會計信息化係統風險主要指來白於計算機硬件和軟件兩方麵的風險。且由於其係統一體化、數據邏輯化、信息生成白動化的特點，內部控製根本無法觸及，所以一旦出現故障，損失便很嚴重。軟件風險主要是由於會計信息化係統功能繁多，軟件具體運用於企業時，不可避免地存在某些功能不足或潛在的軟件缺陷，這些都會給企業內部控製帶來新的潛在的風險。
2.增加了人員道德風險
主要是指企業內部人員和外部人員對會計數據非授權的訪問、篡改、泄密和破壞等方麵的風險。會計信息化改變了傳統紙質文檔手工錄入會計憑證的方式，取而代之的是電了文檔自動錄入的方式，這樣自然弱化了憑證相互之問的證明性、勾稽性控製，使得手工環境下某些有效的相互製衡措施失效，大大加深了內部控製的難度和深度。
（三）對內部控製活動的影響
1.改變並優化企業業務流程
會計信息化係統實行的是流程化的管理，打破了原來職能部門的條塊分割，實現了企業資源的統一管理和共享，實現組織機構由“金字塔式”向“扁平式”的轉變，使企業高層與基層之問可以更準確、更及時和更全麵地實現信息溝通。
2.改進控製技術
會計信息化係統下建立了嚴格的授權責任體係，設置每位員工對係統的操作權限及信息的查詢權限，保證公司的各項業務均是由被批準或被授權的員工執行。會計信息化係統利用其信息集成的優勢，可以對量化信息進行篩選、溝通，製定組織運營所必須遵循的共同標準，實現部分控製活動的白動化。
（四）對信息與溝通的影響
信息是溝通的基礎，溝通能滿足各個團體和個人問的需要，使他們有效的執行其職能。會計信息化對內部控製的信息與溝通這一要素產生了有利的影響，解決了“信息孤島”問題。會計信息化係統引入了全麵現代化管理技術，實現信息的高度集成，實現了企業資源的統一管理和共享。使組織的相關成員可以實時獲取經營信息與財務會計信息，及時進行溝通，達到最佳協同合作和利益共享。在一個完善的會計信息係統的支持下，不僅管理層能與財務部門進行良好的溝通，而且為客戶、供應商、債權人、股東、潛在投資者、監管部門等外部群體提供一個高效的溝通渠道。
（五）對監督的影響
監督是評估內控係統在一定時期內運行質量的過程，目的是保證內部控製持續有效。會計信息化一方麵使得監督效率大幅提升，在會計信息化條件下，借助信息技術自身的特點，可使一部分的監督過程白動完成，並實現實時監督，從而提高監督的效率和效果；另一方麵卻使監督難度增大，會計信息化係統不利於準確區分權責利，這給監督帶來困難，信息化條件下，授權方式不再是單純的簽字、蓋章，交易授權可以由計算機程序白動完成，這就使得授權過程模糊化，控製的失效往往在損失發生後才被察覺，加大了內部控製的難度。
三、內部控製對會計信息化的影響
（一）企業已有內部控製對會計信息化推廣的影響
已有的內部控製將影響企業各類數據的準確性和完整性，對建立一個新的信息係統來說，良好的內部控製能提供一個有效的數據基礎，將對企業實施信息化具有十分重要的推動作用。如果企業已有的內部控製無效或者低效，不僅無法發揮信息化應有的功能，甚至可能因為數據信息差錯誤導了決策，導致更大的損失。
（二）內部控製對會計信息係統運行穩定性的影響
企業一旦啟用了會計信息係統，會計信息係統自身的穩定性將直接影響到提供信息的質量，進而影響管理層對企業經營管理的有效性。如果企業的內部控製各環節薄弱，會使得會計信息係統的失效和商業秘密等重要數據的丟失都將給企業帶來巨大的損失。在會計信息化下，加強和完善內部控製將能夠保障會計信息係統的安全性和穩定性，使企業利用其保持財務管理、決策方麵的優勢。
四、改進內部控製的建議及措施
（一）優化控製環境
1.加強對會計信息化舞弊案的立法，並嚴格貫徹實施
目前，我國還沒有專門針對會計信息化舞弊案的法律出台，這助長了一些公司和個人利用會計信息化係統進行舞弊的動機，所以製定有關會計信息化舞弊案的立法方案已刻不容緩。我們相信，製度會在不斷的實踐中逐步完善，隨著各方麵運作的規範，良好的內部控製環境也就隨之形成。但是改革不可能是一蹦而就的，並且會計信息化的發展也是不斷深入的，我們要根據會計信息化的發展，對相關的法律進行不斷完善。