昂山曾說過：“誰出來反對我們的敵人，誰就是我們的朋友。”基於此種想法，昂山決定利用英日矛盾，借助日本的力量擺脫英國統治，實現緬甸獨立。二戰期間，有昂山這種想法的殖民地國家領袖不在少數。如印度的錢德拉·鮑斯、後來的印尼總統蘇哈托、馬來西亞總理馬哈蒂爾的父親，也曾試圖借助日本的力量推翻殖民者。
在與日本軍政府達成協議後，昂山秘密回到緬甸並帶領29名青年（稱為“三十誌士”）前往日本，後轉至被日軍占領的海南島接受軍事訓練。同昂山一起前往日本的三十誌士中，有後來在緬甸曆史上叱吒風雲的人物，如長期掌握緬甸政權的吳奈溫。
1942年1月，日本入侵緬甸，3月日本占領仰光。在日本發動緬甸攻勢後，昂山和他的29個戰友隨同日軍回到緬甸。在日本支持下，昂山組建了緬甸獨立軍，由日本提供武器和軍用物資，配合日軍進軍緬甸。到6月份，緬甸獨立軍已發展到15000人。同年7月，在全緬英軍被擊退後，緬甸獨立軍被改組為緬甸國防軍，昂山被授予少將軍銜，由此稱為“昂山將軍”，但是緬甸獨立軍人數被壓縮到3000人。
1943年以後，整個國際局勢已經明朗，盟軍控製了戰爭的主動權，日軍節節敗退。為了安撫緬甸，日本做出讓步，同意緬甸獨立。1943年8月1日緬甸宣布獨立，巴莫出任總統，巴莫政府的主要成員都是“德欽黨”人，昂山出任國防部長，吳努任外交部長，德欽丹東任農業部長。
在趕走英國人之後，日本對緬甸的軍政外交及經濟事務加以嚴密控製，推行比英國人更為殘酷的統治。昂山等人發現，才送走了狼，又迎來了虎。日本大肆掠奪緬甸的經濟資源，征收各種名目繁多的稅收，將緬甸經濟完全納入日本的戰時經濟體製。日軍征用了大批緬甸勞動力和盟軍戰俘，修築公路、橋梁、鐵路、機場，在修築緬泰鐵路的過程中，有4萬多人被日軍虐待致死，電影《桂河大橋》即以此為背景。同時日本還進行思想控製，在各地開辦日語學校，宣傳軍國主義，並任意焚燒寺廟，淩辱僧侶。
日本人的暴行激起了緬甸人民的憤怒，也使昂山等人看清楚了日本軍國主義的麵目。昂山認識到日本隻不過是利用他而已，並不接受他所追求的緬甸的真正獨立自主。在昂山與日本人合作的同時，他的朋友德欽索卻選擇了另外一條道路，德欽索學習中國抗日遊擊隊的經驗，組織緬甸共產黨在各地進行抗日鬥爭。1944年8月德欽索來到仰光，並突然出現在昂山麵前，昂山對此大為感動，表示將立刻進行抗日戰爭。德欽索建議他暫時不要動，暗中培養力量，待機而起。隨後各派領導人在吳努家中密商，決定成立“反法西斯人民自由同盟”，目標是驅逐日本，實現緬甸獨立。
在和緬甸共產黨取得諒解之後，昂山領導的力量開始快速發展，“反法西斯人民自由同盟”成員擴展至20萬人以上，軍隊也發展到有2萬餘人。1945年，在盟軍進攻緬甸重鎮曼德勒的時候，昂山讓部下嘩變投降盟軍，並放出煙幕，攻擊昂山通敵賣國，以迷惑日軍。
1945年3月27日，昂山帶領部下發動抗日起義，起義軍利用熟悉地形的優勢，進行炸毀橋梁、破壞交通等各種軍事行動，殲滅了大量日軍，使得日軍慌忙撤出仰光，有效地配合了盟軍反攻。在曆史的緊要關頭，昂山做出了正確選擇，加入盟軍陣營，趕走日本侵略者，為二戰後緬甸的獨立創造了條件，也使自己成為緬甸的民族英雄。
壯誌未酬
但二戰勝利後，英國卻不願意緬甸獨立，這激起了緬甸人的怒火。緬共聯合各個黨派，組織了緬甸人民聯合陣線，並發動民眾起來進行鬥爭，使得英國駐緬甸總督一年三換其人。昂山則選擇了和英國人進行合作，他主張學習印度的尼赫魯，通過談判獲得緬甸的獨立。二戰勝利之後，昂山即與英國蒙巴頓簽署協議，改編緬甸軍隊為國民軍，將武裝交給英國人。昂山投之以李，英國人也報之以桃，1946年6月20日成立了緬甸過渡政府，昂山出任臨時政府副總理（總理是英國駐緬甸總督）。他的過渡政府吸收了社會黨的德欽苗、聯合黨的巴培、愛國黨的吳素、平民黨的巴莫、自由黨的巴生，這些人物都是英國或日本的合作者。
1947年1月，昂山率領代表團前往英國進行談判，1月21日簽訂了《昂山—艾德禮協定》，他接受英國8700萬英鎊的“複興貸款”，把米和木材的出口權交給英國，並以此換取了英國對緬甸未來獨立的承諾。昂山的妥協路線，激起了左右兩方麵的不滿，他的老朋友，緬甸共產黨領導人德欽索就和昂山決裂。昂山上台以後，在1個月內就逮捕了80多個工會領袖，4個農民領袖，甚至德欽索也被捕（很快釋放）。而右派如愛國黨的吳素等人對此協議也強烈不滿，在隨同昂山前往倫敦時，吳素就拒絕在《昂山—艾德禮協定》上簽字。