一直以來，人們都相信，之所以整批整批的人都遭到霍亂的襲擊，是由於大氣、氣候、地麵狀況和不利健康的廢物這四種因素同時起著作用。“第三屆國際衛生會議”1886年在君士坦丁堡召開是通過一個決議，說空氣是霍亂“發生因素”的主要媒介。1874年，更有二十一個國家的政府一致表決，認為“四周的空氣是產生霍亂的主要媒介”。這些固有的見解影響人們不能接受科赫的發現。即使是在科赫的祖國，也有科學家指認科赫的結論是異端；至於在法國，醫學界人士幾乎全都對科赫的研究持否定態度，聲稱“這位偉大的微生物獵人走的是一條完全虛偽的道路”；英國的態度是更為強烈、更為堅決。1884年6月，英國特地組織了一個小組，前往加爾各答檢驗科赫的“發現”，回來後寫出的報告直截了當地否定了科赫的論斷，排斥了飲水對霍亂的作用。為了表示對這個報告的尊重，印度國務大臣任命了一個由十三位著名內科醫生組成的委員會，其中有八位名醫生提出一份備忘錄，支持英國小組的結論，總的看法可以約翰·伯登-桑德森委員在一次公開演講中說到的，認為科赫的研究是“一場不幸的大失敗”。這股反對科赫的勢力甚至強大到在1885年5月在羅馬召開二十八個國家代表參加的第六屆國際衛生會議上，英國代表團成功地阻止了會議對“霍亂病因學的理論性的討論”，盡管科赫本人作為德國的代表也在會上。
反對科赫霍亂病原學的正確觀點的人，大多都是受了德國衛生學家佩藤科弗的影響。
馬克斯·封·佩藤科弗出身於巴伐利亞一個農民的家庭，最初是一位化學教授。一次，他因奉命查明城堡裏的空氣為何幹燥，使國王感到喉頭發癢，於是從住所的衛生條件開始，研究起衛生學，研究空氣、穿著、通風、熱度、照明、土壤、供水、食物、排泄和所有跟人的生活環境有關的問題，甚至屍體的處理。他這方麵的二十八篇學術論文，使他在當時被公認為是現代衛生學奠定了基礎。
防止居民得病是衛生學家的任務之一，研究傳染性疾病自然也是佩藤科弗的分內之事。不過在所有的傳染病中，最讓佩藤科弗感興趣的是霍亂，這不隻是因為他生活的那個時期，德國經常爆發霍亂，還因為他與霍亂似乎還有一點兒私怨：佩藤科弗不但自己患過霍亂，在1836年到1837年的霍亂大流行期間，他的女廚師得病死於醫院，他的一個雙生女兒安娜也病了，好容易才醫轉了過來。“這些體驗在我的心中留下不可磨滅的痕跡，並驅使我去研究霍亂傳播的途徑。”他後來這樣告白說。但是佩藤科弗研究得出的結論並不正確。盡管他曾做過帝國的霍亂委員會主席，他在1869年發表的論文《土壤和地下水與霍亂、傷寒的關係》中卻錯誤地把霍亂的流行歸因於必須同時具備四項因素：特定的病原菌、適應的地理條件、相當的氣候狀況和個人的易感性。特別是他的奇怪的“地下水”理論，說光有一種霍亂菌X是不可能引發霍亂的，隻有在地點和季節相適應的條件下，土壤地下水中有一種作用物Y，在Y與X結合成為Z後，這Z才成為“真正的霍亂毒素”。為了證明自己這個結論的正確，同時自然也要否定那個被他嘲笑為“熱情獵取逗號”的科赫的理論，佩藤科弗勇敢地在自己身上作了一次危及生命的實驗。
那是1892年的10月。在德國的漢堡，出現很多患上霍亂的病人。居民們都被對疾病的恐懼震懾住了。但是在另一個城市慕尼黑，雖然正值一次民族的節日，從外地來的人數量很多，卻並不見霍亂流行。兩地情況的對比使佩騰科弗更堅定了自己的見解，相信決定霍亂是否流行不是由於微生物，而是由於季節和土壤的特性等因素。為此，佩藤科弗向柏林科赫那裏訂來霍亂杆菌的培養物，這種培養物盡管已經被稀釋了上千倍，在每立方厘米中仍然有無數的“霍亂逗號”。
10月7日早上，佩藤科弗帶著一支試管走上課堂講台，對坐在下麵等待聽他講課的學生們說了一大段話：
想必你們都已知道科赫博士的“發現”了，大概還了解他新近研究霍亂的全部情況。科赫博士斷言霍亂是從剛果三角洲那邊傳來的，照他看來，那裏是這一疾病的搖籃，並說它是微生物傳播的。真是有趣！按照科赫博士的說法，好像譬如說漢堡這個地方的霍亂就是由那裏傳過來的。誰都知道，漢堡城與剛果河不僅位於兩個國家，而且分別在兩個洲呢。他還說這種微生物是棲居在人的體內，後來從霍亂病人身上掉落到飲用水裏，於是傳到了別的人的身上。這麼說來，好像加爾各答某地有一個人患上霍亂，後來，這人把河水汙染了，而另一個完全健康的人正好喝了這水，於是被感染上了此病。後來，這患上病的第二個人仍然通過用水又感染了另一個人，如此一直這樣一個個感染下去，使疾病從一個國家來到另一個國家，從一個大陸來到另一個大陸……這樣的理論不是太荒謬了嗎？我個人感到驚奇，如此一個嚴肅的人——科赫博士無疑就是這麼一個人，卻捏造出這類荒誕不經的理論，還把它混充為經過嚴格檢驗的科學事實。實際上，這些都算什麼科學事實呢？你們都是明白的，因為你們都熟知我的理論。我注意到的是，在某些有地下水的地方，土壤裏會產生出霍亂毒素，跟糖溶液中的酵母產生酒精一個樣。是從土裏蒸發出來的這種毒素，被許多人呼吸了進去，才致發病，發病的性質就是這麼回事。因此霍亂從來不是傳染一、二個人，而總是同住一個地方的數十數百個人。並不存在、也不可能有人與人直接傳播疾病的事。至於科赫博士的假設，我認為是沒有得到證實而且也是可能性很少的，所以現在我準備在你們，我親愛的聽講者們的麵前，用最可信的辦法來駁倒他這理論……”