（二）兩個機製
1、建立協調溝通機製，溝通主要是項目執行團隊與參加單位之間、與各職能部門之間、項目組成人員之間的溝通協調。明確各參與單位的職責，加強負責人和成員之間、成員與成員之間的溝通和信息交流，並且貫穿項目執行全過程。
2、建立監督機製，監督機製主要是對研究項目實施過程監督，不僅是項目經費資助單位和上級主管部門的職責，也是項目實施過程科學化管理，確保項目順利實施的必然要求。為確保項目實施監督的有效性，監督機構應由上級科研管理部門、經費管理部門組成。監督機構定期檢查和聽取項目主持人的工作進展彙報，並把項目實施過程中存在的問題及時反饋各項目參與單位和協調機構，督促項目負責人限期整改。
（三）三個控製
1、研究進度控製，由於科研項目的嚴格時限性，嚴格項目進度控製，是確保項目順利完成，抵抗研究風險的重要措施。進度控製主要包括編製進度計劃和監督執行進度計劃兩個方麵。通過研究進度控製，對科研項目的完成程度、質量和社會經濟價值進行考評，可全麵掌握項目執行情況。同時總結研究過程中的新經驗及時推廣應用，以確保項目研究進度。進度控製要定期形成書麵報告，作為項目驗收時的重要材料。
2、研究經費控製，研究經費控製是指研究項目支持資金的監督和管理，使其不突破預算，達到預期目標。經費控製包括直接研究經費控製和非直接研究經費控製兩個方麵。嚴格非直接研究經費的開支，監督直接研究經費的完成情況，控製研究項目的變化，適時檢查項目研究情況，實施財務監督，保證科研經費的合理使用。
3、風險控製，科研項目動態性與複雜性特點決定項目目標的不可控製性。導致了科研項目預期目標、經費預算和時間進度的獨特風險性。風險控製提高科研項目研究的風險管理能力。
（四）四項製度
1、項目負責人機製，在科研項目管理建立科研項目負責人製度。項目負責人製是根據項目的一般運行規律而提出來的一種對項目進行有效管理的承包製度。主要基於科研項目時限性和開放性突出的特點，從經濟學的角度按照部門利益最大化的要求通過明確項目相關方責權利來促進項目管理，把項目管理的目標、任務和責任製落實到人，加強重大科研項目實施全過程的跟蹤管理。從而形成讓項目負責人對研發項目的策劃、資金使用、項目實施和項目成果管理實行全過程負責的一種項目管理製度。
2、定期督查製定期或不定期開展項目督查製度，可使科研過程管理階段始終處於受控狀態，是項目管理實施質量控製的有效手段。據此我院每年除了有例行年中和年終監督檢查外對重點項目根據每個項目的研究進展、取得的階段性成果、是否根據合同研究計劃執行、經費是否使用合理等控製指標進行定期或不定期的監督檢查，切實掌握在研項目動態情況，及時發現並解決項目實施過程中存在的問題，促進研究項目順利完成。
3、科研項目的定期報告製度，是讓科研人員適時對照研究目標，檢查研究路線，梳理研究初步成果，及時總結存在問題，及時糾偏糾錯。科研項目應執行月、季度、半年和年度報告製度。項目上報主要包括兩方麵內容：一是項目執行階段性總結和交流。要求項目負責人每月、每個季度、或不定期地進行項目成員內部總結和項目組之間的交流，主要總結研究項目的創新性、應用研究項目的實用性等內容，以及項目實施中新的發現與重大突破。並把項目執行情況形成書麵材料報主管部門；二是執行過程中發現和解決存在的問題。定期報告製，有利於及時總結階段性成果，有利於項目的管理和項目儲備，建立質量控製管理體係。
4、目標責任製，科研項目管理目標責任製是指科研任務下達單位與項目負責人，經過雙方充分協商而形成的規定。它是明確雙方責任與義務的一種契約，一經簽訂，對雙方當事人就具有約束作用。在科研項目管理中實行目標責任製，能改變傳統的依靠行政手段的科研管理體製。從而改變過去靠“下任務、催進度，要成果”的狀態，把研究任務、經費與利益結合起來，有利於項目執行全過程的質量管理，有利於充分調動研究人員積極性，有利於縮短研究周期，節約科研成本，提高研究質量，有利於科研成果的轉化。