2．按中醫辨證選穴根據髒腑學說的理論，按各髒腑的生理功能和病理反應進行辨證取穴，如脫發取“腎”穴，皮膚病取“肺”、“大腸”穴等；根據十二經脈循行和其病候選取穴位，如坐骨神經痛，取“膀胱”或“胰膽”穴，牙痛取“大腸”穴等。
3．按西醫學理論選穴耳穴中一些穴名是根據西醫學理論命名的，如“交感”、“腎上腺”、“內分泌”等。這些穴位的功能基本上與西醫學理論一致，故在選穴時應考慮其功能，如炎性疾病取“腎上腺”穴，月經不調取“內分泌”穴等。
4．按臨床經驗選穴如“神門”穴有較明顯的止痛鎮靜作用，“耳尖”穴對外感發熱、血壓偏高有較好的退熱降壓效果。另外，臨床實踐還發現有些耳穴具有治療本部位以外疾病的作用，如“外生殖器”穴可以治療腰腿痛等。
（三）耳穴探查
人體有病時，往往會在耳廓相應的區域內出現反應。如胃病時在胃區，肺病時在肺區可見反應點。一般認為刺激這些反應點，療效較好。但是，個人耳廓的形狀、大小、體表分布等不可能完全一致，病情又有不同，所以耳廓反應點的出現就會有變異。在臨床使用耳穴時，不能隻限於耳穴圖、耳穴模型等所標誌的位置，耳廓反應點，需探查後確定。
臨床常用的耳穴探查方法，主要有以下三種：
1．直接觀察法就是用肉眼或借助於放大鏡在自然光線下，對耳廓由上而下，從內至外，直接觀察有無變形、變色等征象，如脫屑、水泡、丘疹、充血、硬結、疣贅、軟骨增生、色素沉著以及血管的形狀、顏色的變異等。
2．壓痛點探查法這是目前臨床最為常用的探查方法，病人先經過初步的診斷，然後用彈簧探針、毫針柄或火柴棒等以均勻的壓力，在與疾病相應的耳廓部從周圍逐漸向中心探壓；或自上而下、自外而內對整個耳廓進行普查，耐心細找壓痛點。當探棒壓迫痛點時，病人會出現皺眉、眨眼、呼痛或躲閃等反應。另外，也應告訴病人，在探查壓痛時注意比較哪一點最敏感，要及時反映，以便找準耳穴。再根據壓痛點所代表的髒腑學說及解剖、生理的對應部位進行分析，如肺區出現壓痛敏感點，可能是肺病、大腸病、皮膚病的表現。探查時手法必須輕、慢、均勻。有的病人耳廓反應點處出現變形、變色的特征，這些部位一般壓痛較明顯，可作為探尋耳穴的參考。少數病人耳廓上一時測不到壓痛點，可用手指按摩一下該區域，而後再測；或者在對側耳廓的反應區探查，如仍無壓痛反應，可休息片刻再測；如反複探查無明顯壓痛時，一般可按對症選穴法選穴治療。
3．電測定法使用特製的電子儀器測定耳穴皮膚電阻、電位、電容等變化。醫者利用耳廓反應點的電阻低、導電性高的原理，製成各種小型晶體管良導電測定器測定耳穴。探測時，病人一手握電極，醫者手執探測頭，在病人的耳廓上進行探查，當電棒觸及敏感點（良導點）時，如電阻低的耳穴，可以通過指示信號、音響或儀表等反映出來。這種電測定法和壓痛法比較，具有操作簡便、準確性較高等優點。
（四）操作方法
耳穴的刺激方法較多，現介紹一些目前臨床常用的方法。
1．毫針法是利用毫針針刺耳穴，治療疾病的一種常用方法。其操作程序如下：
（1）定穴和消毒：首先要定準耳穴。根據處方所列耳穴，在穴區內尋找反應點，做上標記，作為治療的刺激點。如果探查不到反應點，就按耳穴定位的穴點進行治療。針刺前耳穴必須嚴格消毒，先用2％碘酒消毒，再用75％的酒精脫碘，待酒精幹後施術。
（2）體位和進針：一般采用坐位，如年老體弱、病重或精神緊張者宜采用臥位，針具選用26～30號粗細的0．3～0．5寸長的不鏽鋼針。進針時，醫者左手拇食二指固定耳廓，中指托著針刺部的耳背，既可以掌握針刺的深度，又可以減輕針刺疼痛；然後用右手拇食二指持針，用快速插入的速刺法或慢慢撚入的慢刺法進針均可。刺入深度應視患者耳廓局部的厚薄靈活掌握，一般以刺入皮膚2～3分，達軟骨後毫針站立不搖晃為準。刺入耳穴後，如局部感應強烈，患者症狀往往有即刻減輕感；如局部無針感，應調整針刺的方向、深度和角度。刺激強度和手法依病情、體質、證型、耐受度等綜合考慮。
（3）留針和出針：留針時間一般約15（20）～30分鍾，慢性病、疼痛性疾病留針時間適當延長。留針期間，每隔10分鍾運針1次。出針是一次治療的結束動作，醫者左手托住耳廓，右手迅速將毫針垂直拔出，再用消毒幹棉球壓迫針眼，以免出血。
2．電針法針刺獲得針感後，接上電針機兩個極，具體操作參照電針法。通電時間一般以10～20分鍾為宜。適應於神經係統疾患、內髒痙攣、哮喘等。
3．埋針法是將皮內針埋入耳穴治療疾病的方法，適用於慢性疾病和疼痛性疾病，起到持續刺激、鞏固療效和防止複發的作用。