占領城頭後，作戰英勇的程家軍不久就殺到城門口，打開了城門，明軍大軍攻入新會，清軍由於沒有了由雲龍和吳進忠這兩個頑強的抵抗派將領，所以明軍一攻入新會明軍便開始潰敗，潰敗的清軍打算逃到南城由海路逃出新會城，可是他們剛逃到南城便看到南城的清兵也在向北方逃竄，原來陳永華也已經帶領台灣軍隊攻陷了南城。
清軍逃無可逃的情況之下，大多向明軍投降，明軍與陳永華帶領的台灣軍隊順利會師於新會。
明軍與台灣軍隊會師之後，陳永華帶領台灣諸將去昆明拜見了永曆皇帝，稱台灣永遠奉永曆皇帝為正朔，絕不向清軍投降。
永曆皇帝很是高興，於是發聖旨讓鄭經繼任延平王，繼續統治台灣。奉陳永華為大明水軍都督，暫駐台灣，由延平王指揮。
明軍攻下新會之後，尚可喜吳三桂等人十分恐慌，商議之下，他們決定死守廣州城。
明軍在打了個大勝仗之後，並未停歇，大軍一直打到了廣州城。陳永華也帶領台灣的軍隊不斷攻取廣東的沿海城市，並在明軍打到廣東的時候，把大軍也集結在珠江口，準備配合明軍攻打廣州。
廣州城同新會一樣，是一座堅城，城牆高大堅硬，並且擁有多門火炮。程普的刺殺已經在新會用過，程普稱不宜反複使用。於是明軍隻有依靠火力優勢猛攻廣州城。
戰爭一開始便進入白熱化階段，清軍的紅衣大炮居高臨下，火力十分猛烈，並且清軍在廣州城外挖了多處壕溝，使明軍很難接近城牆。李定國指揮軍隊伐木添溝，又集中火炮猛轟城牆，命軍士製造大型攻城器械攻城，又讓士兵挖地道。
然而由於敵人負隅頑抗，明軍始終沒能攻破城池。到後來大型攻城器械也造出來了，可是就是撞不開城門，明軍的地道也挖通了，可是敵人很快便控製了城內的地道口，向地道內灌水熏煙，明軍死者不計其數。
陳永華的海軍同樣沒能攻破廣州城，雖然他們依靠強大的水軍控製了各個水路交通要到，但後來敵人就龜縮在城內不出，陳永華也沒有辦法。
李定國見城池久攻不下，心中一時著急，病倒了。永曆皇帝和程普等人都十分著急，程普心想曆史上的李定國就是因為看到大明複國無望悲恨交加才病倒的，決不能讓曆史重演，決不能讓李定國再次病死。
於是程普向李定國請戰，說願自帶程家軍襲取廣州城，李定國沒有其他的辦法，同意讓程普一試，並囑咐程普小心。
程普命軍士製作了許多大型投擲機，用一些大型的陶罐裝滿了一桶又一桶的火油，向城頭的敵人投擲而去。接著又命床弩兵將箭頭綁上火把射向城頭，一時間，城頭燃起了熊熊大火，程普命令兩千多程家軍全部出動攀上城牆。此時因為城頭大火，所以清軍除部分被燒死之外其餘的大軍都退到城下，隻有一小部分救活的清軍，程家軍不畏大火，衝上城頭殺死救火的清軍。
清軍見明軍衝上城頭，急忙集合軍隊絞殺明軍，程家軍見清軍攻過來便扔手榴彈炸退清軍，同時又扔了幾顆煙霧彈，程家軍趁著煙霧殺到城門邊，可是城門守衛太多，程家軍死傷眾多，一時還是靠近不了城門。
阿牛見狀，命程家軍向城門守軍狂扔手榴彈，清軍被炸死炸傷不少，程家軍趁機殺開一跳血路，打開了城門。
城門一開，明軍一擁而入，很快占領了廣州城的各個主要街道，清軍不少人投降了明軍。吳三桂等人得知城門已被明軍攻破，依托熟悉地理情況，指揮清軍與明軍展開巷戰。
明軍到處遭到清軍的伏擊，損失慘重。程普大怒，下令嚴守各處城門，一定要活捉吳三桂等漢奸。
明軍依照程普的指示，二百人一個大隊，五人一組背靠背，手持火槍搜尋吳三桂等清軍，有效的避免了敵人的伏擊。
經過與清軍十來天的巷戰，吳三桂等人最終被阿牛率領的程家軍活捉，李定國決定把吳三桂等人押往昆明交由永曆皇帝處置，程普怕橫生枝節，要求就地處決吳三桂等人。
李定國也知吳三桂是一軍事天才，若放虎歸山則後果不堪設想，於是同意就地處死吳三桂等人。
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