根據西溪濕地作為次生濕地、城市濕地、農耕濕地、文化濕地的獨特性，綜合保護工程確定了環境優先，最小幹預，修舊如舊，注重文化，可持續發展，以民為本等六大原則。具體實施方法如下：
(1)就是減少濕地的人口負載和汙染源。根據總體規劃，保留了約100幢建築，進行削層、整修後，粉牆黛瓦的樸拙民居靜靜地點綴在自然環境中(圖5)，總的建築麵積從20萬平方米降至4.8萬多平方米，容積率僅0.015。其他影響景觀、建築質量差、密度較高的農居，全部拆除。拆除建築後留下的空地則恢複植被、補種植物。濕地內全部實行管網配置，汙水納管排放。
(2)盡可能保存西溪原貌。保留朝天暮漾、南渚湖等生態保存較好、麵積較大的水麵，延續其自身良好的生態係統。將部分封閉的小麵積水體連通，以利於物種在較大環境裏自由交流，吸引水烏棲息；將魚塘壁的坡度由陡坡改為緩坡，有利於濕生植物生長，為過往鳥類提供更豐富的食物。
(3)遊步道的設計和施工。采用了不規則的石板或碎石鋪路，中間不打混凝土，既能防滑、方便遊人，又保護了典型地貌。清淤護岸時，用“貼”淤泥的辦法來加固塘堤，選用可以自然發芽的柳樹樁鞏固堤岸。
(4)保留西溪濕地範圍內有50年以上曆史的老建築，適量恢複秋雪庵、煙水漁莊等重點文化遺跡，重現水鄉漁火、龍舟競渡等西溪民俗風情。通過陸續回遷部分世代居住在西溪濕地內農戶，並組織農民耕種、養魚等生產活動，保留“活著”的農耕濕地文化的同時承擔旅遊展示和服務功能。
4.2.4通用性設計的推進
通用性設計首先開始於人口統計學、立法、經濟和社會領域，在20世紀改變著老年人和有殘障人員的生活，目前被普遍接受的概念是“產品和環境的設計可以滿足最大範圍的使用者的要求，不需要去適應或提供特殊的設計”。直到現在，通用性設計的實踐仍然集中在為老人和殘障人員而進行的無障礙設計方麵，包括產品、建築、設施以及環境等的設計。在當今廣泛提倡社會公平的時代，通用性設計的宗旨是為各種能力層次的人群提供平等的服務，這些人群不僅包括老人和殘障人員，還包括小孩、病人、孕婦以及語言的不適應人群等等。我們的城市環境設計，特別是公共空間環境的設計的服務對象不是某些特定群體，而是所有的以各種方式進入其中的人，他們均享有公平享用一切服務設施的權力。
杭州城市的綜合設計管理，旨在提高公平性設計的水平，將市民引以為榮的地域意識與環境共享的概念聯係起來。針對高齡化社會的到來和和諧社會的建設，政府試圖在市民的城市建設意識當中，逐漸形成一種關注通用性設施建設的氛圍。作為一個曆史文化都市，無論老年人、殘疾人、中國人還是外國人，都能同樣安心舒適地享受都市生活。為實現通用性設計而采取的努力正逐步運作起來。如在湖濱景區的整治過程中，設置了不同高度的飲水機，既滿足了正常人和小孩的使用要求，也滿足了坐輪椅的人的需求，同時，景區內的標誌牌，均用中、英、日、韓四種文字同時說明，以滿足不同語言背景的人的需要，體現了通用性設計的社會公平的宗旨。
5政府市民一體化多方參與行動
5.1政府主導的一體整備
政府主導的河道整治事業和民間主導的市街地再開發事業一體化進行，破除河道對城市空間的隔離，有效地活化兩岸的空間，使得繁榮和親水的水濱整備成為可能。活化、美麗、開闊的開放空間——河畔與商業空間——街道的活化聯係起來，民間事業者和地產商也積極配合，使整備事業高速發展。
河道原本是分隔城市的阻礙因素，現在變成城市的中軸，或者說是城市的舞台。捕捉到這樣的設計概念，河道、道路、市街地整備運動一體化進程成為可能。通過它，河道的擴寬，交通係統的再建構，建築物的綜合設計等，與百萬都市的建設，安全、繁榮的都市中心麵貌建設成為一體。
杭州的水景事業，基於數十億資金的河川和道路等公共設施的建設，加上數倍的再開發建設和民間投資，這種政府市民一體化的城市建設正進行中。
5.2市民共創水景都市
5.2.1市民推進河川環境再生
自古以來，作為杭州市民掌上明珠的豐富水體資源，一直都牽動著杭州旅遊經濟的命脈，而建國後的40年間，即使把它稱為杭州的汙水道也不為過。但是，沿岸居民的淨化活動激發了廣大市民的意識，省市企業參加的全市淨化運動不斷得以開展。至今，水質的BOD指標達到了1mg／l的程度，百萬都市的中心部橫穿而過的河道得到了極大的改善，文字記載中的清流中誕生的城市象征又回來了。
5.2.2市民參與水景都市建設
杭州市民，從以上的環境問題改善的經驗出發，對於水景建設的基本構想也積極參加。2008年實施的“我的城市——杭州創意”募集活動中，從小孩到老人，廣大市民提出了數百條建議，結果在規劃階段采納了市民意見，建設期間不斷通過調查問卷收集市民的反饋，加深了本事業的地域理解。這成為政府、市民一體化事業成功的關鍵因素。
5.2.3環境保全與環境教育
市民提出“希望創造更多的親水空間，在日常生活中，能夠觀察自然”。為了同時實現水環境整治、生態保全以及提高人居環境的舒適性，政府采取了諸多措施，如建造了擁有水質淨化機能的人工瀑布等設施，改變傳統的混凝土護岸為水生動物共存的“空石構造”自然石護岸等等，創造出了杭州的水質保全以及良好的水濱環境。此外，有的設計方案還提出了新穎的設計理念，伴隨河道拓寬，有效利用遷移建築的遺留設施，在地下部分麵對水體的牆壁上開窗用來觀察魚和其他生物的活動，根據錢塘江潮水起落，江水中淡水與海水鹽分的分界麵通過肉眼清晰可見，成為市民體驗學習與河道水環境相關知識的絕好場所。