後來的美影廠副廠長朱毓平回憶，1979年他與馬克宣一起參與《哪吒鬧海》的製作，這位師長對年輕人和藹可親，“做事情則特別認真”。按《南郭先生》的導演王柏榮的話說，馬克宣是中生代動畫導演中的“傑出人才”，“他開始是學美術的，後來進入動畫片、剪紙片領域，都作出了貢獻。”
1983年，馬克宣在《天書奇譚》中擔任美術設計，並與阿達聯合導演了兩部現實主義題材的動畫短片《新裝的門鈴》與《超級肥皂》。不同於水墨動畫的是，這兩部則是馬克宣所致力於的另一種動畫類型，叫做漫畫類動畫；而當年馬克宣與阿達導演的密切搭檔，也一直是中國動畫界的美談。
水墨絕唱：
登峰造極玩味山水情
1988年，由馬克宣參與聯合執導的《山水情》成了中國水墨動畫片的絕唱，也成了中國動畫徹底商業化之前的最後一部藝術精品，更一度被公認為水墨動畫至今無人超越的典範。僅僅19分鍾的《山水情》以薪火相傳為立意，講述了一位德高望重的老琴師將寄托著自己精神品質的古琴傳給漁家少年的勵誌故事。道家“師法自然、與世無爭”的超脫思想，和禪宗的“明心見性”都在本片中展露無遺，而傑出的水墨技法與古琴技藝皆是出自大家之手，曾折服了無數中外人士。然而現實的諷刺是，中國動畫卻從此再無傳承。
談及《山水情》，馬克宣曾說，這部在國際國內獲得諸多大獎的影片，飽含著人與人之間的情感、山水的情感、音樂與自然的情感。它用濃濃的山水情，來比喻師徒二人之間的情義，還以源遠流長的山水情來比喻以音樂為紐帶的人的不了情，“它強調的是中國山水畫和人物畫中寫意的一種畫風，比較飄逸、空靈”。
無論是《牧笛》中牧童騎著水墨淋漓的老水牛從柳樹林中穿出，走過夕照中的稻田，走向村莊；還是《山水情》中雲氣繚繞的山，煙霧蒙蒙的水，虛中有實，實中帶虛，將中國詩畫的意境和筆墨情趣融進了每一個畫麵裏……這種完全中國格調的動畫片，和迪士尼卡通片中的趣味迥然不同。水墨動畫沒有輪廓線，角色動作和表情優美靈動，潑墨山水的背景豪放壯麗，柔和的筆調體現了中國畫“似與不似之間”的美學。
而身為“水墨動畫之父”的馬克宣，他就像那位隱去在山水間的老者，緩緩撫須，不發一言地把古琴贈與少年。雖有惋惜，但從此青山常在，綠水長流，舟葉飄搖，再會終有期也。
1992年，馬克宣獨自擔任導演、美術設計和動畫設計的短片《十二隻蚊子和五個人》回到“單線平塗”的漫畫畫風和現實主義題材，馬克宣也開始從實踐轉向教學崗位，先後輾轉於吉林藝術學院、北京大學、中國傳媒大學等，一生奔波勞碌隻為傳承衣缽，以求中國動畫事業後繼有人。盡管他始終篤信，中國動畫不會滅亡，但無論如何，屬於“中國學派”的動畫黃金時代是再也回不去了。
馬克宣在生前的采訪中曾這樣回憶過去，“那個時候中國動畫的造型和風格都蘊含著中國人的審美，中國傳統文化的精髓。”而對中國動畫的現狀，他也無可避免地深感憂慮：“現在的動畫創作者一味模仿國外的東西，把自己民族的、傳統的東西給丟了。我認為，把別人身上好的東西吸取過來，融合自己本民族的傳統，做出自己的特色才是正途。”
可以說，馬克宣不但是上海美術電影製片廠的創作主力之一，也是中國最輝煌的動畫年代的參與者和見證人。在生命最後的彌留時光，馬克宣一直希望用人才培育扭轉日漸衰頹的中國動畫，他曾說，要做出有創意的片子，首先是人才的培養；中國動畫的發展，其可貴的一點就在於不斷自覺地去突破自己，給自己提出新的任務和難點。