2.完善內部審計
要保證內部審計的獨立性與權威性，對審計部門的設置必須高於其他部門，隻有先提高審計的地位，才能加強審計的作用。首先，會計信息化條件下的內部審計的範圍不再局限於查錯防弊，而是向以內部控製為重點的包括內部控製評審、風險評估與防範及如何提高經濟效益等綜合性基礎審計的方向發展。其次，還要改進審計方法，規範審計程序。將事後財務收支審計與事中、事前的管理效益審計相結合，手工賬表審計與計算機信息網絡審計相結合，積極參與企業經營管理活動，對企業深化改革中出現的新問題進行綜合分析，提出有針對性的改進意見和措施。最後，完善公司組織控製結構，重塑企業文化氛圍。良好的企業文化可以對員工形成一種無形的約束，有效的遏製組織結構扁平化下，下屬部門為追求小團體利益而犧牲公司整體利益行為的發生。另外，建立切實可行的激勵政策，重視員工的作用。內部控製由人來進行並受人的因素影響，所以要更加強調“軟控製”的作用。企業在實施會計信息化後，對員工的素質提出了更高的要求，因此，從信息時代組織特點出發，建立適當的激勵製度，加強人力資源管理，做到人盡其用，實現會計信息化條件下完善內部控製的目的。
（二）完善風險管理機製
1.要建立風險控製成本風險體係
如果企業對風險進行控製，包括預防的支出和加強控製而增加的費用等，隨著預防費用的增加發生事故的概率會下降，事故費用會降低，因此，隻有當預防費用的增加幅度小於事故費用的下降幅度，總費用才是下降的。換句話說，我們必須綜合權衡預防費用與事故費用之問的相互作用，使總費用達到最低水平。在事故費用曲線與預防費用曲線的交點處，即總費用達到最低水平。
2.創建內部會計控製，建立健全預算及責任控製
會計信息化給企業的運行帶來了新的風險，企業的生產經營活動需要相應的內部控製製度創新作保證。因此借助計算機的多模型模擬，進行敏感分析，及時調控經營風險，建立健全預算及責任控製，是一個越來越被重視的領域。
（三）建立良好的控製活動
1.實現業務流程與係統的整合
實現業務流程與係統的整合就是利用信息技術去再造工作流程，在流程再造的基礎上建立企業會計信息係統，實現係統的高度整合。由於信息技術對組織結構、管理模式、工作方式都產生巨大的影響，因此必須在業務流程再造的開始階段就加以考慮信息技術的功效。針對信息化環境下，企業內部控製的關鍵環節和薄弱環節，建立一套完整的、標準的、規範的企業財務管理製度和財務流程，實現企業信息化過程中實施業務流程與係統的整合。
2.提升內部控製係統的預防性功能
一個有效的內部控製製度需要預防性的、檢查性的和糾正性的控製。傳統的內部控製製度通常采用事後控製，大部分的內部控製的預防功能被限製了，而在信息化環境下，利用信息技術將控製嵌入到會計信息係統中，由於會計信息化具有實時性的特點，從而可以實現對內部控製的實時監控，並進一步發展為事前預防和事中控製。
（四）建立良好的信息溝通係統
一個良好的信息係統可以提供全麵、及時、正確的信息，有助於提高企業運行的效率和效果。而企業的信息溝通係統的完善可以從以下兩個方麵來進行：首先，管理當局應對信息係統的開發工作高度重視，並給予支持，確保各職能部門信息係統高度禍合。另外，建立健全會計信息及相關信息的報告負責製度，使企業內部員工充分理解白己所承擔的責任，並及時取得和交換他們在執行、管理和控製企業經營過程中所需的信息。
（五）完善監督管理機製
首先，美國作為會計信息化係統推廣最早的國家，為完善會計信息化條件下的監督機製，於1997年底由A工CPA及C工以共同發布了網站審計所遵循的規範。目前，我國的網站審計發展還處在初期階段，還未建立切實可行的網站審計規範，我國可以借鑒美國等西方國家對內部控製審計的一些做法，要求注冊會計師對企業出具的內部控製報告進行審計並出具審計報告。這既降低了企業的營運風險，提高企業的經營效益，同時又提高了企業對外出具的財務報告及其他披露信息的可靠性。另外，在會計信息化條件下，現有的法律法規呈現滯後性，在完善原有的審計技術規範後，同時還應建立相配套的法律法規，升級計算機輔助審計技術與係統軟件。