我們主要以農業發展銀行為例來探討內部經營機製的完善。主要從建立穩定、充足的資金來源渠道，完善治理機構以及及安全風險防範和補償機製來說明。
1、建立穩定、充足的資金來源渠道。從國際經驗來看，世界各國的農村政策性金融機構在資金來源方麵都具有較注重成本低、供給量大且集中、相對穩定和可用期長這幾個方麵特征。
2、完善治理結構。首先，實行產權製度改革，打破產權單一的格局，推動產權結構多元化。我國農業發展銀行由政府出資創建，政府是其唯一的產權主體。
其次，建立合理的激勵和約束機製。激勵方麵應深化幹部人事製度和收入分配製度改革，如推行績效工資製度以優化人力資源配置、調動員工的積極性和創造性。約束方麵應建立有效的內控機製，防範操作風險和道德風險。
再次，建立符合現代企業製度要求的管理體製。采用集中管理與授權管理相結合的管理方式，合理劃分各級行的管理權限，調動各級行推動業務經營的積極性，形成權責明確、科學高效的內部管理體製。
最後，建立積極地企業文化。由於政策性銀行的特殊性，企業員工往往會在運營中缺乏市場觀念，形成保守、被動的非金融性文化。
3、健全風險防範和補償機製。第一，要強化內部資金監督機製。成立專門的風險防範機構，製定風險防範章程，建立包括審貸分離製度、貸款“三查”製度、企業資信評級製度等製度中內的風險防範管理體係。
第二，推行信貸經營目標責任製。一方麵要考察貸款安全性和保本性目標，包括貸款逾期率、逾期貸款收回率、不良貸款收回率、貸款風險度等，另一方麵還應考核體現政策意圖的政策性目標，包括信貸計劃運用率、執行利率準確率、貸款對象經濟收益率等。
第三，完善信貸資金風險補償機製。這一機製可以通過幾個方麵來實現：一是建立利息撥補製度，明確國家財政對政策性銀行的責任；二是適當調低央行對農業發展銀行的再貸款利率，擴大貸款正利差；三是完善財政撥補資金製度，利用退稅增資的方式補充農業發展銀行資本金；四是適當提高呆賬、壞賬準備金比率。
第四，建立信貸資金風險轉化機製。鑒於我國農業發展銀行信貸資產質量不高，風險貸款比重大，不良貸款數額較大的狀況。一方麵，優化貸款增量、活化存量、轉化貸款風險。對能夠促活的企業適當注入信貸資金，以盤活其原有存量。另一方麵，提高擔保、抵押貸款方式的比重，增強貸款風險轉化機製。
（三）我國農村政策性金融的激勵模式——競價投標
在農村政策性金融業務的分配中，現行的政府集中分配製度存在著效率低下的問題。一方麵，硬性的業務攤派會使得金融機構隻完成規定的供給份額，而沒有動力去增加業務數量、改善服務質量，進而導致供給水平的不足。另一方麵，集中分配製度所規定的業務數量常常會超出金融機構的經營承受能力。
因而，可以將競價投標模式作為激勵我國農業政策性金融供給的一項重要創新措施，並實際應用於我國農村政策性金融業務類別和供給數量的分配過程中。
具體而言，這一模式的設計可包含以下三個環節：
首先，將農村政策性金融業務劃分為具體的金融產品，對各類產品分別實行拍賣。
其次，在競價過程中，農村政策性金融體係中的各家金融機構對標的金融產品進行競標，各金融機構的競爭方式應為一套綜合性的供給方案。
最後，贏得競標的金融機構獲得政府的利益補償，並按照競價中提交的供給方案從事農村政策性金融業務的供給。
（四）我國農村政策性金融的約束模式——監管與法律約束
1、監管機製。一是完善農村金融監管體製機構和政策性金融監管體製機構。二是堅持全麵監管與重點監管相結合，在加強對金融機構全方位、全過程監管的同時，做好重點領域和重點環節的監管。三是強化金融監管手段，采取先進的監控和檢查技術手段，提高金融檢查和監測的效率。四是依法監管，加大對金融違法違規行為的查處力度，完善對金融機構高級管理人員任職資格審查製度和失職責任追究製度。五是改進信息披露製度，增強政策性金融的信息披露透明度。
2、法律機製。首先，應對農村政策性金融的基本經營行為進行規範和約束。基本法律約束體係應重點包括以下幾方麵：一是頒布規範農村政策性金融的法律；二是頒布針對農村政策性金融機構的管理條例；三是頒布並完善規範農村政策性金融特定業務領域的法律法規；四是頒布並完善與農村政策性金融相關的其他行業法律法規。