2.企業參與培養碩士研究生的動力不足
在校企合作中，學校滿腔熱情而企業消極被動的“一頭熱”現象十分普遍。在接受調查的201家企業中，有68家企業曾經嚐試過與高校共同培養研究生；有87家企業表示未來有與高校合作培養碩士生的意願，分別僅占調查企業總數的33.8%和43.3%。由此可看出，不管是從曆史角度還是未來角度，企業與學校共同培養學生的意願並不強。究其原因，畢業生經常跳槽，導致企業投入與收益不成比例、企業缺乏校企合作的認識和意識等是主要的原因。具體地說，企業參與校企合作的動力不足主要是由於：第一，碩士生跳槽較頻繁，企業為畢業生人職後適應崗位而進行的培訓學習費用與碩士生在職期間為企業創造的財富相比的投入一產出比不理想；第二，高等教育擴招以來，每年會從學校流出大量本科及本科以上學曆層次的人才，人力資源由賣方市場轉入買方市場，企業認為無需參與培養便可在勞動力市場找到適合的人才；第三，一些企業缺乏聯合培養意識，以為人才培養僅僅是學校單方的責任。企業和高校因所處立場和所持的價值目標不同，其行為動機源於自身的立場，企業是以盈利為目的的“經濟人”，關注的是“效率”和“經濟”，往往因擔心合作給自己帶來費用的增加和勞動力的消耗。
3.利益分配難以協調
共建科研基地和學校承擔企業科研任務是最容易有利益產出也是諸多合作形式中的主要的合作形式，假如校企雙方因此為爭奪合作成果僅出於自身利益而不是集體利益來考慮問題，將直接威脅到聯盟關係的可靠性。追求自身利益最大化，是每個經濟人的理性選擇。對於企業，關心的是如何才能擴大投資回報率；對於學校，也想在借助企業的力量培養多少學生的同時獲取更多的經濟利益。目前，企業和學校的合作多僅存在簡單的表麵上的合作，尚缺乏深層次的合作，其重要原因就是雙方在利益分配上達不成一致意見，並且缺乏鼓勵雙方聯合的利益分配機製。利益分配問題的遲滯和既得利益集團的阻撓造成許多問題久拖不決、矛盾重重，校企合作自然不能順利進行甚至中途被迫終止。
三、促成和維係校企合作培養關係的建議
1.相關管理部門要積極為校企合作搭建平台
在現有的政府管理機構特別是教育管理機構中，相關職能部門一直未把推進校企合作這項工作擺在重要位置，這使以注的校企合作一直處於校企雙方自己運行的狀態。為改變校企合作管理渙散局麵和強化企業參與動機，教育、財政、工商。人社等部門應該認識到校企合作的長遠性和戰略性，為校企合作搭建平台，積極推進校企合作：一是服務於校企合作。主要是加大對校企合作模式的宣傳推廣、組織協調、評估監測工作；建立校企信息互通渠道等。二是從政策、製度方麵推進校企合作。首先是要完善研究生培養製度，推進相關法規的落實；其次是建立利益激勵機製，以稅收、信貸、補助金等方式激勵企業參與校企合作。
在激烈的市場競爭中，企圖讓企業犧牲自己的利益而參與到學校人才培養之中是不現實的，政府必須運用各種政策工具予以鼓勵。現階段和大學聯合培養研究生的企業以中大型企業為主，小企業因資金短缺等問題很少和學校合作培養研究生。但中小型企業占據企業數量中的絕大多數，如果能鼓動這類企業參與到培養碩士研究生的隊伍中來，將能吸納大批碩士研究生。中小企業自身的力量較為薄弱，難以吸引具有碩士及以上學曆的畢業生選擇為就業目標，而又正因為這類企業數量多、力量小，其本身的多數員工的學曆層次不高，碩士生在此類企業中工作或實習易受到重視。中小企業往往是大型企業的前期，中小型企業的發展尚不成熟，往往會遇到各種棘手問題，碩士研究生見證並參與解決難題，就是一次次鍛煉自我、增長才幹的機會。每項政策的執行必須通過一定的政策工具。廣西省人民政府2011年6月出台了大力發展微型企業的七項政策，重點扶持廣西微型企業的發展。如果政府為這些企業在稅收、信貸、補貼等政策工具予以支持，鼓勵企業尤其是中小型企業為培養碩士研究生出力，將有利於學校和企業雙方。