政府問責的體製性衝突。自上而下的考核檢查不斷強化，加劇了體製的內在緊張。近十年政府問責體係演變的基本特點可歸納為：一方麵，民眾對於政府的問責參與能力和要求在提升，基層政府被上級政府要求更好地對民眾負責；另一方麵，上級政府對基層政府的考核規製不斷增加和全麵強化。二十世紀八九十年代，來自上級政府的問責考核，主要發生在計劃生育、財政收入和經濟發展等領域。進入新世紀以來，以往的考核依然強勁，新的考核項目更加突出，如土地利用的考核、專項財政資金的考核、社會治安的考核，其中最重要的是信訪和“維穩”的考核。這些考核和規製行為本身正在衍生出新的問題。就如信訪考核，上級政府的考核方法，主要是以上訪人數和上訪方式作為考核或處罰基層政府官員的標準，而不論基層政府是否有處理問題的具體責任和權力。這種“維穩”考核體係不僅嚴重地破壞了基層政府對於上級政府的信任，而且也造成一些人利用這種不合理考核體製而給政府製造更多麻煩。
基層政府與基層自治的體製性衝突。自1980年代末以來，中央政府開始推進村民自治。現在，村民自治的具體製度規範，特別是村民的政治參與能力，都有了巨大提升。但是，進入新世紀以來，麵臨村民自治組織與基層黨組織的權力紛爭、村級組織與基層政府的權力紛爭，上級政府出台了一些新的製度規範，更加強調強化黨組織對村民組織的控製，強化基層政府對於村級組織的直接控製。基層政府越來越把村級組織作為政府官僚體係的一個部分來管理。在村民政治自主性不斷增強的情況下，村莊和村民對於基層政府直接控製的抵抗也在不斷激化。於是，在政府控製加強的表象下，政府對於村莊組織的實際控製明顯弱化，基層政府與村莊社會日益脫節。
如果深入觀察基層政府內部的運行過程，可以發現，雖然整個政府係統在政治語言上具有高度一致性，但是，實際的政府運行充滿了矛盾。而且，這些矛盾顯然比前些年更多了。在許多情況下，基層領導幹部不僅不太認同上級政府的政策措施，也不太認同上級領導的能力品行；基層黨委部門和行政部門的權力紛爭在增加，行政係統自身不同部門之間的矛盾也在增多。所有這些衝突，都嚴重損害了政府權威和治理的效率，直接造成鄉村治理的低質。
中國鄉村要實現良好治理，關鍵在於如何通過製度創新來解決治理體製自身的衝突
現在，鄉村治理正深陷內在的自我矛盾之中。這種治理危機既困擾中央政府和地方政府，也困擾基層官員和基層民眾。中國鄉村要實現良好治理，關鍵在於如何通過製度創新來解決治理體製自身的衝突。
目前關於政府治理的研究，特別是政府的透明度和問責機製的研究，雖然成果很多，但有一個重要缺陷，這就是缺乏“黨”的研究視角。不論是實際的改革過程，還是學術研究，在總結政府透明度和問責性的過程中，都把關注的重點放在了政府機構本身，而對於黨委的組織有所忽略。在中國，研究政府的透明與問責，不能不特別關注黨組織的透明與問責。
中國是共產黨執政，現行黨政體製的基本特點是：各級政府是由同級黨委直接領導的，政府的重大決策實際上都出自黨委；在許多情況下黨委的工作和政府工作是一體的，或者說是黨委部門取代了政府部門的工作。但是，黨組織的透明過程不同於政府機構，黨組織的問責機製也不同於政府機構。在這種情況下，討論政府透明度和問責問題，也需要同時關注黨組織的透明度和問責問題。所以說，政府的績效與問責問題，實質上是黨組織的績效與問責。
在基層，在提升黨和政府的透明度和問責性方麵，近些年來已經出現很多創新經驗。這些創新經驗發生的基本背景是：其一，近些年來，黨中央也在積極提倡和要求黨務公開，強調黨的工作部門要有績效評價和問責；其二，基層黨政組織在麵臨大量的社會矛盾和複雜的利益關係，在處理社會經濟問題過程中，來自公民的要求和壓力，推動了黨政組織的透明度和問責性建設；其三，在基層領導中產生了一些有改革要求和政治勇氣的人，他們大膽改革傳統的黨和政府工作方式，在增強黨組織透明度和問責性方麵做了很多探索。可以說，黨組織在透明和問責方麵的實踐創新，是走在研究界前麵的，反而研究者的觀察和總結很不夠。因此，為了更好地理解中國的黨政體製，為了更好地總結黨國體製的實際運行，開展關於黨組織的治理與創新的經驗研究很有必要。
筆者認為，研究基層黨的治理，重點內容應該是：以縣市黨組織的運行為觀察麵，全麵考察和總結基層黨組織在增強透明度和提升問責性方麵的創新經驗，為基層黨組織的深入改革提供研究支持。在中國，以黨領政的體製是一個嚴密係統，但是這個係統內部是有層級的，也有板塊的。任何研究都沒有辦法關觀這個體製的全部，都需要選取一個特定的層級或者部門。縣（市）是中國政權體係的基本單位，縣市政權直接實施政治經濟社會的管理，而且管理功能相當完備。縣市以下政權，管理功能雖然直接但是不完備；縣市以上政權，管理功能雖然完備但是並不直接，隻是一種間接的管理。所以，縣市黨政體製最能體現中國政治體製的基本特質。以縣市為基本觀察麵，向上可以仰視關注省市政權，向下可以俯瞰觀察鄉村政府。所以，研究基層黨組織的治理，應該特別重視縣（市）層麵。
如果改革不能在政治層麵上有重大突破，治理危機的全麵爆發將隻是時間問題
如前所述，新世紀以來，縣鄉政府在政府體係中的位勢發生重要變化，其核心特征是：重新集權化過程全麵擠壓了縣鄉政府，既造成縣鄉政府與上級政府的關係緊張，也造成了縣鄉政府與基層民眾的關係緊張。檢索這種重新集權化的起源，應該說始於1990年代中期。分稅製在造成基層財政逐步吃緊的基礎上，基層行政權力也被上級政府不斷蠶食，與此同時，上級政府施加給縣鄉政府的多種考核問責，則進一步惡化了縣鄉政府的運行環境。大致從2010年開始，中央政府意識到這種重新集權化的積弊，開始采取某些調整措施，行政性分權有所推進；在政府運行體製上，中央在政府決策與領導權產生方麵有係列改革舉措。但是，迄今為止並沒有出現預期效果，更無法破解既定困局。不僅如此，有些舉措反而加劇了基層政府的內在緊張與外部衝突。