛與胸悶憋氣的療效，又可快速起效，其不僅藥理明晰，生產工藝規範，質量可控，而且劑型也根據5方便原則進行了改革，起到了速效的作用[15]。當歸芍藥散記載於漢代張仲景《金匱要略》，其組成為當歸、白芍、川芎、茯苓、白術和澤瀉。當歸芍藥散對阿爾茨海默氏病與血管性癡呆兩大類型老年癡呆均有一定的療效。當歸芍藥散經拆方研究後，獲得茯苓、白術和當歸組成的精簡方。抗老年期癡呆藥理學比較實驗證明，該精簡方不但保留了而且增強了防治老年期癡呆的作用，特別是對血管性癡呆的防治效果，精簡方明顯優於當歸芍藥散[16]。
4.2二次開發新藥開發過程中各基本元素的研究思路
4.2.1新藥開發過程的藥劑研究思路在新藥發現過程的基礎上，按照中藥新藥開發的要求對發現的中藥新藥進行開發。在藥劑研發環節中應用現代分離純化、製劑成型、儀器分析手段，結合實際生產需要，進行科學規範管理，達到物質基礎明確、產品質量可控的藥學要求。
現有國家中藥大品種標準中的提取工藝，多為水提、醇提、水煮醇沉等，普遍比較落後，嚴重影響了產品的發展。隨著科學技術的進步，一些先進的提取分離技術紛紛應用到中藥製藥中，如超臨界流體萃取技術、微波萃取技術、超聲波提取技術、半仿生提取技術、大孔樹脂吸附分離技術、膜分離技術、分子蒸餾技術、分子印跡技術等多單元技術耦合應用於中藥及複方物質基礎多組分的提取分離、精製純化，以獲得既能真正“去粗取精”，又能充分體現保留原方藥功能主治的物質基礎組分[17-20]。
製劑工藝中的骨架成型技術、膜控成型技術、固體分散技術、納米技術、微丸（囊）製備技術、脂質體技術、（自）微乳技術、多元定位釋藥技術、多元定時釋藥技術、pH依賴梯度釋藥技術等[21-29]現代化先進技術的應用豐富了中藥新產品的給藥形式，極大地滿足了中藥臨床用藥需求。
現代分析技術水平發展，新的分析手段HPLC-DAD，HPLC-MS，GC-MS，UPLC-MS/MS，UPLC-Q-TOF-MS不斷湧現，分析能力得到提高，同時雙波長、多波長指紋圖譜、多維多息指紋圖譜等中藥質量分析方法的建立，能夠更好地控製產品質量及不良反應物質限度[30-32]。以實現中藥質量的規範化和現代化。如江蘇康緣藥業就對其生產的桂枝茯苓膠囊從藥材、半成品、成品的指紋圖譜標準進行研究和工藝優選工作，完善了相關藥理毒理等實驗研究，已被美國FDA批準進入II期臨床試驗[33]。丹參中的鞣質成分是引起香丹注射液嚴重不良反應的主要原因之一；清開靈注射液中的蛋白多肽是引起其過敏反應的主要原因之一，可增加工藝步驟去除這些有害成分，同時，質量標準中增加這些成分的限量檢查指標，以減少不良反應的發生。
4.2.2新藥開發過程的藥理研究思路新藥開發過程中藥理研究主要涉主要藥效學、一般藥理學、藥代動力學及毒理學研究等。
主要藥效學研究過程中，研究者要結合中藥大品種二次開發前一過程物質基礎作用靶點與機製，根據新藥的主治，參照其功能，選擇相應試驗方法，進行主要藥效試驗。盡量在兼顧中醫證候特點的同時選擇國際公認的、針對性強的疾病模型與藥效指標，有利於更加客觀、準確地反應藥效。所得新藥處方，有效成分明確，作用機製和量效、時效關係相對清楚。
一般藥理研究可為臨床研究和安全用藥提供信息，也可為長期毒性試驗設計和開發新的適應症提供參考。按照指導原則至少進行受試物對中樞神經係統、心血管係統和呼吸係統的影響，必要時對受試物對心血管係統和呼吸係統增加觀測指標以及增加泌尿係統、自主神經係統、胃腸係統等研究項目。
中藥藥物動力學主要研究中藥有效成分、單方及複方體內過程動態變化的規律，研究其在動物體內的吸收、分布、代謝及排泄，並將研究結果用數學方程和相關藥動學參數來表達。
在中藥的二次開發中，藥物代謝動力學將成為一個重要的手段，從藥代動力學的角度闡明藥物量效關係，用以探尋可以申報新藥的可能性，並且可指導經典方及其在此基礎上開發的新藥的臨床用藥和藥品說明書的撰寫[34]。
中藥大品種二次開發中毒理學研究主要是預測二次開發新藥產品臨床用藥時可能出現的毒性反應；製定臨床檢測、預防措施；推算臨床研究時，人用藥的安全參考劑量和安全範圍；確立禁忌證，限製用藥人群。在指導原則基礎上，通過加強下列舉措提高安全性評價結果可靠性：選擇合理的采樣和檢測時機，設法減少動物試驗設計上的不足；應重視一般藥理的研究結果；更仔細並合理地選擇動物種屬；重視生化指標和全身（免疫/淋巴）器官髒器的重量檢測；加強GLP實驗室中對動物各項正常生理指標的數據背景資料研究，以確保對毒性試驗數據分析與處理的科學性和合理性[35]。
4.2.3新藥開發過程的臨床研究思路臨床療效同時還是新產品實際療效檢驗的唯一標準。中藥大品種經過篩選、分析、分解、重組後形成的新產品必須回到臨床試驗確認其療效檢測其不良反應。因此臨床既是中藥大品種開發的起點又是中藥新藥應用的終點。
中藥大品種二次開發產品臨床試驗時，除了在指導原則的指引下進行還應注意以下內容如臨床定位是否明確，選擇的病例是否合適，選擇的對照藥物是否正確，選擇的評價指標是否科學合理，安全性評價是否客觀、全麵等[36-40]。
隨著新的《中藥新藥臨床研究一般原則》即將頒布，以及臨床試驗管理規範，中藥大品種二次開發臨床試驗結果能夠更準確地指導臨床用藥[41-42]。